PDB-6o38: Structure of a chaperone-substrate complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o38

タイトル

Structure of a chaperone-substrate complex

要素

Acinetobacter secreted protease CpaA
Type II secretion chaperone CpaB

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Metalloprotease / chaperone / complex / Type II secretion

機能・相同性

機能・相同性情報

metallopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter nosocomialis M2 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.595 Å

データ登録者

Urusova, D.V. / Tolia, N.H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: The structure ofAcinetobacter-secreted protease CpaA complexed with its chaperone CpaB reveals a novel mode of a T2SS chaperone-substrate interaction.
著者: Urusova, D.V. / Kinsella, R.L. / Salinas, N.D. / Haurat, M.F. / Feldman, M.F. / Tolia, N.H.

履歴

登録	2019年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6o38.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o38.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6o38_validation.pdf.gz	551.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6o38_full_validation.pdf.gz	594.1 KB	表示
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CIF形式データ	6o38_validation.cif.gz	193.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/6o38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/6o38	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3bk7-d 5ixm-3 1pnl-d 4pel-3 3k3w-d 5fir-1 1k5s-d 2xh2-1 5ixm-1 5ixm-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acinetobacter secreted protease CpaA

B: Acinetobacter secreted protease CpaA

C: Acinetobacter secreted protease CpaA

D: Acinetobacter secreted protease CpaA

E: Acinetobacter secreted protease CpaA

F: Acinetobacter secreted protease CpaA

G: Type II secretion chaperone CpaB

H: Type II secretion chaperone CpaB

K: Type II secretion chaperone CpaB

L: Type II secretion chaperone CpaB

M: Type II secretion chaperone CpaB

N: Type II secretion chaperone CpaB

ヘテロ分子

507 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Acinetobacter secreted protease CpaA

G: Type II secretion chaperone CpaB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
84.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Acinetobacter secreted protease CpaA

H: Type II secretion chaperone CpaB

ヘテロ分子

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根拠: SAXS
84.6 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Acinetobacter secreted protease CpaA

K: Type II secretion chaperone CpaB

ヘテロ分子

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根拠: SAXS
84.5 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Acinetobacter secreted protease CpaA

L: Type II secretion chaperone CpaB

ヘテロ分子

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根拠: SAXS
84.5 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Acinetobacter secreted protease CpaA

M: Type II secretion chaperone CpaB

ヘテロ分子

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根拠: SAXS
84.6 kDa, 2 ポリマー
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6

F: Acinetobacter secreted protease CpaA

N: Type II secretion chaperone CpaB

ヘテロ分子

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根拠: SAXS
84.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.747, 118.489, 129.583
Angle α, β, γ (deg.)	108.94, 103.97, 100.10
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Acinetobacter secreted protease CpaA 分子量: 63525.223 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter nosocomialis M2 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5H1ZR49*PLUS
#2: タンパク質	Type II secretion chaperone CpaB 分子量: 20622.203 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter nosocomialis M2 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2T7FJI6*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.28 M magnesium sulfate, 0.1 M MES buffer, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.595→50 Å / Num. obs: 173168 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / Num. unique obs: 8646 / CC_1/2: 0.96 / R_pim(I) all: 0.59 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.595→35.788 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 27.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2399	7917	4.93 %
R_work	0.2247	-	-
obs	0.2255	160739	89.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.595→35.788 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31899	0	116	293	32308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	32636
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.465	44432
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.72	19372
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	5049
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	5722

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5954-2.6249	0.3044	122	0.3182	1964	X-RAY DIFFRACTION	34
2.6249-2.6558	0.3487	143	0.3207	2847	X-RAY DIFFRACTION	50
2.6558-2.6882	0.377	176	0.3118	3172	X-RAY DIFFRACTION	56
2.6882-2.7222	0.3651	196	0.3169	3633	X-RAY DIFFRACTION	64
2.7222-2.758	0.3282	192	0.3134	4323	X-RAY DIFFRACTION	75
2.758-2.7958	0.3287	234	0.3114	4911	X-RAY DIFFRACTION	86
2.7958-2.8357	0.348	279	0.309	5206	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8357-2.878	0.3242	255	0.3064	5286	X-RAY DIFFRACTION	93
2.878-2.923	0.3123	283	0.3045	5406	X-RAY DIFFRACTION	96
2.923-2.9709	0.3119	286	0.2972	5486	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9709-3.0221	0.292	263	0.2905	5436	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0221-3.077	0.3126	281	0.284	5513	X-RAY DIFFRACTION	96
3.077-3.1361	0.3259	277	0.2918	5436	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1361-3.2001	0.3105	280	0.2849	5495	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2001-3.2696	0.2861	292	0.2706	5571	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2696-3.3456	0.2723	269	0.2612	5548	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3456-3.4292	0.2514	244	0.2424	5615	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4292-3.5219	0.247	290	0.2418	5563	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5219-3.6254	0.2592	321	0.235	5484	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6254-3.7423	0.2213	292	0.2188	5548	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7423-3.8759	0.209	301	0.2045	5550	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8759-4.0309	0.2136	296	0.2059	5515	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0309-4.2141	0.216	323	0.1989	5553	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2141-4.4359	0.1989	256	0.1815	5558	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4359-4.7132	0.2098	292	0.1691	5536	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7132-5.0762	0.1794	306	0.1722	5505	X-RAY DIFFRACTION	97
5.0762-5.5853	0.2036	295	0.1856	5548	X-RAY DIFFRACTION	97
5.5853-6.3896	0.2022	278	0.1951	5548	X-RAY DIFFRACTION	97
6.3896-8.0351	0.1958	266	0.1893	5527	X-RAY DIFFRACTION	97
8.0351-35.7915	0.2033	329	0.189	5539	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9883	-1.306	1.6882	4.9747	-1.3583	3.6222	0.2841	-0.1934	-0.2448	0.584	-0.2478	-0.0187	-0.2773	0.96	-0.0184	0.6418	-0.045	-0.047	0.9599	0.249	0.4561	82.2382	-41.4399	147.2985
2	1.2416	-0.0918	0.2547	0.9745	0.2754	1.452	0.1268	-0.3566	-0.2024	0.2188	-0.0857	-0.1159	0.0663	0.1945	-0.0407	0.2685	-0.08	-0.0344	0.4268	0.1744	0.3495	76.76	-28.7508	115.9173
3	1.5281	0.1425	0.5291	1.3782	0.5239	1.8319	0.2012	-0.2454	-0.756	0.186	0.0519	-0.2556	0.6982	0.2901	-0.2408	0.4894	0.0577	-0.1319	0.4623	0.1797	0.8117	81.42	-56.7901	104.6157
4	0.4438	-0.651	-0.4529	2.3913	1.4503	5.2933	0.008	-0.0049	-0.0524	-0.295	-0.0195	-0.2651	0.0015	0.6768	0.0722	0.2577	0.0317	0.0062	0.4238	0.1479	0.593	84.1304	-40.9437	101.4753
5	4.5406	-1.0367	2.3034	2.0103	0.7933	8.7821	-0.0053	-0.1744	0.5944	-0.1431	0.0691	0.2878	-0.8626	-0.6388	-0.1068	0.4173	0.0522	0.0941	0.3344	0.035	0.7169	104.3258	36.8287	89.0114
6	3.4563	1.3627	-0.3748	3.3788	0.7111	2.6451	0.017	0.235	0.1463	-0.2737	0.0632	-0.5173	-0.146	0.4657	-0.0854	0.268	-0.069	0.0352	0.4099	0.0593	0.5151	112.2565	15.0975	79.99
7	3.2177	1.3898	-0.3231	1.9919	0.1078	1.2318	-0.0646	0.2502	0.0448	-0.2408	0.1475	-0.1845	0.0073	-0.1487	0.0022	0.2395	-0.07	0.0234	0.349	0.0611	0.4372	100.8258	9.903	82.5969
8	1.2489	0.1583	-0.4381	0.6813	-0.0477	1.9159	0.0471	-0.1019	0.153	0.1207	0.0018	0.0034	-0.199	0.0567	-0.0352	0.2747	-0.0481	-0.0363	0.27	0.0284	0.3174	76.362	6.3068	101.2665
9	1.4721	0.0164	-0.7164	1.1765	0.2015	2.3002	0.1571	-0.5709	0.3082	0.6342	-0.1	-0.3077	-0.1781	0.4799	-0.028	0.55	-0.1699	-0.1153	0.622	-0.0356	0.4202	90.7124	9.2902	124.2827
10	2.7545	0.7776	-1.1805	2.3269	-0.7457	5.6898	0.1321	-0.1677	-0.0809	0.3502	-0.0544	-0.0931	0.3101	0.1248	0.0677	0.3209	-0.0944	-0.102	0.3323	0.0503	0.3062	88.6496	-0.7186	110.3459
11	2.2349	-0.8026	2.0157	1.4139	-2.0455	5.1446	-0.0996	0.057	-0.0717	-0.2875	0.0337	-0.4647	0.6676	0.3832	0.1007	0.9122	0.3016	0.2261	0.6838	0.1043	1.3656	100.2691	-53.9678	62.1202
12	1.3977	0.3896	-0.3141	2.5871	-0.5362	1.3352	-0.068	0.0731	-0.3673	-0.2246	-0.1043	-0.3993	0.2926	0.2735	0.156	0.2675	-0.0047	0.0177	0.3782	0.026	0.3964	82.1007	-32.4365	73.1611
13	1.9542	0.633	-0.1489	2.2732	-0.4821	1.4288	0.0499	0.5913	0.0651	-0.6025	0.0237	-0.4152	-0.1333	0.3075	-0.0016	0.4701	-0.0838	0.069	0.6251	0.079	0.3755	94.5397	-6.6352	53.655
14	2.1544	1.3646	-0.9422	4.7314	-0.4007	1.4022	0.0557	-0.1998	-0.1776	0.0156	-0.0308	-0.6094	-0.1061	0.4056	-0.0107	0.2346	-0.0664	-0.0127	0.5365	0.0894	0.4188	97.1904	-15.8602	68.9097
15	0.7472	-0.0787	-0.1524	2.822	1.1605	1.0635	-0.377	0.4584	0.1477	-0.5551	0.1094	0.3649	-0.4363	-0.2106	0.2234	0.8144	-0.0736	-0.3163	0.7454	0.0298	0.598	22.9887	-26.5091	35.5355
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57	1.8931	-0.9382	-0.4239	2.2167	1.2589	1.425	-0.3521	-0.5389	-0.3372	0.8717	0.2084	0.4087	0.4056	0.0615	0.342	0.9188	-0.2084	0.0149	1.095	0.2771	0.6849	21.4758	-17.0283	137.7685
58	2.6153	-1.265	-0.1264	4.609	1.6754	3.7252	-0.1456	-0.6463	-0.7715	0.1811	0.0513	0.7422	0.5224	-0.3119	0.2546	0.8265	-0.1678	-0.0669	0.9318	0.2281	0.7024	25.7835	-23.5422	130.5205
59	5.83	-0.4559	-1.35	5.4995	-1.2327	1.7753	0.2761	-0.8993	-0.1044	0.0496	-0.0212	-0.4828	0.0972	0.1998	-0.2159	0.5457	-0.0581	-0.1339	0.7754	0.1005	0.3642	35.444	-14.833	129.2241
60	6.109	-0.2307	0.0077	7.6705	4.2717	7.633	-0.0892	-0.3625	-1.0276	-0.3338	-0.4844	-0.2347	0.6303	-0.7224	0.5814	0.7583	-0.0724	-0.0844	0.7679	0.0967	0.9509	29.6808	-22.702	117.2729
61	4.2632	-3.4234	-0.3848	4.9863	-0.7322	4.1609	0.3069	-0.8886	-0.1705	0.6415	-0.1536	0.5299	0.2737	-0.7699	-0.3929	0.6307	-0.1882	0.0466	0.7786	0.0931	0.4782	24.5188	-12.0014	131.8378
62	2.8551	-0.8295	-0.4389	6.9493	-0.5163	1.719	-0.0927	-0.1465	0.0133	-0.28	0.3076	1.6752	0.2511	-0.9329	-0.2194	0.8256	-0.0887	-0.0055	1.112	0.1035	0.9078	12.5129	0.7697	119.6215

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 93 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 94 through 390 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 391 through 534 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 535 through 574 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 93 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 94 through 146 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 147 through 199 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 200 through 425 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 426 through 534 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 535 through 574 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 36 through 117 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 118 through 364 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 365 through 497 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 498 through 574 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 2 through 156 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 157 through 534 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 535 through 574 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 2 through 93 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 94 through 250 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 251 through 497 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 498 through 574 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 10 through 78 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 79 through 182 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 183 through 534 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 535 through 574 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 32 through 69 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 70 through 106 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 107 through 118 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 119 through 140 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 141 through 162 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 163 through 175 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'H' and (resid 42 through 78 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resid 79 through 96 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 97 through 118 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 119 through 127 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 128 through 140 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 141 through 162 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 163 through 175 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'K' and (resid 40 through 78 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'K' and (resid 79 through 88 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'K' and (resid 89 through 106 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'K' and (resid 107 through 118 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'K' and (resid 119 through 140 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'K' and (resid 141 through 162 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'K' and (resid 163 through 175 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'L' and (resid 30 through 39 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'L' and (resid 40 through 78 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'L' and (resid 79 through 106 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'L' and (resid 107 through 162 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'L' and (resid 163 through 175 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'M' and (resid 32 through 45 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'M' and (resid 46 through 96 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'M' and (resid 97 through 118 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'M' and (resid 119 through 162 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'M' and (resid 163 through 176 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'N' and (resid 37 through 45 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'N' and (resid 46 through 78 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'N' and (resid 79 through 96 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'N' and (resid 97 through 118 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'N' and (resid 119 through 127 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'N' and (resid 128 through 162 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'N' and (resid 163 through 175 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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