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- PDB-5ikr: The Structure of Mefenamic Acid Bound to Human Cyclooxygenase-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ikr
タイトルThe Structure of Mefenamic Acid Bound to Human Cyclooxygenase-2
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / COX Mefenamic
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / positive regulation of fibroblast growth factor production ...Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to lead ion / response to nematode / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of synaptic plasticity / regulation of neuroinflammatory response / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Nicotinamide salvaging / response to fructose / cyclooxygenase pathway / positive regulation of smooth muscle contraction / response to fatty acid / positive regulation of fever generation / response to vitamin D / cellular response to fluid shear stress / prostaglandin secretion / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / response to manganese ion / nuclear outer membrane / response to angiotensin / nuclear inner membrane / negative regulation of smooth muscle contraction / prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to ATP / maintenance of blood-brain barrier / bone mineralization / Interleukin-10 signaling / negative regulation of calcium ion transport / decidualization / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / response to tumor necrosis factor / brown fat cell differentiation / response to glucocorticoid / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / learning / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / peroxidase activity / caveola / memory / regulation of blood pressure / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / response to estradiol / cellular response to heat / regulation of inflammatory response / cellular response to hypoxia / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO / 2-[(2,3-DIMETHYLPHENYL)AMINO]BENZOIC ACID / AMMONIUM ION / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.342 Å
データ登録者Orlando, B.J. / Malkowski, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115386 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Substrate-selective Inhibition of Cyclooxygeanse-2 by Fenamic Acid Derivatives Is Dependent on Peroxide Tone.
著者: Orlando, B.J. / Malkowski, M.G.
履歴
登録2016年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Data collection / Database references
改定 1.22016年7月27日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,44819
ポリマ－126,8512
非ポリマー4,59717
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11360 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area42250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.672, 149.694, 188.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-830-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin- ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2


分子量: 63425.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGS2, COX2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35354, prostaglandin-endoperoxide synthase

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糖 , 3種, 8分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 500分子

#3: 化合物 ChemComp-ID8 / 2-[(2,3-DIMETHYLPHENYL)AMINO]BENZOIC ACID / MEFENAMIC ACID / メフェナム酸


分子量: 241.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H15NO2 / コメント: 抗炎症剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-COH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO


分子量: 619.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C34H32CoN4O4
#7: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: H4N
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 400, 100mM HEPES, 300mM Ammonium Phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 75533 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 30.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.342→19.995 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2111 3580 4.95 %
Rwork0.1847 --
obs0.186 72316 95.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.342→19.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8940 0 313 491 9744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0129552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8412966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9563508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3423-2.37310.2164790.24131790X-RAY DIFFRACTION65
2.3731-2.40550.2925970.23852106X-RAY DIFFRACTION76
2.4055-2.43990.27731140.22432156X-RAY DIFFRACTION79
2.4399-2.47620.26491120.23182321X-RAY DIFFRACTION84
2.4762-2.51480.24111160.2242452X-RAY DIFFRACTION89
2.5148-2.5560.26581480.22822607X-RAY DIFFRACTION96
2.556-2.60.27231470.22892689X-RAY DIFFRACTION99
2.6-2.64710.25791340.22332736X-RAY DIFFRACTION99
2.6471-2.69790.23511250.22352709X-RAY DIFFRACTION99
2.6979-2.75290.23881500.2142730X-RAY DIFFRACTION99
2.7529-2.81260.21681350.20362759X-RAY DIFFRACTION99
2.8126-2.87780.26111520.21252724X-RAY DIFFRACTION100
2.8778-2.94960.25251560.21952745X-RAY DIFFRACTION100
2.9496-3.0290.25231520.20442759X-RAY DIFFRACTION100
3.029-3.11790.271550.20252720X-RAY DIFFRACTION100
3.1179-3.21810.22671540.20242744X-RAY DIFFRACTION100
3.2181-3.33260.22671350.19962775X-RAY DIFFRACTION100
3.3326-3.46540.21111630.1822729X-RAY DIFFRACTION100
3.4654-3.62220.17981410.16562769X-RAY DIFFRACTION100
3.6222-3.81190.16881480.15462755X-RAY DIFFRACTION100
3.8119-4.04890.17831330.15462799X-RAY DIFFRACTION100
4.0489-4.35860.16751520.1522778X-RAY DIFFRACTION100
4.3586-4.79170.16211330.14282798X-RAY DIFFRACTION100
4.7917-5.47260.16351380.14672843X-RAY DIFFRACTION100
5.4726-6.84860.20881740.18932804X-RAY DIFFRACTION100
6.8486-19.99540.21761370.18092939X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6985-2.04410.08723.87661.19970.6762-0.16970.28120.2856-0.1950.1027-0.9878-0.14980.39920.11660.2232-0.0106-0.01270.47950.07670.55358.110121.376455.3702
20.7324-0.51170.12622.1286-0.64741.0836-0.1664-0.0329-0.13110.0811-0.0152-0.29970.11320.24370.18470.16990.0531-0.00680.32730.06680.271643.99687.70765.3515
31.5750.0366-0.0831.8313-0.10711.1528-0.10410.2129-0.2395-0.16720.02790.40640.1818-0.07790.05720.1625-0.0049-0.03070.1979-0.02580.314223.05675.239959.2664
41.50980.0239-0.58241.7456-0.17151.8557-0.08560.2557-0.2907-0.2872-0.0385-0.08910.12250.16060.11830.19980.0524-0.01480.2463-0.0210.236837.03354.348956.1317
51.3502-0.73191.08092.7373-0.06622.5057-0.1712-0.4529-0.08571.0315-0.04080.0004-0.2253-0.08640.20960.82940.13590.05640.48450.08820.247330.670514.783597.6821
61.32180.33510.16311.03390.61670.7479-0.3164-0.26920.09620.98350.0466-0.1338-0.14040.3836-0.1130.59210.0368-0.37260.46970.08730.27942.278829.974286.0953
71.3019-0.0573-0.40432.1953-0.46911.5696-0.0883-0.10960.42080.5359-0.0113-0.0078-0.64090.03390.05760.502-0.0031-0.21170.2228-0.02290.33232.921145.595773.9585
80.6193-0.06060.32811.4247-0.30040.7154-0.1869-0.40620.35460.8790.0052-0.0864-0.65490.1130.08730.80060.0412-0.20230.4097-0.08470.394435.225141.918487.4171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 34:83)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 84:147)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 148:444)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 445:583)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 34:83)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 84:147)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 148:421)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 422:583)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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