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万見
- PDB-5ilv: Uninhibited ETV5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ilv
タイトルUninhibited ETV5
要素ETS translocation variant 5
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ETV5 / ETS / transcription factor / autoinhibition transcription / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


male germ-line stem cell asymmetric division / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity ...male germ-line stem cell asymmetric division / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
PEA3-type ETS-domain transcription factor, N-terminal / PEA3 subfamily ETS-domain transcription factor N terminal domain / Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...PEA3-type ETS-domain transcription factor, N-terminal / PEA3 subfamily ETS-domain transcription factor N terminal domain / Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ETS translocation variant 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Whitby, F.G. / Currie, S.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM38663 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structured and disordered regions cooperatively mediate DNA-binding autoinhibition of ETS factors ETV1, ETV4 and ETV5.
著者: Currie, S.L. / Lau, D.K.W. / Doane, J.J. / Whitby, F.G. / Okon, M. / McIntosh, L.P. / Graves, B.J.
履歴
登録2016年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ETS translocation variant 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8841
ポリマ－10,8841
非ポリマー00
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5960 Å2
2
A: ETS translocation variant 5

A: ETS translocation variant 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7672
ポリマ－21,7672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area1820 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.371, 65.611, 52.677
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-519-

HOH

21A-524-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ETS translocation variant 5 / Ets-related protein ERM


分子量: 10883.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETV5, ERM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41161
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% PEG 3350, 200 mM (NH4)2SO4, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 9566 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 23.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.001 / Net I/av σ(I): 16.355 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 50220
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.864.20.705197.3
1.86-1.944.60.535198.7
1.94-2.035.10.361199.5
2.03-2.135.50.249199.9
2.13-2.275.60.199199.9
2.27-2.445.60.16199.7
2.44-2.695.60.107199.9
2.69-3.085.60.078199.7
3.08-3.885.40.055199.5
3.88-305.10.04198.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å22.49 Å
Translation2.5 Å22.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→22.487 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 479 5.02 %Random selection
Rwork0.1862 ---
obs0.1886 9542 98.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.71 Å2 / Biso mean: 33.0053 Å2 / Biso min: 14.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→22.487 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数767 0 0 110 877
Biso mean---44.59 -
残基数----92
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006795
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8411074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049107
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.833472
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7912-2.05020.29771550.24382924307997
2.0502-2.58250.27191600.212830173177100
2.5825-22.48860.20491640.16333122328699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.4139 Å / Origin y: 12.285 Å / Origin z: -13.5747 Å
111213212223313233
T0.1403 Å20.0159 Å2-0.0055 Å2-0.0973 Å2-0.0092 Å2--0.1391 Å2
L2.8838 °20.195 °2-0.0434 °2-1.1096 °2-0.1944 °2--2.6346 °2
S0.0726 Å °0.0154 Å °-0.0855 Å °0.0019 Å °-0.0329 Å °-0.0116 Å °-0.0133 Å °0.0278 Å °-0.0072 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA366 - 457
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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