PDB-5lkj: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand SA684

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lkj

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand SA684

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.595 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligands
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5lkj.ent.gz	697 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	5lkj_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5lkj_validation.xml.gz	52.4 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/5lkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/5lkj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5is7-d 5ish-d 5ntc-d 5k8x-d 5isi-d 5isa-d 2y1w-d 5k8v-d 6s7c-d 5tbj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.637, 98.161, 206.499
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 41985.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 41985.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

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非ポリマー , 6種, 155分子

#2: 化合物	ChemComp-6YB / (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-(2-carbamimidamidoethyl)amino]-2-azanyl-butanoic acid 分子量: 452.468 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₈N₁₀O₅
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM BTP pH 7.5 30% PEG 1500

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.595→20 Å / Num. obs: 47431 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 58.3 Å² / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1951	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.595→19.902 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21.97

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2197	2364	4.99 %	Random selection
R_work	0.1889	-	-	-
obs	0.1905	47376	99.37 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.595→19.902 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11258	0	233	134	11625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11788
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.876	15949
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.06	4360
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1735
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2025

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5954-2.6483	0.2815	134	0.2327	2410	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6483-2.7058	0.2417	132	0.2288	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7058-2.7685	0.3019	128	0.2322	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7685-2.8376	0.2577	137	0.2245	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8376-2.9141	0.2881	136	0.2189	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9141-2.9995	0.2685	132	0.2267	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9995-3.096	0.2377	150	0.2258	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.096-3.2062	0.2354	137	0.2164	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2062-3.334	0.2121	136	0.2064	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.334-3.485	0.2516	120	0.2006	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.485-3.6677	0.2289	133	0.191	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6677-3.8959	0.2061	159	0.1742	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8959-4.1941	0.2013	141	0.1575	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1941-4.6114	0.1627	142	0.148	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6114-5.2678	0.1754	133	0.1517	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2678-6.5965	0.2296	149	0.2039	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5965-19.9028	0.2127	165	0.1889	2790	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1179	-0.4767	-0.0807	1.0583	0.2459	0.8828	0.0306	-0.0649	0.18	0.1409	-0.1257	0.1552	-0.1452	0.0274	0.0001	0.3767	-0.1088	0.0585	0.3222	-0.0844	0.3747	54.978	40.0021	133.1293
2	1.1029	0.489	0.214	-0.2262	-0.0235	0.6647	0.2344	0.019	-0.0121	0.0468	-0.0661	0.0198	0.0037	0.0803	0.3356	0.1428	-0.0445	0.0377	0.2113	-0.0144	0.3975	47.8314	11.8009	118.8407
3	0.6796	0.2767	-0.1074	2.3175	-0.1523	1.6851	0.0022	0.0375	-0.031	-0.075	-0.0335	-0.0039	0.019	0.0422	-0.0947	0.1482	-0.0728	0.0677	0.3029	-0.0226	0.334	60.2177	19.0836	118.8648
4	0.0275	0.0671	-0.1458	0.1252	-0.1687	0.0809	0.4478	0.3341	-0.0264	0.25	-0.122	0.1368	0.2049	0.1303	0.0001	0.5628	0.0107	-0.0149	0.4306	-0.0585	0.5514	61.3732	-3.817	132.9914
5	1.0005	-0.0749	-0.5554	1.9469	0.3553	1.6444	0.204	0.2236	0.135	0.0713	0.0263	0.087	-0.2569	-0.2002	0.3077	0.2126	0.0935	0.0926	0.2903	0.0638	0.3471	18.9205	19.6533	114.669
6	0.8866	0.4386	0.4999	-0.4485	-0.2262	-0.1217	0.3729	-0.4588	-0.2208	0.6489	-0.1319	0.1996	-0.2019	0.02	0.0571	0.4712	-0.0777	0.1292	0.4856	-0.0415	0.4403	38.3531	28.7613	148.1975
7	0.6161	-0.016	0.1389	0.7355	0.9292	1.0034	0.0943	-0.2452	0.2549	0.0231	-0.0093	-0.1444	-0.1725	-0.3145	0.0396	0.3217	0.0337	0.1725	0.4544	0.038	0.5707	17.205	21.5666	137.5383
8	0.7786	-0.1331	-0.1071	-0.0136	-0.1034	1.3646	0.0831	-0.1132	0.0055	0.1369	0.0259	0.0971	-0.2292	-0.0891	0.0002	0.3128	0.0479	0.0957	0.3116	0.0062	0.3987	16.9276	22.2474	140.0513
9	0.4308	0.0222	0.4033	0.729	0.2239	0.3368	0.0956	-0.0447	-0.0112	-0.0323	0.045	-0.5682	-0.4659	0.0757	-0.0133	0.4983	0.031	0.2009	0.5226	-0.0037	0.6048	24.9403	29.3048	141.3958
10	0.6472	0.3699	-0.7521	0.3784	-0.6235	1.3933	-0.0416	0.1201	0.0322	0.1999	0.1571	0.0815	-0.3684	0.0013	-0.0001	0.8049	0.0959	0.0863	0.5248	0.0239	0.4743	23.0564	42.0043	174.7438
11	0.5284	-0.0497	-0.0641	0.4236	-0.2793	0.4519	0.1157	-0.0779	-0.3259	0.2666	0.066	0.2499	-0.2082	-0.137	0.1297	0.6767	0.0697	0.1015	0.3543	-0.0132	0.2627	25.9918	21.0501	190.4213
12	0.2593	-0.1612	-0.2481	1.2585	0.1578	0.7652	-0.0689	0.0303	-0.0526	0.2179	0.0573	0.1576	0.0029	-0.1239	-0	0.696	0.1406	0.1872	0.5822	0.0084	0.4518	16.1536	19.9999	190.4804
13	0.0549	-0.0115	-0.0967	0.0561	0.0921	0.0978	0.1544	-0.0488	0.0379	-0.0699	-0.0106	-0.1348	0.0704	-0.1831	0	0.9308	0.0761	-0.054	0.8188	-0.0291	0.6762	13.3285	-2.0584	176.8595
14	0.1916	0.3246	-0.2956	1.515	-0.668	0.8494	0.1955	-0.1157	-0.0088	0.1903	-0.2594	-0.1031	-0.3367	0.1989	0.0001	0.788	-0.191	-0.0305	0.5642	0.0144	0.3803	57.184	18.1171	195.3429
15	0.4991	-0.497	0.0567	-0.0328	0.0325	0.2882	0.0119	0.335	-0.1588	-0.2026	0.0343	-0.0698	-0.1991	0.0207	0.0004	0.7337	-0.0255	0.0949	0.5872	-0.0224	0.4465	39.692	27.7339	163.1408
16	0.2737	0.0608	0.1182	0.2433	-0.3038	0.3964	-0.1987	0.2651	-0.2258	0.2697	-0.1522	0.3865	-0.3327	0.7997	0.0002	0.7361	-0.1195	0.0494	0.7383	-0.0093	0.5454	63.5286	23.0638	174.8178
17	0.4736	0.4521	-0.1616	0.4163	-0.4094	0.2567	0.0992	0.127	-0.1049	0.0743	-0.1414	0.0934	-0.137	0.2285	-0	0.6007	-0.0569	0.0687	0.5611	-0.0321	0.3918	58.2646	17.2281	169.5312
18	0.2919	0.1733	0.5241	0.2911	0.1494	0.4586	0.1426	0.1035	-0.2967	0.0981	-0.2041	0.36	-0.59	0.0524	0.0008	0.7763	-0.0124	0.1037	0.6306	-0.008	0.4972	53.9729	28.8129	168.4142

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 479:496)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 136:293)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 294:336)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 337:365)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 366:445)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 446:478)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 136:257)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 258:336)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 337:478)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 479:496)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 136:293)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 294:344)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 345:372)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 373:430)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 431:478)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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