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万見
- PDB-5ith: TIA-1 RRM2 recognition of target oligonucleotide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ith
タイトルTIA-1 RRM2 recognition of target oligonucleotide
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*C*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • Nucleolysin TIA-1 isoform p40
キーワードrna binding protein/dna / RRM / RNA/DNA binding domain / Poly U binding preference / aromatic base stacking interactions / DNA binding protein-DNA complex / rna binding protein-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytoplasmic stress granule / nuclear stress granule / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / FGFR2 alternative splicing / negative regulation of cytokine production / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly ...protein localization to cytoplasmic stress granule / nuclear stress granule / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / FGFR2 alternative splicing / negative regulation of cytokine production / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TIA-1, RNA recognition motif 1 / TIA-1, RNA recognition motif 2 / TIAR, RNA recognition motif 3 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...TIA-1, RNA recognition motif 1 / TIA-1, RNA recognition motif 2 / TIAR, RNA recognition motif 3 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Waris, S. / Wilce, J.A. / Wilce, M.C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: TIA-1 RRM23 binding and recognition of target oligonucleotides.
著者: Waris, S. / Garcia-Maurino, S.M. / Sivakumaran, A. / Beckham, S.A. / Loughlin, F.E. / Gorospe, M. / Diaz-Moreno, I. / Wilce, M.C.J. / Wilce, J.A.
履歴
登録2016年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleolysin TIA-1 isoform p40
B: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*C*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2092
ポリマ－13,2092
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.430, 45.430, 84.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Nucleolysin TIA-1 isoform p40 / RNA-binding protein TIA-1 / T-cell-restricted intracellular antigen-1 / TIA-1 / p40-TIA-1


分子量: 10248.503 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 93-183 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31483
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*C*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 2960.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 1500, Malonate-Imidazole-Borate, pH 8 / PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.7108 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7108 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→22.974 Å / Num. obs: 4381 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 35.07
反射 シェル解像度: 2.31→2.393 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.17 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PHENIX位相決定
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BS9

3bs9


解像度: 2.31→22.974 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 34.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2605 218 4.98 %
Rwork0.2277 --
obs0.2293 4374 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→22.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数621 55 0 5 681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.908951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.019242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004115
LS精密化 シェル解像度: 2.3101→2.9095 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3509 108 -
Rwork0.3179 2066 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.18430.4585-1.06976.77780.15165.28640.2981-0.1318-0.0923-0.07190.0762-0.40442.16791.9811-0.21190.6130.3841-0.01670.8431-0.10640.4372-0.6848-19.1692-1.7093
28.22484.83471.0945.46572.04616.05070.4508-1.08622.0217-0.2886-0.2517-1.3442-1.85710.8532-0.28740.4511-0.1710.00041.3833-0.22150.91795.4776-6.27832.8541
35.4809-0.0574-0.26297.8012-0.74843.49860.21630.0539-0.4458-0.2610.11741.11021.25540.0954-0.23710.62850.0805-0.05970.4517-0.0020.5376-8.0912-20.89110.6705
44.25030.43170.92497.0471-0.91154.7131-0.5387-0.70992.268-1.39950.0222-0.45010.31310.8454-0.32720.89760.14710.17320.5604-0.01841.0878-5.2889-7.3255-0.4834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 93 through 126 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 127 through 138 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 139 through 171 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 3 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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