PDB-5ir0: Crystal structure of protein of unknown function ORF19 from Vibri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ir0

タイトル

Crystal structure of protein of unknown function ORF19 from Vibrio cholerae O1 PICI-like element, C57S I109M mutant

要素

Uncharacterized protein ORF19

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Vibrio cholerae / alpha/beta protein / structure genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / National Institutes of Allergy and Infectious Diseases / NIAID

機能・相同性

CITRIC ACID / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.297 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of protein of unknown function ORF19 from Vibrio cholerae O1 PICI-like element, C57S I109M mutant
著者: Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ir0.cif.gz	94 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ir0.ent.gz	77.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ir0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ir0_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ir0_full_validation.pdf.gz	457.9 KB	表示
XML形式データ	5ir0_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	5ir0_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5ir0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5ir0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4g8v-1 4uyg-3 2qiu-d 4ygw-d 3d8y-1 3hvp-d 1r3m-2 3d6q-1 1r3m-1 3kkf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP92776

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein ORF19

B: Uncharacterized protein ORF19

ヘテロ分子

36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein ORF19

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein ORF19

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.852, 126.852, 51.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein ORF19 分子量: 18339.510 Da / 分子数: 2 / 変異: C57S, I109M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M1Q7T5
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M citrate, 20% PEG3350, cryoprotectant 5% PEG200, paratone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.297→25 Å / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 34.65
反射シェル	解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 3.57 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.297→24.859 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.57 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2932	950	9.99 %	Random
R_work	0.2375	-	-	-
obs	0.243	9505	78.28 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.297→24.859 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1666	0	13	4	1683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1711
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.047	2316
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.823	619
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	271
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	287

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2967-3.47	0.355	62	0.275	561	X-RAY DIFFRACTION	36
3.47-3.6868	0.3325	93	0.263	876	X-RAY DIFFRACTION	55
3.6868-3.9704	0.2993	131	0.2226	1187	X-RAY DIFFRACTION	76
3.9704-4.368	0.2905	159	0.2159	1416	X-RAY DIFFRACTION	91
4.368-4.9956	0.2474	164	0.2195	1509	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9956-6.2772	0.2891	169	0.2483	1537	X-RAY DIFFRACTION	98
6.2772-24.8598	0.3112	172	0.2521	1469	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0135	-2.1527	0.3334	3.6553	-1.1388	0.627	0.2132	0.0714	-0.3399	-0.5252	-0.1277	0.2945	0.113	0.0365	-0.1767	0.2877	-0.1089	-0.2438	0.1469	0.178	0.5437	60.6977	33.0476	19.739
2	5.427	-2.9515	-3.6341	7.3998	7.9159	8.5855	0.068	0.3523	-0.551	0.4023	0.0926	-0.0035	0.4231	0.3898	-0.1739	1.0018	0.1947	-0.0458	0.7173	0.2003	1.482	57.2789	15.0162	15.1235
3	0.015	0.0436	-0.0075	0.1326	-0.0276	0.0413	0.031	-0.0025	-0.025	-0.0237	0.0156	0.0789	0.089	-0.0388	0.1104	0.2613	-0.0489	-0.3123	0.0269	0.2327	0.463	51.3219	33.1049	21.2395
4	0.9916	0.0787	1.0986	0.3249	-0.0372	1.2653	-0.0033	0.5513	-0.3598	-0.4637	0.023	-0.5434	-0.2577	0.1967	-0.0251	0.4448	0.108	0.2675	0.7718	0.2069	0.6013	70.0769	34.3609	12.5071
5	2.6888	-2.6325	1.3593	8.7257	-0.8328	7.2257	0.155	-0.1068	-0.1993	-0.115	0.1884	0.361	-0.3668	-0.5396	-0.2585	0.4318	0.0676	-0.1195	0.2273	0.1004	0.7302	31.2932	24.7734	16.3765
6	0.9777	-0.565	0.1828	0.7964	-0.5649	0.7004	0.0793	0.144	0.0018	-0.1149	-0.0812	0.069	-0.1207	-0.1031	-0.1827	0.4478	0.1114	-0.2967	0.1916	0.1646	0.4038	40.4377	20.7805	12.0574
7	1.2523	-0.233	-0.343	2.7791	-0.6588	1.4117	-0.223	0.0154	-0.0605	0.098	-0.0959	0.3468	-0.1161	-0.039	-0.2802	0.2611	0.1904	-0.1847	0.0734	-0.0818	0.3835	34.7392	15.9119	12.6631

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:41)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 67:71)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 72:120)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 121:126)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 0:11)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 12:40)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 67:128)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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