PDB-5io8: Salmonella Typhimurium VirG-like (STV) protein at 2.19 Angstrom r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5io8

タイトル

Salmonella Typhimurium VirG-like (STV) protein at 2.19 Angstrom resolution solved by Iodine SAD.

要素

VirG-like protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / LTxxQ motif / CpxP_like family / VirG-like protein

機能・相同性

LTXXQ motif family protein / LTXXQ motif family protein / periplasmic space / IODIDE ION / PHOSPHATE ION / Probable secreted protein (SPI-6 associated)

機能・相同性情報

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.192 Å

データ登録者

Pandey, N.K. / Ray, S. / Suar, M. / Bhavesh, N.S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Salmonella Typhimurium VirG-like (STV) protein at at 2.19 Angstrom resolution by SAD.
著者: Pandey, N.K. / Ray, S. / Suar, M. / Bhavesh, N.S.

履歴

登録	2016年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5io8.cif.gz	97.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5io8.ent.gz	73.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5io8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5io8_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5io8_full_validation.pdf.gz	451 KB	表示
XML形式データ	5io8_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	5io8_validation.cif.gz	14.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5io8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5io8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5wo2-d 1fqt-d 1jtt-2 2gwf-3 2x3g-1 7o0k-d 2jkw-d 4cgu-d 2v1r-d 1nzv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VirG-like protein

B: VirG-like protein

ヘテロ分子

28.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.115, 60.277, 62.603
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	LEU	LEU	chain A	A	A	8 - 115	8 - 115
2	ALA	ALA	chain B	B	B	8 - 114	8 - 114

#1: タンパク質	VirG-like protein 分子量: 13200.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-135 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: First four residues GSHM are from vector. 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌) 株: SL1344 / 遺伝子: SL1344_RS01575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3ND95*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.74 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.8 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic. pH=4.6-5.2. Crystal was soaked in 100mM Sodium Iodide for 5 minutes before flash freezing. PH範囲: 4.6-5.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 1.771 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.771 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 22529 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/av σ(I): 45.26 / Net I/σ(I): 13.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.19-2.23	6.9	0.403	1	99
2.23-2.27	7.3	0.316	1	99.5
2.27-2.31	7.3	0.293	1	99.3
2.31-2.36	7.4	0.254	1	99.6
2.36-2.41	7.4	0.203	1	99.6
2.41-2.47	7.4	0.178	1	100
2.47-2.53	7.5	0.151	1	99.6
2.53-2.6	7.5	0.124	1	100
2.6-2.67	7.5	0.119	1	99.8
2.67-2.76	7.5	0.094	1	100
2.76-2.86	7.6	0.085	1	100
2.86-2.97	7.6	0.07	1	100
2.97-3.11	7.6	0.065	1	100
3.11-3.27	7.6	0.059	1	100
3.27-3.48	7.7	0.056	1	100
3.48-3.74	7.7	0.057	1	100
3.74-4.12	7.6	0.053	1	100
4.12-4.72	7.8	0.045	1	100
4.72-5.94	7.8	0.04	1	100
5.94-50	7.7	0.038	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.192→31.302 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.88
詳細: 1) UNMODELLED BLOB NEAR LEU 56 AND GLN 73 IN CHAIN A. 2) UNMODELLED BLOB NEAR LEU 56 AND GLN 73 IN CHAIN B. 3) UNMODELLED BLOB NEAR ALA 55 IN CHAIN A.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2454	2259	10.04 %
R_work	0.2044	-	-
obs	0.2085	22496	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.7 Å² / B_iso mean: 49.7085 Å² / B_iso min: 23.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.192→31.302 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1571	0	34	78	1683
B_iso mean	-	-	85.76	47.61	-
残基数	-	-	-	-	205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1611
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.193	2198
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	257
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	284
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.931	578

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	879	X-RAY DIFFRACTION	11.477	TORSIONAL
1	2	B	879	X-RAY DIFFRACTION	11.477	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.192-2.2396	0.2896	146	0.2426	1262	1408	97
2.2396-2.2917	0.3138	132	0.239	1236	1368	100
2.2917-2.349	0.2486	165	0.2197	1260	1425	99
2.349-2.4125	0.2653	118	0.2118	1297	1415	100
2.4125-2.4834	0.3336	141	0.2138	1244	1385	100
2.4834-2.5636	0.281	135	0.2171	1266	1401	100
2.5636-2.6551	0.2403	152	0.2284	1251	1403	100
2.6551-2.7614	0.2707	132	0.2197	1264	1396	100
2.7614-2.887	0.3014	144	0.2166	1272	1416	100
2.887-3.0391	0.2453	142	0.229	1274	1416	100
3.0391-3.2293	0.2502	135	0.2158	1283	1418	100
3.2293-3.4783	0.2651	151	0.2073	1255	1406	100
3.4783-3.8278	0.233	130	0.1973	1267	1397	100
3.8278-4.3804	0.2177	148	0.1678	1278	1426	100
4.3804-5.514	0.2041	154	0.1877	1247	1401	100
5.514-31.3047	0.2365	134	0.207	1281	1415	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3152	-0.1239	0.44	0.1418	0.1449	1.6006	-0.1735	-0.7227	-1.0469	0.415	-0.0464	0.5937	0.0185	-1.4447	-0.0174	0.6219	-0.0874	0.0554	0.8019	0.092	0.5718	36.9727	5.219	13.7217
2	1.1608	-0.6922	-0.3358	1.3281	0.0831	1.0544	0.5076	0.1814	-0.4689	-0.161	0.1718	-0.2046	0.4039	-0.124	0.0263	0.4478	0.0209	-0.0582	0.2684	0.0952	0.4016	48.3642	4.2458	11.3318
3	5.4269	2.4595	-6.0407	2.5132	-4.4787	8.8911	1.3122	-1.4612	-0.3037	0.8658	-1.0856	-0.5767	0.7313	1.0211	0.0444	0.7192	-0.094	0.0422	0.549	-0.0136	0.4384	57.9294	10.1996	30.4371
4	1.8504	0.3266	-0.762	0.9651	0.8846	1.4214	0.1258	-0.3501	0.031	0.0294	0.2776	-0.1697	0.0119	0.7462	0.0016	0.3261	0.0952	-0.019	0.4223	0.0074	0.4047	50.9898	16.1325	29.8661
5	0.4439	0.3063	-0.0933	0.7678	-0.3449	0.1609	-0.1457	-1.1283	0.3464	0.4074	0.356	-0.083	0.0245	-0.5923	-0	0.567	0.177	-0.0391	0.9679	-0.0255	0.4738	34.5005	15.5712	9.5138
6	2.8524	-0.9499	0.7675	1.0974	-0.642	2.2137	0.0994	-0.3409	-0.25	-0.0998	0.0446	0.0862	0.1593	-0.099	0.0001	0.3589	0.0029	-0.0504	0.3124	-0.0522	0.3662	34.1786	17.9629	47.2831
7	0.0589	0.0412	0.0193	0.1011	0.0711	0.5626	0.0066	0.0622	0.144	-0.4557	0.0293	0.3354	-1.6341	-0.4311	0.0155	0.6302	0.18	0.0924	0.6236	0.2179	0.6378	43.9989	24.6737	14.9959
8	1.5999	-0.2482	-1.0567	1.0667	-0.1974	0.8426	0.2404	-0.2812	0.1708	0.0232	-0.027	-0.0594	-0.5651	0.4586	0.0005	0.3772	0.0262	-0.0109	0.3505	-0.0431	0.4343	46.2667	22.1355	36.1116
9	0.1477	0.2328	0.012	0.3733	0.0652	0.1426	-0.1333	0.0377	-0.6798	-0.266	0.274	0.0786	0.2497	0.5824	-0.0009	0.5351	0.1282	-0.0132	0.6406	0.0245	0.4942	43.2698	7.8625	51.5149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 25 )	A	9 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 45 )	A	26 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 54 )	A	46 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 55 through 98 )	A	55 - 98
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 99 through 115 )	A	99 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 8 through 45 )	B	8 - 45
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 46 through 66 )	B	46 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 67 through 98 )	B	67 - 98
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 99 through 114 )	B	99 - 114

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)