PDB-5iw7: Crystal structure of yeast Tsr1, a pre-40S ribosome synthesis factor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iw7

タイトル

Crystal structure of yeast Tsr1, a pre-40S ribosome synthesis factor

要素

Ribosome biogenesis protein TSR1,Ribosome biogenesis protein TSR1

キーワード

TRANSLATION / translational GTPase ribosome synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U3 snoRNA binding / preribosome, small subunit precursor / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribonucleoprotein complex binding / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / GTPase activity / nucleolus / GTP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

McCaughan, U.M. / Jayachandran, U. / Cook, A.G.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Pre-40S ribosome biogenesis factor Tsr1 is an inactive structural mimic of translational GTPases.
著者: McCaughan, U.M. / Jayachandran, U. / Shchepachev, V. / Chen, Z.A. / Rappsilber, J. / Tollervey, D. / Cook, A.G.

履歴

登録	2016年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb5iw7.ent.gz	691.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	5iw7_full_validation.pdf.gz	504.3 KB	表示
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CIF形式データ	5iw7_validation.cif.gz	97.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/5iw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/5iw7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1922 1926 1927
類似構造データ	2182 6tfm-d 2z4t-d 2ozb-2 5idr-2 2ozb-1 6os1-d 3wdi-d 3wdh-d 5grj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribosome biogenesis protein TSR1,Ribosome biogenesis protein TSR1

B: Ribosome biogenesis protein TSR1,Ribosome biogenesis protein TSR1

C: Ribosome biogenesis protein TSR1,Ribosome biogenesis protein TSR1

D: Ribosome biogenesis protein TSR1,Ribosome biogenesis protein TSR1

324 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ribosome biogenesis protein TSR1,Ribosome biogenesis protein TSR1

登録者が定義した集合体
81 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ribosome biogenesis protein TSR1,Ribosome biogenesis protein TSR1

登録者が定義した集合体
81 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ribosome biogenesis protein TSR1,Ribosome biogenesis protein TSR1

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4

D: Ribosome biogenesis protein TSR1,Ribosome biogenesis protein TSR1

登録者が定義した集合体
81 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.687, 174.199, 320.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ribosome biogenesis protein TSR1,Ribosome biogenesis protein TSR1 / 20S rRNA accumulation protein 1 分子量: 81018.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: TSR1, YDL060W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07381

#1: タンパク質

Ribosome biogenesis protein TSR1,Ribosome biogenesis protein TSR1 / 20S rRNA accumulation protein 1

分子量: 81018.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: TSR1, YDL060W / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07381

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 8-14% w/v PEG 3350 0.18-0.30 M sodium malonate pH 6.0

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I03	1	0.97
シンクロトロン	Diamond	I02	2	1.255, 1.255, 1.254
シンクロトロン	Diamond	I04	3	1.77

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2014年2月1日
DECTRIS PILATUS3 6M	2	PIXEL	2014年11月26日
DECTRIS PILATUS3 6M	3	PIXEL	2015年2月7日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97	1
2	1.255	1
3	1.254	1
4	1.77	1

反射

解像度: 3.6→48.77 Å / Num. obs: 43821 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 90.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

解像度: 3.6→3.8 Å / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.922 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
autoSHARP		位相決定
PHENIX		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.6→48.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.7223 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.7124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.627

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.295	2228	5.09 %	RANDOM
R_work	0.2675	-	-	-
obs	0.2689	43751	99.93 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-29.0988 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.3682 Å²	0 Å²
3-	-	-	24.7306 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.639 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→48.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16065	0	0	0	16065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	16431	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.99	22500	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4940	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		347	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2535	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		16431	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	1.96
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	22.59
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2316	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		16941	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.6→3.69 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2765	172	5.42 %
R_work	0.2642	3002	-
all	0.2649	3174	-
obs	-	-	99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7876	-0.6987	1.6768	3.9324	1.2008	1.1168	-0.0161	0.2023	0.3904	-0.1547	-0.2273	0.5442	0.1052	0.5442	0.2434	-0.2555	-0.0839	0.0843	-0.1677	-0.152	0.304	-4.8796	44.8657	6.1441
2	0.6162	-0.652	1.4441	1.4012	-0.8916	2.299	0.1736	0.2635	0.0411	-0.2839	-0.3706	0.186	0.4701	0.3742	0.197	-0.2136	-0.0528	0.0775	-0.1111	-0.1131	0.049	0.0022	11.4728	-1.2087
3	0.2137	-0.6612	-1.7748	3.686	0.8667	0	0.0759	-0.121	-0.1565	-0.0704	-0.1632	0.1254	-0.2167	-0.0513	0.0873	-0.2176	0.0177	0.152	0.1782	-0.0351	-0.144	8.8482	17.309	10.9114
4	2.9859	-1.6277	0.0921	0.0473	-0.9404	1.7497	0.0612	-0.2885	0.2302	-0.1366	-0.146	0.2359	0.2875	0.4287	0.0848	-0.1691	-0.0605	0.152	0.304	0.0862	-0.2193	27.6135	-3.2036	23.8566
5	0	-2.8313	-2.9104	8.3154	1.5152	0.4733	0.0044	-0.5059	-0.4867	-0.0278	-0.3258	0.0689	-0.1726	0.0263	0.3214	0.304	0.152	-0.1013	-0.304	-0.152	0.0102	17.0431	-47.825	-21.9568
6	0.8067	0.9711	-1.0277	3.341	-0.1662	3.2516	0.0366	0.1503	0.1647	0.5442	0.1316	0.5442	-0.0268	-0.0311	-0.1681	0.0875	0.1171	0.0162	-0.304	0.0072	-0.2124	6.355	-15.9052	-14.7957
7	0	0.244	-1.2827	7.1152	2.8481	1.1692	-0.0814	0.2387	-0.3713	-0.253	0.1052	0.2859	0.075	0.4478	-0.0238	0.304	0.152	0.0319	-0.1732	-0.0369	-0.118	16.6361	-17.6623	-26.9312
8	0.0045	2.169	-0.1989	0.6403	-0.9167	1.1227	-0.0356	0.1009	-0.4048	-0.2873	0.2193	0.5012	-0.111	0.4189	-0.1837	0.304	-0.152	0.0792	0.2263	0.0041	-0.304	23.9397	8.3479	-38.7332
9	0.1427	2.9104	1.276	0	1.1796	0.9128	-0.0836	0.018	0.2983	0.0271	0.0964	-0.0927	-0.274	0.0364	-0.0128	-0.1069	-0.152	0.152	0.0161	-0.152	0.304	48.1838	28.0095	56.4721
10	2.4108	0.2212	2.248	0	0.75	5.5357	0.117	-0.5404	-0.3133	-0.0881	0.3102	0.1878	0.4933	0.2156	-0.4272	-0.2988	-0.152	0.152	0.304	-0.152	-0.304	32.352	-1.5166	55.6117
11	8.3155	2.9104	-2.8204	0	1.3412	3.9074	-0.0858	-0.3294	0.5361	0.0514	0.2442	0.0868	-0.5442	0.3917	-0.1584	-0.2088	-0.152	0.152	0.304	-0.1518	-0.1528	26.8355	9.7534	46.4376
12	6.0049	-0.3496	2.6966	0.5439	-0.4523	3.1472	0.1358	-0.1239	-0.0956	-0.3761	0.2726	0.2353	0.5442	-0.0694	-0.4084	-0.1674	-0.152	0.152	0.2281	0.1028	-0.2842	2.9631	0.4189	28.8058
13	0	2.9104	0.0038	4.0633	2.9104	0	-0.0496	0.1198	-0.1649	-0.1109	-0.0198	-0.0567	0.0365	0.0697	0.0694	0.304	-0.152	-0.152	-0.304	0.152	0.304	-2.4877	-53.8791	61.9517
14	1.6112	0.6753	-0.4976	1.6109	2.5767	5.7587	0.2532	0.0844	-0.2659	-0.2032	0.0379	-0.4307	0.0297	0.5442	-0.2911	-0.0697	0.0766	-0.0676	-0.0073	0.0738	-0.304	17.4207	-26.5995	62.9828
15	0	1.2203	-0.1406	4.953	0.1691	0.7952	0.0257	-0.109	0.0768	-0.0222	0.0703	0.1393	0.425	0.2419	-0.0961	0.304	-0.152	-0.1055	0.0195	0.152	-0.2864	6.0038	-27.1009	73.13
16	0	-2.3803	-1.9361	0.1872	2.0096	4.5079	0.0518	0.2659	-0.2926	0.3974	-0.0185	0.0764	-0.1667	0.0826	-0.0333	0.304	-0.152	0.152	0.2977	-0.0197	-0.304	6.1618	-6.4525	91.2925

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|67 - 252}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|253 - 589}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|590 - 694}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|695 - 787}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|70 - 252}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|253 - 589}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|590 - 694}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|695 - 786}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|71 - 252}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{C\|253 - 589}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{C\|590 - 694}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{C\|695 - 786}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{D\|81 - 252}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{D\|253 - 589}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{D\|590 - 694}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{D\|695 - 785}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)