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万見
- PDB-5ip0: PHA Binding Protein PhaP (Phasin) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ip0
タイトルPHA Binding Protein PhaP (Phasin)
要素PHA granule-associated protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PHB / Polyhydroxyalkanoates / PhaP / Biosurfactant / Amphiphilicity / Point Mutation / Emulsification
機能・相同性Phasin, subfamily 3 / Phasin / Phasin protein / : / PHA granule-associated protein
機能・相同性情報
生物種Aeromonas hydrophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Chen, G.Q. / Wang, X.Q. / Zhao, H.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
the State Basic Science Foundation 9732012CB725201 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural Insights on PHA Binding Protein PhaP from Aeromonas hydrophila
著者: Zhao, H. / Wei, H. / Liu, X. / Yao, Z. / Xu, M. / Wei, D. / Wang, J. / Wang, X. / Chen, G.Q.
履歴
登録2016年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHA granule-associated protein
B: PHA granule-associated protein
C: PHA granule-associated protein
D: PHA granule-associated protein
E: PHA granule-associated protein
F: PHA granule-associated protein
G: PHA granule-associated protein
H: PHA granule-associated protein
I: PHA granule-associated protein
J: PHA granule-associated protein
K: PHA granule-associated protein
L: PHA granule-associated protein
M: PHA granule-associated protein
N: PHA granule-associated protein
O: PHA granule-associated protein
P: PHA granule-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,76145
ポリマ－202,50116
非ポリマー3,26029
水00
1
A: PHA granule-associated protein
B: PHA granule-associated protein
C: PHA granule-associated protein
D: PHA granule-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,74914
ポリマ－50,6254
非ポリマー1,12410
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12320 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
2
E: PHA granule-associated protein
F: PHA granule-associated protein
G: PHA granule-associated protein
H: PHA granule-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,41211
ポリマ－50,6254
非ポリマー7877
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12270 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
3
I: PHA granule-associated protein
J: PHA granule-associated protein
K: PHA granule-associated protein
L: PHA granule-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,52512
ポリマ－50,6254
非ポリマー8998
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12320 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
4
M: PHA granule-associated protein
N: PHA granule-associated protein
O: PHA granule-associated protein
P: PHA granule-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0758
ポリマ－50,6254
非ポリマー4504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12230 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.785, 174.141, 198.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
PHA granule-associated protein / Putative regulative protein


分子量: 12656.328 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア)
遺伝子: phaP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32470
#2: 化合物...
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 %
解説: (Ta6Br12)2+-SAD method was used for the structure determination.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.5M sodium acetate trihydrate, 0.15M cadmium sulfate hydrate, 0.1M HEPES buffer (pH 7.5)
PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月13日
放射モノクロメーター: Ta cluster / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 43885 / % possible obs: 99.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3→46.852 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 2187 4.98 %
Rwork0.2265 --
obs0.2298 43883 95.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.852 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12000 0 29 0 12029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912064
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20416284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1837492
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.06530.47411370.36382541X-RAY DIFFRACTION94
3.0653-3.13660.4041460.34852567X-RAY DIFFRACTION95
3.1366-3.2150.42591410.31732576X-RAY DIFFRACTION95
3.215-3.30190.32381400.29592567X-RAY DIFFRACTION95
3.3019-3.39910.34011340.27882550X-RAY DIFFRACTION95
3.3991-3.50870.30441390.25572568X-RAY DIFFRACTION95
3.5087-3.63410.3341230.21812610X-RAY DIFFRACTION95
3.6341-3.77960.27341350.20792597X-RAY DIFFRACTION95
3.7796-3.95150.26761410.19552542X-RAY DIFFRACTION95
3.9515-4.15970.2451180.19412622X-RAY DIFFRACTION95
4.1597-4.42010.27171540.19372565X-RAY DIFFRACTION95
4.4201-4.76110.27411360.18912602X-RAY DIFFRACTION95
4.7611-5.23970.27931470.20642614X-RAY DIFFRACTION95
5.2397-5.99650.32481280.25422746X-RAY DIFFRACTION99
5.9965-7.54990.33441470.23862756X-RAY DIFFRACTION99
7.5499-46.85790.24181210.20682675X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3682-0.0178-0.83020.5672-0.19972.76490.09270.0020.08880.0127-0.08820.0654-0.038-0.21030.00020.8722-0.10630.0920.78970.03690.862-54.7094-24.3504104.5066
23.0337-0.6414-0.90932.0295-0.20381.19610.02860.20010.0856-0.2244-0.0113-0.0881-0.0841-0.1007-00.7428-0.02320.0690.6956-0.03930.7035-88.8414-33.071127.288
32.4367-0.811.0771.8931-0.31841.6043-0.02180.2721-0.3676-0.33740.01220.05260.0550.1290.00010.7512-0.02050.03220.65060.03990.773-20.1615-15.9168127.4627
41.67460.14430.43932.5161-0.06332.55680.0403-0.6095-0.13960.495-0.0363-0.2456-0.05250.0878-0.00110.863-0.0368-0.07140.90630.08990.7653-21.297718.4938149.4837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain B or chain C or chain D
2X-RAY DIFFRACTION2chain E or chain F or chain G or chain H
3X-RAY DIFFRACTION3chain I or chain J or chain K or chain L
4X-RAY DIFFRACTION4chain M or chain N or chain O or chain P

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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