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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5irg | ||||||
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タイトル | Reverse transcriptase domain of group II intron maturase from Roseburia intestinalis in P212121 space group | ||||||
要素 | Retron-type reverse transcriptase | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / Group II intron / maturase / reverse transcriptase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Roseburia intestinalis XB6B4 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, C. / Pyle, A.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016 タイトル: Crystal structures of a group II intron maturase reveal a missing link in spliceosome evolution. 著者: Zhao, C. / Pyle, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5irg.cif.gz | 473.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5irg.ent.gz | 395.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5irg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5irg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5irg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35574.637 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-305 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Roseburia intestinalis XB6B4 (バクテリア) 遺伝子: RO1_37670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4L313 #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM MMT pH 8.0, 25% PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→49.135 Å / Num. obs: 57600 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.3 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5HHJ 解像度: 2.3→49.135 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 23.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.135 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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