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- PDB-5ish: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0765 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ish | |||||||||
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Title | Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0765 | |||||||||
![]() | Histone-arginine methyltransferase CARM1 | |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / protein methyltransferase activity / Estrogen-dependent gene expression / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein-arginine N-methyltransferase activity / replication fork reversal / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0765 Authors: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 804.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 687.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ih3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 40850.457 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase |
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-Non-polymers , 7 types, 923 molecules ![](data/chem/img/765.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/DXE.gif)
![](data/chem/img/M2M.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/DXE.gif)
![](data/chem/img/M2M.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-765 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() #4: Chemical | ChemComp-PEG / ![]() #5: Chemical | ChemComp-DXE / ![]() #6: Chemical | ChemComp-M2M / | ![]() #7: Chemical | ChemComp-PG4 / | ![]() #8: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.11 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: Tris-HCl pH 8.0 100 mM PEG 2000 MME 17 % NaCl 67 mM |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 29, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.15→30 Å / Num. obs: 83223 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 26.38 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 19.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.23 Å / Redundancy: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5IH3 Resolution: 2.152→29.828 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 19.16
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.152→29.828 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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