PDB-5irb: Structural insight into host cell surface retention of a 1.5-MDa ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5irb

タイトル

Structural insight into host cell surface retention of a 1.5-MDa bacterial ice-binding adhesin

要素

RTX-adhesin

キーワード

CELL ADHESION / Ice-binding protein / Biofilm-associated protein / RTX-adhesin

機能・相同性

: / : / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / metal ion binding / Antifreeze protein

機能・相同性情報

生物種

Marinomonas primoryensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Guo, S. / Phippen, S. / Campbell, R. / Davies, P.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Structure of a 1.5-MDa adhesin that binds its Antarctic bacterium to diatoms and ice.
著者: Guo, S. / Stevens, C.A. / Vance, T.D.R. / Olijve, L.L.C. / Graham, L.A. / Campbell, R.L. / Yazdi, S.R. / Escobedo, C. / Bar-Dolev, M. / Yashunsky, V. / Braslavsky, I. / Langelaan, D.N. / ...

履歴

登録	2016年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5irb.cif.gz	253.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5irb.ent.gz	202.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5irb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5irb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5irb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ix9C 5j6yC 5juhC 5k8gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bxu-2 5uz8-d 5ulu-d 5w4t-1 5w4t-2 5tfk-d 4zpm-1 3nao-d 5c22-1 4zpn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RTX-adhesin

B: RTX-adhesin

ヘテロ分子

65.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: RTX-adhesin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: RTX-adhesin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.6 kDa, 1 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.601, 247.023, 84.255
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	RTX-adhesin 分子量: 32189.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The construct was cloned into the NdeI and XhoI sites of the pET24a vector. Therefore at the protein's C terminus, two extra aminoacids (LE; XhoI) were present before the His-Tag. 由来: (組換発現) Marinomonas primoryensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1YIY2
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG3350, calcium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.078 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→123.51 Å / Num. obs: 60756 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / CC_1/2: 0.467 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→42.789 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2403	2974	4.91 %	RANDOM
R_work	0.2095	-	-	-
obs	0.2111	60518	99.65 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→42.789 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4373	0	23	575	4971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4430
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.25	6096
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.349	1451
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	803
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	804

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0328	0.3756	125	0.3341	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0328-2.0678	0.3715	136	0.3198	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0678-2.1054	0.3311	150	0.3118	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1054-2.1459	0.3157	126	0.2918	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1459-2.1897	0.3294	154	0.2733	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1897-2.2374	0.2838	124	0.2674	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2374-2.2894	0.3074	157	0.2593	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2894-2.3466	0.2613	138	0.245	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3466-2.4101	0.2491	141	0.2382	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4101-2.481	0.2857	142	0.2361	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.481-2.5611	0.2348	132	0.2234	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5611-2.6526	0.25	154	0.2169	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6526-2.7588	0.2248	129	0.216	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7588-2.8843	0.2988	115	0.2241	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8843-3.0363	0.2875	137	0.2384	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0363-3.2265	0.2262	158	0.1961	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2265-3.4755	0.2527	137	0.1976	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4755-3.8251	0.2079	142	0.1969	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8251-4.3781	0.2255	158	0.1718	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3781-5.5141	0.1822	149	0.1513	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5141-42.7991	0.174	170	0.1667	2921	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2319	0.2046	0.3436	7.2403	-0.0755	1.124	0.2008	-0.0794	0.0964	-0.1295	-0.1604	0.2788	0.1997	-0.1765	-0.0404	0.4878	-0.0174	-0.0312	0.2464	0.0175	0.1933	-27.8846	2.0352	-9.8866
2	4.2126	6.6915	-0.2372	24.275	-1.3308	3.562	-0.0542	-0.2499	-0.376	0.2384	-0.1527	-0.7743	-0.1724	0.083	0.2069	0.141	0.0086	0.0306	0.1957	0.0095	0.4212	-28.196	-37.6998	-3.9117
3	2.7903	-0.4089	-0.3067	10.0906	0.5968	2.2375	0.1438	-0.1501	-0.4445	0.1098	-0.2025	0.0143	0.3108	-0.0812	0.0587	0.1313	0.0063	0.0122	0.0937	0.0129	0.5047	-35.9326	-57.1562	-1.9134
4	1.5289	0.9844	0.3394	6.4496	0.4371	1.5993	-0.0195	-0.0125	-0.0657	-0.3843	-0.1699	0.4805	-0.004	-0.1532	0.1894	0.1308	0.0143	-0.0106	0.1499	-0.0259	0.496	-38.7438	-43.8391	-4.1684
5	11.5195	-3.2938	6.4727	10.8988	8.2845	15.9699	0.1403	0.4	-0.0287	-1.8993	0.0936	-0.5821	-0.4163	0.201	-0.2339	1.327	-0.1938	0.3184	0.047	-0.0776	0.43	-34.5082	-52.6874	-13.1832
6	0.8073	1.154	0.6051	12.6471	0.8098	1.1922	-0.1359	0.0516	-0.1081	-0.8033	0.0711	0.0076	-0.132	0.0928	0.0647	0.1674	0.0168	0.0224	0.0945	0.0021	0.3891	-33.0761	-41.7854	-8.0997
7	2.9352	0.9596	-0.5886	4.5542	0.7992	1.9563	-0.0048	-0.2844	-0.6876	0.445	-0.1917	-0.0477	0.1896	-0.0416	0.1964	0.1593	0.0058	0.0175	0.1578	0.0394	0.7622	-30.8466	-94.9991	0.8728
8	2.8839	1.2933	-0.0879	3.8324	0.7445	1.7063	0.0036	-0.2794	-0.5892	0.4311	-0.208	0.159	0.1444	-0.194	0.2044	0.1524	-0.0108	0.0555	0.1737	0.0203	0.7199	-34.5356	-92.1912	1.8868
9	1.2177	-0.5439	-0.1837	3.2829	-1.3704	1.444	0.1499	0.063	0.252	-0.4435	-0.0613	0.0233	-0.7376	0.0495	-0.0886	1.1802	-0.0225	0.0099	0.1248	-0.0353	0.2149	-58.8903	1.8694	11.0302
10	0.7534	-1.301	0.0131	5.5068	-1.0494	0.6509	0.262	0.1371	-0.1956	-0.8128	-0.3325	0.3923	-0.3636	-0.0402	0.0705	0.9171	0.0862	-0.1095	0.1745	-0.0694	0.3523	-60.8818	-22.9051	6.5323
11	1.9912	0.7478	-0.3551	9.2052	0.0505	1.4991	0.153	0.0512	-0.1773	0.0662	-0.1797	-0.4618	0.0994	0.0112	0.0267	0.1118	-0.0321	0.0097	0.1804	-0.0355	0.5025	-51.4712	-56.9824	3.5499
12	1.3224	-0.1333	0.1875	5.9199	0.0497	0.6769	0.1473	-0.0343	-0.0267	0.4659	-0.2124	-0.4615	-0.0294	0.0782	0.0652	0.1581	-0.0331	-0.0028	0.1429	-0.0275	0.5471	-49.3675	-44.1828	7.2321
13	0.8397	1.5935	-0.3076	29.9668	-4.8427	3.0874	0.36	-0.1664	0.0484	1.8944	-0.4832	0.2219	-0.1063	0.0249	0.1233	0.2358	-0.0724	0.0018	0.1673	-0.0544	0.391	-53.5182	-45.8147	13.3875
14	0.0918	0.2975	0.0419	12.7333	1.0246	0.6309	0.101	-0.073	-0.0189	0.9661	-0.1411	0.081	-0.0071	-0.1755	0.0401	0.1761	-0.0579	0.0502	0.1096	-0.0592	0.4408	-56.3209	-45.4921	10.483
15	0.976	0.1931	0.2301	6.0831	-0.1564	0.7601	0.0627	0.0878	-0.0666	-0.521	-0.0838	-0.7892	0.0764	0.0829	0.021	0.1206	-0.0135	0.0917	0.0968	-0.0098	0.5028	-55.0132	-92.1916	-4.108
16	17.2705	-6.9798	3.2075	36.3219	3.6701	24.8509	-0.1594	1.3315	-1.0317	-1.0634	0.6896	-0.1123	2.154	1.2474	-0.5303	0.277	0.0379	0.0401	0.2123	0.0364	0.6489	-49.5868	-111.4193	-4.9403

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 182:290 )	A	182 - 290
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 291:297 )	A	291 - 297
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 298:320 )	A	298 - 320
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 321:360 )	A	321 - 360
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 361:366 )	A	361 - 366
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 367:392 )	A	367 - 392
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 393:438 )	A	393 - 438
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 439:494 )	A	439 - 494
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 183:275 )	B	183 - 275
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 276:302 )	B	276 - 302
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 303:320 )	B	303 - 320
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 321:360 )	B	321 - 360
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 361:372 )	B	361 - 372
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 373:393 )	B	373 - 393
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 394:490 )	B	394 - 490
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 491:496 )	B	491 - 496

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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