PDB-5iol: Crystal structure of Nucleoside Diphosphate Kinase from Schistoso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iol

タイトル

Crystal structure of Nucleoside Diphosphate Kinase from Schistosoma mansoni

要素

Nucleoside diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Nucleoside Diphosphate Kinase / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.741 Å

データ登録者

Torini, J.R.S. / Romanello, L. / Bird, L.E. / Nettleship, J.E. / Owens, R.J. / Aller, P. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2019
タイトル: Characterization of a Schistosoma mansoni NDPK expressed in sexual and digestive organs.
著者: Torini, J.R. / de Freitas Fernandes, A. / Balasco Serrao, V.H. / Romanello, L. / Bird, L.E. / Nettleship, J.E. / Owens, R.J. / Brandao-Neto, J. / Zeraik, A.E. / DeMarco, R. / D'Muniz Pereira, H.

履歴

登録	2016年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5iol.ent.gz	623.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5iol_validation.pdf.gz	487.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iol_full_validation.pdf.gz	494.4 KB	表示
XML形式データ	5iol_validation.xml.gz	83.7 KB	表示
CIF形式データ	5iol_validation.cif.gz	121.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5iol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5iol	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5iomC 5kk8C 1ndlS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6joh-4 6k3h-2 6k3h-4 5c7p-1 3bbb-d 1ndl-1 1s5z-d 3wx8-1 5u2i-d 6k3h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

D: Nucleoside diphosphate kinase

E: Nucleoside diphosphate kinase

F: Nucleoside diphosphate kinase

G: Nucleoside diphosphate kinase

H: Nucleoside diphosphate kinase

I: Nucleoside diphosphate kinase

J: Nucleoside diphosphate kinase

K: Nucleoside diphosphate kinase

L: Nucleoside diphosphate kinase

203 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

E: Nucleoside diphosphate kinase

F: Nucleoside diphosphate kinase

K: Nucleoside diphosphate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 6 ポリマー
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2

D: Nucleoside diphosphate kinase

G: Nucleoside diphosphate kinase

H: Nucleoside diphosphate kinase

I: Nucleoside diphosphate kinase

J: Nucleoside diphosphate kinase

L: Nucleoside diphosphate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	211.760, 82.270, 122.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.89, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate kinase 分子量: 16895.359 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_092750 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 / 参照: UniProt: G4VJY9, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2045 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.58 % / 解説: Large plate
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 20000, 20%PEG MME 550 100 mM MOPS/HEPES-Na pH 7.5. 20mM of each sodiuml-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine HCl, DL-serine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→59.13 Å / Num. obs: 204192 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 21.6 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.74-1.79	3.3	0.704	1.9	1	98.3
7.78-59.13	3.5	0.031	32.5	1	97.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NDL

1ndl

解像度: 1.741→59.13 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1909	10267	5.03 %	Random selection
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.1644	204169	98.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.741→59.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14160	0	0	2045	16205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	14527
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.716	19607
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.748	8827
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	2082
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2561

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7405-1.7603	0.2946	308	0.2825	6426	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7603-1.781	0.2952	328	0.2741	6489	X-RAY DIFFRACTION	98
1.781-1.8027	0.3057	326	0.2581	6405	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8027-1.8255	0.2764	345	0.2452	6269	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8255-1.8496	0.2839	324	0.2396	6411	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8496-1.8749	0.2539	335	0.2275	6562	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8749-1.9017	0.2626	312	0.2181	6504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9017-1.9301	0.2362	352	0.2057	6524	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9301-1.9602	0.217	382	0.1892	6543	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9602-1.9924	0.2153	367	0.1875	6450	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9924-2.0267	0.22	345	0.1845	6521	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0267-2.0636	0.2163	358	0.1799	6468	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0636-2.1033	0.2142	340	0.1824	6497	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1033-2.1462	0.2102	378	0.1724	6438	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1462-2.1929	0.2017	374	0.1685	6425	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1929-2.2439	0.2011	338	0.1572	6479	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2439-2.3	0.2267	325	0.163	6464	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3-2.3622	0.1916	361	0.1602	6399	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3622-2.4317	0.2111	329	0.1575	6420	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4317-2.5102	0.1806	338	0.1614	6443	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5102-2.5999	0.1804	344	0.1588	6225	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5999-2.704	0.1942	333	0.1536	6492	X-RAY DIFFRACTION	98
2.704-2.8271	0.1987	347	0.1647	6532	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8271-2.9761	0.2076	361	0.1676	6509	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9761-3.1626	0.1824	332	0.1564	6544	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1626-3.4067	0.1779	328	0.1544	6499	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4067-3.7495	0.1612	346	0.1419	6470	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7495-4.292	0.1463	345	0.1316	6467	X-RAY DIFFRACTION	97
4.292-5.4068	0.1464	332	0.1283	6370	X-RAY DIFFRACTION	95
5.4068-59.1646	0.1668	334	0.1518	6657	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1928	-2.9953	1.1315	4.7404	-1.6597	2.2399	-0.0766	-0.0188	0.2149	0.2456	-0.0144	-0.144	-0.0988	-0.0722	0.0851	0.1261	-0.0349	-0.0017	0.2092	-0.0523	0.1255	111.1216	-10.2188	51.6295
2	2.5268	-2.648	1.3607	7.5296	-5.1754	3.7653	-0.0696	0.0992	-0.0101	-0.2299	-0.0466	-0.0112	0.0532	-0.035	0.0104	0.1667	0.0005	-0.0009	0.2744	-0.0657	0.1592	113.0834	-12.6074	42.2974
3	2.933	0.2671	0.8335	1.9505	0.3691	3.685	0.0487	-0.1296	0.1216	0.3713	-0.0514	0.0663	0.1032	0.1801	0.0223	0.1873	-0.0036	0.0289	0.1376	-0.0871	0.1756	112.6268	-5.02	56.0798
4	9.1108	0.3294	-4.1051	2.53	-1.659	6.833	-0.2766	-0.0155	-0.268	0.6328	0.1082	0.5989	0.3259	-0.7295	0.1902	0.3839	-0.0777	0.1311	0.3106	-0.094	0.2947	106.7	-12.5152	66.7075
5	1.4257	-0.7267	0.672	5.9555	0.1372	1.1484	0.0396	-0.0909	0.0781	0.0325	0.0314	0.4765	0.0903	-0.1581	-0.1041	0.1368	0.0072	0.0273	0.257	-0.051	0.1177	103.5285	-10.2318	47.0044
6	2.0945	-1.1035	0.2078	6.7475	-2.2545	1.4354	-0.0304	-0.0602	-0.0692	-0.1053	0.0789	0.183	0.1424	-0.2702	0.03	0.1892	-0.0466	0.0232	0.2865	-0.0415	0.1709	105.6079	-18.7379	51.422
7	4.2655	-0.1062	5.9577	3.0248	-0.2875	8.3625	-0.224	-0.9249	0.5904	0.2508	-0.056	0.2479	-0.2385	-0.626	0.2656	0.2164	0.0119	0.0143	0.2869	-0.1085	0.2358	103.9878	0.0645	55.7859
8	0.6622	0.4504	1.8473	0.435	0.2816	6.4019	-0.257	-0.1378	0.2834	-0.0359	-0.1906	0.0435	-0.6028	-0.1814	0.5027	0.2313	0.044	0.0123	0.2509	-0.0718	0.3185	111.8417	3.2275	40.0284
9	2.4132	0.4753	-0.6143	4.615	-0.2512	1.2287	0.0648	0.0942	-0.0559	-0.1255	-0.1552	0.0212	0.0979	-0.0595	0.0862	0.1294	0.0416	0.0029	0.2028	-0.0427	0.0943	105.9505	-17.5989	22.6738
10	2.4077	0.0732	-1.375	1.9215	-0.7793	2.1872	0.1865	0.4641	0.0761	-0.2032	-0.1905	0.0449	-0.1148	-0.033	0.0179	0.1614	0.054	-0.0492	0.2717	-0.0545	0.112	102.0736	-14.4491	13.8509
11	2.154	-1.5888	-0.1575	1.9652	-0.1251	0.2329	0.1067	0.2314	0.0142	-0.104	-0.0604	0.1223	0.0639	0.0384	-0.0573	0.1714	0.0492	-0.0315	0.2416	-0.0421	0.1492	96.6371	-10.5868	18.5516
12	1.6683	0.9359	0.7673	8.1596	5.3557	3.5316	-0.0762	-0.244	0.179	-0.145	-0.5541	1.1585	-0.4057	-0.7415	0.6103	0.2279	0.0609	-0.0229	0.3434	-0.0519	0.2959	96.0838	-18.5785	29.4457
13	2.6329	1.34	0.2392	3.6309	1.4481	2.6762	0.0893	-0.074	-0.0043	0.1666	-0.0853	0.3081	-0.0229	-0.0761	0.0179	0.15	0.0538	0.003	0.2321	-0.0542	0.1827	100.2637	-12.6955	29.7514
14	1.6907	-2.7973	0.5857	4.7337	-1.3721	0.626	0.3098	0.2987	-0.2337	-0.3077	-0.4062	0.3179	0.0758	-0.0636	0.0946	0.2216	0.0417	-0.0728	0.3397	-0.1373	0.2447	101.0298	-27.4731	13.743
15	2.0206	-1.1413	0.9018	3.461	-2.0063	2.8223	0.0018	-0.2711	0.1621	0.0201	-0.0084	-0.0724	-0.0403	0.0819	0.014	0.1146	-0.0128	0.0217	0.2233	-0.0616	0.1313	125.6561	-9.5456	42.6844
16	1.6451	-0.3854	-0.691	1.4566	-0.1475	0.8715	0.1225	-0.2744	0.4495	0.0837	0.0071	-0.1079	-0.1715	0.0421	-0.0855	0.1569	-0.0236	-0.0223	0.2449	-0.1156	0.262	131.1827	1.1677	43.5831
17	3.5949	-2.2627	4.15	5.5518	0.4881	7.5302	0.1482	-0.2515	-0.1263	0.0221	0.0623	-0.3989	0.2019	0.2097	-0.1389	0.1302	-0.0248	0.0128	0.2652	0.0024	0.1957	136.2225	-16.2602	44.8038
18	2.3946	0.5596	1.1073	1.3953	0.2284	2.6909	0.0235	-0.0759	0.1393	-0.0182	-0.077	-0.2213	0.0302	0.2941	0.0469	0.1396	-0.0173	0.0224	0.2424	-0.0241	0.2016	133.516	-7.0656	38.1945
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61	1.7491	-0.3516	1.1964	2.911	-1.8132	1.8492	-0.0255	0.0822	-0.0337	-0.0704	0.0127	-0.2887	0.0034	0.188	-0.0033	0.1318	0.0192	0.017	0.1346	-0.0159	0.1419	183.5298	-32.3163	12.0825
62	7.205	5.0915	0.5258	3.6125	0.4116	3.1474	-0.3539	0.4299	-0.2734	-0.6622	0.1951	-0.344	0.1096	0.2172	0.1527	0.3424	0.019	0.0564	0.1839	-0.0209	0.1854	180.1982	-28.2934	-7.1878
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精密化 TLSグループ

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11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 49 through 79 )
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13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 96 through 119 )
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15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 27 )
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21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 39 through 48 )
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23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 70 through 95 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 96 through 119 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 120 through 130 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 131 through 149 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 1 through 17 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 18 through 35 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 36 through 79 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 80 through 95 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 96 through 119 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 120 through 130 )
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35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 0 through 38 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 39 through 48 )
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39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 106 through 130 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 131 through 149 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 1 through 8 )
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45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 58 through 76 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 77 through 88 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 89 through 105 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 106 through 130 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 131 through 148 )
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59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'I' and (resid 58 through 76 )
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63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'I' and (resid 131 through 149 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'J' and (resid 1 through 17 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'J' and (resid 18 through 28 )
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75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'K' and (resid 1 through 79 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'K' and (resid 80 through 105 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'K' and (resid 106 through 130 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'K' and (resid 131 through 148 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'L' and (resid 0 through 35 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'L' and (resid 36 through 66 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'L' and (resid 67 through 95 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'L' and (resid 96 through 119 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'L' and (resid 120 through 130 )
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'L' and (resid 131 through 141 )
85	X-RAY DIFFRACTION	85	chain 'L' and (resid 142 through 149 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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