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- PDB-5irv: Human cytochrome P450 17A1 bound to inhibitor VT-464 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5irv
タイトルHuman cytochrome P450 17A1 bound to inhibitor VT-464
要素Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
キーワードOXIDOREDUCTASE / LYASE/INHIBITOR / Inhibitor complex / LYASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation ...Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation / progesterone metabolic process / steroid biosynthetic process / steroid metabolic process / oxygen binding / lyase activity / iron ion binding / axon / neuronal cell body / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
VT-464 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.098 Å
データ登録者Scott, E.E. / Petrunak, E.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102505 米国
引用ジャーナル: Drug Metab. Dispos. / : 2017
タイトル: Structural and Functional Evaluation of Clinically Relevant Inhibitors of Steroidogenic Cytochrome P450 17A1.
著者: Petrunak, E.M. / Rogers, S.A. / Aube, J. / Scott, E.E.
履歴
登録2016年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22017年5月17日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,02412
ポリマ-222,9614
非ポリマー4,0638
00
1
A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7563
ポリマ-55,7401
非ポリマー1,0162
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7563
ポリマ-55,7401
非ポリマー1,0162
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7563
ポリマ-55,7401
非ポリマー1,0162
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7563
ポリマ-55,7401
非ポリマー1,0162
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.954, 153.499, 169.035
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 36 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 36 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 36 and (name O or name...
41(chain D and ((resid 36 and (name O or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULEULEU(chain A and ((resid 36 and (name N or name...AA3618
12LEULEUHEMHEM(chain A and ((resid 36 and (name N or name...AA - E31 - 60013
13LEULEUHEMHEM(chain A and ((resid 36 and (name N or name...AA - E31 - 60013
14LEULEUHEMHEM(chain A and ((resid 36 and (name N or name...AA - E31 - 60013
15LEULEUHEMHEM(chain A and ((resid 36 and (name N or name...AA - E31 - 60013
21LEULEULEULEU(chain B and ((resid 36 and (name N or name...BB3618
22LEULEUHEMHEM(chain B and ((resid 36 and (name N or name...BB - G31 - 60013
23LEULEUHEMHEM(chain B and ((resid 36 and (name N or name...BB - G31 - 60013
24LEULEUHEMHEM(chain B and ((resid 36 and (name N or name...BB - G31 - 60013
25LEULEUHEMHEM(chain B and ((resid 36 and (name N or name...BB - G31 - 60013
31LEULEULEULEU(chain C and ((resid 36 and (name O or name...CC3618
32SERSERHEMHEM(chain C and ((resid 36 and (name O or name...CC - I30 - 60012
33SERSERHEMHEM(chain C and ((resid 36 and (name O or name...CC - I30 - 60012
34SERSERHEMHEM(chain C and ((resid 36 and (name O or name...CC - I30 - 60012
35SERSERHEMHEM(chain C and ((resid 36 and (name O or name...CC - I30 - 60012
41LEULEULEULEU(chain D and ((resid 36 and (name O or name...DD3618
42SERSERHEMHEM(chain D and ((resid 36 and (name O or name...DD - K30 - 60012
43SERSERHEMHEM(chain D and ((resid 36 and (name O or name...DD - K30 - 60012
44SERSERHEMHEM(chain D and ((resid 36 and (name O or name...DD - K30 - 60012
45SERSERHEMHEM(chain D and ((resid 36 and (name O or name...DD - K30 - 60012

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要素

#1: タンパク質
Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase / 17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / ...17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / Cytochrome P450c17 / Steroid 17-alpha-monooxygenase


分子量: 55740.141 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP17A1, CYP17, S17AH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P05093, steroid 17alpha-monooxygenase, EC: 4.1.2.30
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-6D8 / VT-464 / (1S)-1-[6,7-bis(difluoromethoxy)naphthalen-2-yl]-2-methyl-1-(2H-1,2,3-triazol-4-yl)propan-1-ol


分子量: 399.339 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C18H17F4N3O3 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 200 mM ammonium sulfate, 30% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月22日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non-fixed-exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.098→39.441 Å / Num. all: 43069 / Num. obs: 43069 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 66.71 Å2 / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.163 / Rsym value: 0.137 / Net I/av σ(I): 5.2 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 142288
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 96.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3SWZ
解像度: 3.098→39.441 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.11
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2160 5.03 %5
Rwork0.1951 ---
obs0.1978 42930 98.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.65 Å2 / Biso mean: 68.3109 Å2 / Biso min: 18.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.098→39.441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15025 0 472 0 15497
Biso mean--51.07 --
残基数----1889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00415674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8121290
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6719366
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A10725X-RAY DIFFRACTION6.681TORSIONAL
12B10725X-RAY DIFFRACTION6.681TORSIONAL
13C10725X-RAY DIFFRACTION6.681TORSIONAL
14D10725X-RAY DIFFRACTION6.681TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0975-3.16950.38871470.32812486263392
3.1695-3.24880.32851570.28992686284398
3.2488-3.33660.31151280.26152644277298
3.3366-3.43470.27581470.25332719286699
3.4347-3.54550.33611300.25052728285899
3.5455-3.67210.30761330.24042731286499
3.6721-3.8190.27641620.21482717287999
3.819-3.99270.24981500.19582681283198
3.9927-4.2030.26131330.182702283598
4.203-4.46590.24551520.18127562908100
4.4659-4.81020.221550.15472755291099
4.8102-5.29330.23181350.15272728286398
5.2933-6.05680.2321530.18032762291599
6.0568-7.62190.20111310.18342811294299
7.6219-39.44410.18231470.15642864301197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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