PDB-5is7: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with decarboxylated SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5is7

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with decarboxylated SAH

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with decarboxylated SAH
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5is7.cif.gz	797.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5is7.ent.gz	684.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5is7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5is7_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5is7_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5is7_validation.xml.gz	48.2 KB	表示
CIF形式データ	5is7_validation.cif.gz	64.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5is7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5is7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dwq-d 6s7c-d 2y1w-d 5tbi-d 5ish-d 5lv2-1 5k8x-d 5lv3-d 6s71-d 6s7a-d 5isi-d 5tbj-d 5isa-d 5dx0-d 6s79-d 5is6-d 6arj-d 5isc-d 5lgs-d 5lkj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

165 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.528, 98.935, 206.914
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-DSH / 5'-S-(3-aminopropyl)-5'-thioadenosine / 5′-[(3-アミノプロピル)チオ]-5′-デオキシアデノシン分子量: 340.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₀N₆O₃S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM PEG 2000 MME 25% NaCl 167 mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→48.11 Å / Num. obs: 69754 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 59.74 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.29→2.34 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.1999 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1980	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.29→48.11 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 30.18

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2466	3430	4.93 %	Random selection
R_work	0.2088	-	-	-
obs	0.2107	69572	99.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→48.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10959	0	126	120	11205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11438
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.656	15496
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.018	4178
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	1689
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2025

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2873-2.32	0.4207	120	0.3871	2482	X-RAY DIFFRACTION	90
2.32-2.3546	0.3769	120	0.3366	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3546-2.3914	0.3436	136	0.3159	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3914-2.4306	0.3055	154	0.3049	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4306-2.4726	0.322	148	0.2907	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4726-2.5175	0.2849	126	0.2766	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5175-2.5659	0.3364	153	0.2711	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5659-2.6183	0.3015	133	0.2676	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6183-2.6752	0.2855	158	0.2691	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6752-2.7375	0.3173	125	0.2514	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7375-2.8059	0.3047	146	0.263	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8059-2.8818	0.3245	145	0.2472	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8818-2.9666	0.2969	124	0.2456	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9666-3.0623	0.2975	150	0.2479	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0623-3.1717	0.2415	160	0.236	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1717-3.2987	0.2472	138	0.2283	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2987-3.4488	0.2597	136	0.2156	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4488-3.6305	0.2564	132	0.1988	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6305-3.8579	0.2193	161	0.1815	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8579-4.1556	0.2255	156	0.1706	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1556-4.5735	0.1922	147	0.1614	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5735-5.2346	0.1976	135	0.1534	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2346-6.5924	0.1916	154	0.2023	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5924-48.1223	0.263	173	0.2059	2921	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.274	-0.0243	-0.0509	1.5395	-0.201	1.55	0.1975	-0.2636	0.3368	0.2539	-0.1047	0.2968	-0.1964	-0.3149	0	0.6843	-0.0893	0.0681	0.5287	-0.1432	0.6182	54.3891	40.5807	133.4046
2	1.4811	0.7971	0.084	0.1266	-0.4591	0.4274	0.1632	-0.0326	0.1081	0.092	-0.1591	0.2411	-0.0136	-0.0317	0.0017	0.2667	0.0009	0.0204	0.2855	-0.0288	0.4838	47.3434	11.9161	119.1781
3	1.5449	1.0357	-0.0726	2.9305	-0.2915	1.4972	-0.0183	-0.1192	-0.0338	0.1086	-0.014	-0.1692	-0.0655	-0.0441	-0.0004	0.3404	-0.0375	0.034	0.357	-0.0064	0.461	59.4689	19.6977	119.3388
4	1.8502	-1.1645	-0.7291	2.1282	0.9287	3.7412	0.2427	0.0569	0.2572	0.0625	0.052	-0.2487	-0.4214	-0.045	0.005	0.3445	0.0582	0.0857	0.3113	0.0664	0.5447	18.4799	19.3823	114.914
5	0.4618	0.6183	0.1515	-0.4144	0.2095	-0.2869	0.6762	0.239	-0.3058	0.5679	-0.0665	-0.058	0.0535	0.1449	0.0002	0.9377	-0.1177	0.0583	0.9243	-0.0568	0.667	37.6345	29.3896	148.3845
6	0.4721	0.5314	0.1349	0.8596	0.9654	1.0212	0.241	-0.6805	0.0674	0.2999	-0.0467	-0.2329	-0.0135	-0.2125	0.0041	0.6499	0.0394	0.105	0.7261	0.1213	0.7262	16.4857	21.7492	137.6525
7	2.0163	0.1827	0.1435	0.1196	0.4823	1.9297	0.2396	-0.4528	-0.1804	0.348	0.0019	0.022	-0.0866	0.0001	0.0003	0.6422	0.0343	0.0779	0.6263	0.0726	0.5352	16.1136	22.2726	139.826
8	0.9386	-0.1447	0.924	0.6257	-0.0902	0.69	0.3037	-0.3778	0.494	0.1575	0.0405	-0.5005	-0.1326	0.2796	0.0002	0.9047	0.0477	0.1443	0.7626	-0.0467	0.7705	23.8925	30.1215	141.5356
9	1.6374	0.3182	-0.716	1.1078	-0.3133	1.5238	0.1119	-0.1201	0.1373	0.2456	0.1359	-0.3163	-0.5433	0.122	0.0001	1.4914	0.1133	0.0982	1.0621	-0.0183	0.8454	21.9995	41.8392	175.0658
10	0.2604	-0.5095	-0.0132	0.1043	0.309	1.0874	0.2705	0.0135	-0.0897	-0.1227	-0.1992	-0.0044	-0.2273	-0.1734	-0.0027	0.8838	0.0405	0.0456	0.8448	0.0115	0.7458	25.5125	20.7935	190.6013
11	1.3473	-0.2494	-0.6991	2.2887	0.5513	1.466	0.0127	0.1339	-0.1325	-0.0151	-0.1405	0.1694	-0.0833	-0.347	0	0.9887	0.0756	0.0595	1.0298	-0.0168	0.7811	15.6685	19.5589	190.9005
12	1.416	0.5736	-1.3253	2.1615	-0.7883	2.0168	0.2556	0.2712	0.1331	-0.1765	-0.1507	0.1116	-0.5586	0.7264	0.0026	1.0294	-0.2174	0.0032	1.1383	-0.0849	0.721	56.6481	18.9298	195.7025
13	0.4059	-0.7761	0.485	-0.0641	-0.2937	0.3643	0.3186	0.043	-0.2066	-0.2479	0.029	0.1092	-0.0556	-0.0021	0	1.3392	-0.0031	0.1196	1.351	-0.0482	1.0075	39.1907	28.165	163.4201
14	2.5114	-1.8812	0.4605	2.166	-0.5361	0.6634	0.8191	0.1003	-0.8126	0.2406	-0.5554	0.8099	0.3445	0.2548	0.3833	1.0408	-0.3939	0.4541	1.0947	0.2231	0.1294	63.1877	24.3952	175.3024
15	0.7344	-0.1134	-0.5827	-0.2061	-0.3763	0.5848	0.222	0.0369	-0.3714	-0.1447	-0.2069	0.171	0.2035	0.3972	0.0001	1.1862	0.0204	0.0356	1.3105	-0.0868	0.7515	58.3098	18.4151	169.8145
16	0.592	0.1018	0.6252	0.6096	0.0302	0.4966	0.2309	0.3227	0.1373	0.4698	-0.0784	0.2708	-0.4688	0.1816	0.0005	1.2248	-0.0456	0.1996	1.236	-0.0184	0.7029	54.0851	30.5467	168.493

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 135:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:477)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:476)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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