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万見
- PDB-5inp: Mouse Tdp2 reaction product (5'-phosphorylated DNA)-Mn2+ complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5inp
タイトルMouse Tdp2 reaction product (5'-phosphorylated DNA)-Mn2+ complex
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
  • Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
キーワードhydrolase/dna / dna repair / endonuclease/exonuclease/phosphatase (EEP) domain / hydrolase-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / aggresome / neuron development / PML body / double-strand break repair / manganese ion binding ...tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / aggresome / neuron development / PML body / double-strand break repair / manganese ion binding / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / nucleolus / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.947 Å
データ登録者Schellenberg, M.J. / Williams, R.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1Z01ES102765 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Reversal of DNA damage induced Topoisomerase 2 DNA-protein crosslinks by Tdp2.
著者: Schellenberg, M.J. / Perera, L. / Strom, C.N. / Waters, C.A. / Monian, B. / Appel, C.D. / Vilas, C.K. / Williams, J.G. / Ramsden, D.A. / Williams, R.S.
履歴
登録2016年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
C: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8298
ポリマ－63,2424
非ポリマー5864
水7,927440
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.592, 68.521, 166.899
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 / Tyr-DNA phosphodiesterase 2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / ...Tyr-DNA phosphodiesterase 2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / TRAF and TNF receptor-associated protein


分子量: 28905.230 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 118-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tdp2, Ttrap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9JJX7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')


分子量: 2715.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES, 14-18% PEG3350, 200 mM sodium acetate, 10mM magnesium acetate. Crystal was soaked into the same condition with 5mM manganese chloride instead of magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.947→50 Å / Num. obs: 82918 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 26.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/av σ(I): 25.476 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.95-2.0220.181180.7
2.02-2.12.50.147192.5
2.1-2.23.60.124199.3
2.2-2.314.90.1071100
2.31-2.465.10.091100
2.46-2.655.20.0741100
2.65-2.916.50.0731100
2.91-3.338.70.0611100
3.33-4.28.40.0471100
4.2-507.20.04198.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GZ1

4gz1


解像度: 1.947→29.842 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1696 4171 5.03 %random
Rwork0.1429 ---
obs0.1442 82918 93.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.02 Å2 / Biso mean: 36.44 Å2 / Biso min: 16.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.947→29.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3994 368 15 444 4821
Biso mean--52.81 44.82 -
残基数----520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064695
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0266461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004776
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2931811
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9473-1.96940.2623860.20641460154653
1.9694-1.99260.2216980.17781774187264
1.9926-2.01690.191070.16921993210071
2.0169-2.04240.18591100.17682129223976
2.0424-2.06930.18981150.17462304241982
2.0693-2.09760.2141340.15832435256986
2.0976-2.12760.22911490.16382530267992
2.1276-2.15930.19271500.1482646279695
2.1593-2.1930.1831530.14662792294598
2.193-2.2290.18261320.140627662898100
2.229-2.26740.16971470.129128282975100
2.2674-2.30860.20071300.140128412971100
2.3086-2.3530.16081640.142927722936100
2.353-2.4010.1861550.145627572912100
2.401-2.45320.17311500.14728082958100
2.4532-2.51020.16781490.134228112960100
2.5102-2.5730.1751690.140527862955100
2.573-2.64250.17611450.140327922937100
2.6425-2.72020.17231520.144527922944100
2.7202-2.8080.17131690.13927892958100
2.808-2.90820.19891270.153528122939100
2.9082-3.02460.18981390.154428422981100
3.0246-3.16210.18481410.142527752916100
3.1621-3.32860.16241580.13627822940100
3.3286-3.53680.1511620.138128062968100
3.5368-3.80940.14031560.130128222978100
3.8094-4.19180.14071450.120927872932100
4.1918-4.79620.12531490.112427652914100
4.7962-6.03450.18351180.14312830294899
6.0345-29.84530.2071120.19292721283396
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0237-0.02740.15891.0710.02491.2550.0421-0.13630.02250.107-0.0179-0.03790.0258-0.1030.00420.1983-0.0118-0.01370.1709-0.02460.1646-11.2799-15.962613.107
21.49790.0281-0.00762.0688-0.0851.53040.08040.01410.0730.1301-0.1163-0.054-0.11110.01740.03310.2586-0.0184-0.01780.1659-0.010.172910.2001-59.499328.8157
33.2968-4.77891.65137.0978-2.2171.00790.04251.44870.4839-0.2342-0.47760.0003-0.12340.0810.14980.4775-0.0003-0.03410.71520.20530.58258.8155-37.752611.6047
42.023-1.22371.19244.6561-1.04652.12110.24450.2067-0.8810.2777-0.1854-0.33780.70961.2268-0.0450.60550.2151-0.13230.61980.02290.62725.8352-37.54959.4828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA116 - 370
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB123 - 370
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 9
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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