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- PDB-5ixg: Crystal Structure of Burkholderia cenocepacia BcnB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ixg
タイトルCrystal Structure of Burkholderia cenocepacia BcnB
要素YceI
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta barrel lipocalin
機能・相同性
機能・相同性情報


Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like superfamily / YceI-like domain / YceI-like domain / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OTP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / YceI
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia PC184 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Loutet, S.A. / Murphy, M.E.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-49597 カナダ
引用ジャーナル: MBio / 年: 2017
タイトル: Antibiotic Capture by Bacterial Lipocalins Uncovers an Extracellular Mechanism of Intrinsic Antibiotic Resistance.
著者: El-Halfawy, O.M. / Klett, J. / Ingram, R.J. / Loutet, S.A. / Murphy, M.E. / Martin-Santamaria, S. / Valvano, M.A.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Data collection / Database references
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: YceI
C: YceI
A: YceI
D: YceI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2309
ポリマ－74,2324
非ポリマー2,9985
水8,683482
1
B: YceI
A: YceI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6685
ポリマ－37,1162
非ポリマー1,5523
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14380 Å2
手法PISA
2
C: YceI
D: YceI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5624
ポリマ－37,1162
非ポリマー1,4462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.160, 101.170, 63.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
YceI


分子量: 18557.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia PC184 (バクテリア)
遺伝子: BCPG_01022 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2VST2
#2: 化合物
ChemComp-OTP / (2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / OCTAPRENYL PYROPHOSPHATE / (2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-オクタメチル-2,(以下略)


分子量: 722.911 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H68O7P2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: HEPES, PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→37.33 Å / Num. obs: 82019 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.6-1.633.10.2983495178.7
8.47-37.33.20.042170.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.94 Å37.3 Å
Translation1.94 Å37.3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.1.26データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WUB

1wub


解像度: 1.6→37.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.263 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19448 4090 5 %RANDOM
Rwork0.16017 ---
obs0.16189 77882 97.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å2-0 Å20.07 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→37.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5218 0 203 482 5903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0195623
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3911.9847594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.953.00212429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4715689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.02124.254228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02715923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1761517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0216284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021263
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.861.3542735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.861.3532734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8122.0253425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8122.0263426
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4651.9062888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4651.9072889
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2272.6784164
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.04413.0346346
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.03212.986319
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 252 -
Rwork0.187 4728 -
obs--80.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35550.09760.01630.0361-0.03380.2235-0.05080.0214-0.0162-0.00590.0128-0.0072-0.0140.00610.0380.03940.0042-0.0030.02610.00510.040147.777927.81483.7445
20.2715-0.0343-0.12710.0274-0.06940.60510.02220.01210.0756-0.02770.02130.01020.1278-0.0412-0.04350.0418-0.005-0.00660.04170.02690.056550.327736.017332.6319
30.5982-0.0549-0.01740.12240.09010.0686-0.04350.0328-0.01450.02970.01330.03310.01450.0110.03030.03920.0009-0.00420.03530.01690.0371.982527.21024.1988
40.51350.2542-0.49250.4805-0.40720.54960.0811-0.11280.0793-0.0892-0.02240.037-0.00710.1044-0.05870.0629-0.00840.02640.05410.00820.038568.947248.619424.7134
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B6 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2C6 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3A7 - 174
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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