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Yorodumi- PDB-4dwj: Crystal structure of Thymidylate Kinase from Staphylococcus aureu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dwj | ||||||
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Title | Crystal structure of Thymidylate Kinase from Staphylococcus aureus in complex with Thymidine Monophosphate | ||||||
Components | Thymidylate kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / THYMIDYLATE KINASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.74 Å | ||||||
Authors | Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. ...Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of Thymidylate Kinase from Staphylococcus aureus in complex with Thymidine Monophosphate Authors: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dwj.cif.gz | 649.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dwj.ent.gz | 541 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dwj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4dwj_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4dwj_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | 4dwj_validation.xml.gz | 59.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4dwj_validation.cif.gz | 78.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/4dwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/4dwj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2ccjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 26198.518 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) Strain: Mu50 / Gene: tmk, SAV0482 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) magic / References: UniProt: P65248, dTMP kinase #2: Chemical | ChemComp-TMP / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 25 % PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.97886 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 16, 2011 / Details: MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI-111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97886 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.74→30 Å / Num. all: 39979 / Num. obs: 39979 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 71.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.27 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.8 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 2CCJ Resolution: 2.74→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 36.772 / SU ML: 0.347 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.444 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.257 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.74→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.736→2.807 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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