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Yorodumi- PDB-5tvp: SUMO2 bound to Mouse Tdp2 catalytic domain with a 5'-phosphorylat... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tvp | ||||||
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Title | SUMO2 bound to Mouse Tdp2 catalytic domain with a 5'-phosphorylated DNA ternary complex | ||||||
Components |
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Keywords | hydrolase/dna / hydrolase / dna repair / endonuclease/exonuclease/phosphatase (EEP) domain / hydrolase-dna complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information SUMO is proteolytically processed / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of chromatin organization proteins ...SUMO is proteolytically processed / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of chromatin organization proteins / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / SUMOylation of intracellular receptors / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Formation of Incision Complex in GG-NER / Processing of DNA double-strand break ends / positive regulation of protein sumoylation / Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-diester hydrolases / phosphoric diester hydrolase activity / SUMO transferase activity / aggresome / ubiquitin-like protein ligase binding / nuclear retinoid X receptor binding / protein sumoylation / neuron development / PML body / protein tag activity / double-strand break repair / protein localization / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / manganese ion binding / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.399 Å | ||||||
Authors | Schellenberg, M.J. / Williams, R.S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Science / Year: 2017 Title: ZATT (ZNF451)-mediated resolution of topoisomerase 2 DNA-protein cross-links. Authors: Schellenberg, M.J. / Lieberman, J.A. / Herrero-Ruiz, A. / Butler, L.R. / Williams, J.G. / Munoz-Cabello, A.M. / Mueller, G.A. / London, R.E. / Cortes-Ledesma, F. / Williams, R.S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tvp.cif.gz | 929.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tvp.ent.gz | 768.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tvp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5tvp_validation.pdf.gz | 534.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5tvp_full_validation.pdf.gz | 547 KB | Display | |
Data in XML | 5tvp_validation.xml.gz | 79.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5tvp_validation.cif.gz | 110.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5tvqC 4gz1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 9 molecules IOEGBAKMQ
#1: Protein | Mass: 28905.230 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Tdp2, Ttrap / Cell line (production host): Rosetta 2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9JJX7, Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-diester hydrolases #3: Protein | | Mass: 9365.512 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Sumo2, Smt3b, Smt3h2 / Cell line (production host): Rosetta2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P61957 |
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-DNA chain , 1 types, 8 molecules JPFHCDLN
#2: DNA chain | Mass: 2715.799 Da / Num. of mol.: 8 / Source method: obtained synthetically / Details: synthetic DNA sequence / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
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-Non-polymers , 4 types, 715 molecules
#4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 100 mM citrate-phosphate, 200mM NaCl, 12% (w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 4, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.399→50 Å / Num. obs: 116619 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 39.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/av σ(I): 5.896 / Net I/σ(I): 4.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4GZ1 Resolution: 2.399→49.273 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 27.58
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 159.92 Å2 / Biso mean: 55.168 Å2 / Biso min: 7.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.399→49.273 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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