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- PDB-5iju: Structure of an AA10 Lytic Polysaccharide Monooxygenase from Baci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iju
タイトルStructure of an AA10 Lytic Polysaccharide Monooxygenase from Bacillus amyloliquefaciens with Cu(II) bound
要素BaAA10 Lytic Polysaccharide Monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / lytic polysaccharide monooxygenase / copper II (銅) / CAZy AA10
機能・相同性chitin-binding protein cbp21 / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta / COPPER (II) ION / :
機能・相同性情報
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gregory, R.C. / Hemsworth, G.R. / Turkenburg, J.P. / Hart, S.J. / Walton, P.H. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/I014802/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L000423 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L021633/1 英国
引用
ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2016
タイトル: Activity, stability and 3-D structure of the Cu(ii) form of a chitin-active lytic polysaccharide monooxygenase from Bacillus amyloliquefaciens.
著者: Gregory, R.C. / Hemsworth, G.R. / Turkenburg, J.P. / Hart, S.J. / Walton, P.H. / Davies, G.J.
#1: ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2013
タイトル: The copper active site of CBM33 polysaccharide oxygenases.
著者: Hemsworth, G.R. / Taylor, E.J. / Kim, R.Q. / Gregory, R.C. / Lewis, S.J. / Turkenburg, J.P. / Parkin, A. / Davies, G.J. / Walton, P.H.
履歴
登録2016年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22016年11月2日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BaAA10 Lytic Polysaccharide Monooxygenase
B: BaAA10 Lytic Polysaccharide Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9857
ポリマ－39,6942
非ポリマー2915
水5,080282
1
A: BaAA10 Lytic Polysaccharide Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9733
ポリマ－19,8471
非ポリマー1262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BaAA10 Lytic Polysaccharide Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0134
ポリマ－19,8471
非ポリマー1663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.779, 73.482, 75.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 BaAA10 Lytic Polysaccharide Monooxygenase / RBAM17540


分子量: 19847.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein was produced as a SUMO fusion, the SUMO domain removed using SUMO protease during purification
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
遺伝子: RBAM17540, BAMF_1859 / プラスミド: Champion-pETSUMO / 詳細 (発現宿主): Invitrogen / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: E1UUV3
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M NaOAc pH 5.0, 20 % PEG-6000, 0.2 M CaCl2 Micro seeded using crystals grown in 0.1 M MMT pH 4.0, 25 % PEG-1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→37.11 Å / Num. obs: 41043 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 7.2 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2YOX

2yox


解像度: 1.7→37.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.128
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2635 2062 5 %RANDOM
Rwork0.2229 ---
obs0.2249 41020 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 34.94 Å2 / Biso mean: 9.4268 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å2-0.42 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2782 0 11 282 3075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192876
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6371.9023912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.76635976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9795354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.39724.559136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35815424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.785158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0180.02708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6640.8451422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6640.8441421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1181.2641774
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 150 -
Rwork0.282 2892 -
all-3042 -
obs--99.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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