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- PDB-5ijb: The ligand-free structure of the mouse TLR4/MD-2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ijb
タイトルThe ligand-free structure of the mouse TLR4/MD-2 complex
要素
  • Lymphocyte antigen 96
  • Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B chimera
キーワードIMMUNE SYSTEM / leucine-rich repeats
機能・相同性
機能・相同性情報


MyD88-independent TLR4 cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Heme signaling / nitric oxide production involved in inflammatory response / Regulation of TLR by endogenous ligand / TRIF-mediated programmed cell death / MHC class II biosynthetic process / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex ...MyD88-independent TLR4 cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Heme signaling / nitric oxide production involved in inflammatory response / Regulation of TLR by endogenous ligand / TRIF-mediated programmed cell death / MHC class II biosynthetic process / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / lipopolysaccharide immune receptor activity / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Toll-like receptor 4 binding / mast cell activation / lipopolysaccharide receptor complex / positive regulation of lymphocyte proliferation / detection of lipopolysaccharide / regulation of dendritic cell cytokine production / lymphocyte proliferation / negative regulation of interleukin-23 production / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / wound healing involved in inflammatory response / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / intestinal epithelial structure maintenance / positive regulation of interleukin-1 production / positive regulation of interleukin-13 production / macrophage activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / astrocyte development / microglia differentiation / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of platelet activation / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of macrophage cytokine production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / cellular response to lipoteichoic acid / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interferon-alpha production / negative regulation of type II interferon production / B cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / phagocytic cup / phagocytosis / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / neurogenesis / ruffle / positive regulation of B cell proliferation / nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of interleukin-12 production / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAP kinase activity / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of JNK cascade / lipopolysaccharide binding / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response
類似検索 - 分子機能
Lymphocyte antigen 96 / Immunoglobulin-like - #770 / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Toll-like receptor / : / Leucine rich repeat N-terminal domain ...Lymphocyte antigen 96 / Immunoglobulin-like - #770 / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Toll-like receptor / : / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Variable lymphocyte receptor B / Lymphocyte antigen 96 / Toll-like receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Wang, Y. / Su, L. / Morin, M.D. / Jones, B.T. / Whitby, L.R. / Surakattula, M. / Huang, H. / Shi, H. / Choi, J.H. / Wang, K. ...Wang, Y. / Su, L. / Morin, M.D. / Jones, B.T. / Whitby, L.R. / Surakattula, M. / Huang, H. / Shi, H. / Choi, J.H. / Wang, K. / Moresco, E.M. / Berger, M. / Zhan, X. / Zhang, H. / Boger, D.L. / Beutler, B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: TLR4/MD-2 activation by a synthetic agonist with no similarity to LPS.
著者: Wang, Y. / Su, L. / Morin, M.D. / Jones, B.T. / Whitby, L.R. / Surakattula, M.M. / Huang, H. / Shi, H. / Choi, J.H. / Wang, K.W. / Moresco, E.M. / Berger, M. / Zhan, X. / Zhang, H. / Boger, D.L. / Beutler, B.
履歴
登録2016年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年4月27日ID: 5HG3
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.details / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B chimera
C: Lymphocyte antigen 96
B: Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B chimera
D: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,22116
ポリマ－169,3474
非ポリマー3,87412
水00
1
A: Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B chimera
C: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4078
ポリマ－84,6732
非ポリマー1,7346
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint29 kcal/mol
Surface area33300 Å2
手法PISA
2
B: Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B chimera
D: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8148
ポリマ－84,6732
非ポリマー2,1406
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area33340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.320, 128.320, 277.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B chimera


分子量: 67280.703 Da / 分子数: 2
断片: TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
遺伝子: Tlr4, Lps, VLRB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9QUK6, UniProt: Q4G1L2
#2: タンパク質 Lymphocyte antigen 96 / Ly-96 / ESOP-1 / Protein MD-2


分子量: 17392.793 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ly96, Esop1, Md2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9JHF9
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Bicine, pH 7.5, 12% PEG10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 51785 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/av σ(I): 27.052 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2Z64

2z64


解像度: 2.91→48.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 45.049 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.964 / ESU R Free: 0.448 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30775 2639 5.1 %RANDOM
Rwork0.24309 ---
obs0.24635 49091 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 100.275 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.03 Å20 Å2-0 Å2
2---4.03 Å20 Å2
3---8.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→48.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11873 0 0 0 11873
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01912173
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.681.98416570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8823.00226418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.50351451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.27224.723542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.301152097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1191544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0266.5055816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0266.5045815
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5749.757263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.5749.7517264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8736.8816357
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8726.8816357
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.44810.2289252
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.95952.18613428
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.95952.1913429
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.905→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 191 -
Rwork0.355 3506 -
obs--97.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71370.0953-0.17430.2079-0.09930.08110.01810.0462-0.0619-0.06870.03620.12940.00910.0297-0.05440.4875-0.03800.5178-0.00380.144436.3131-5.6196-41.4559
20.70780.19440.38650.87540.25430.6102-0.0266-0.15780.13110.0330.150.16130.04290.013-0.12330.37120.00180.12210.56020.00320.270530.38155.4773-17.2534
30.51010.1447-0.04620.382-0.07610.0514-0.0965-0.04390.01930.17020.0344-0.1989-0.01-0.06430.06210.50580.0332-0.10890.53470.01330.149691.787912.0791-19.9894
42.1626-0.34630.74690.8784-0.94071.164-0.44220.26330.55060.09330.1997-0.1871-0.0412-0.07310.24250.4572-0.0545-0.12370.46980.06860.263391.021723.877-44.465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 619
2X-RAY DIFFRACTION1A701 - 705
3X-RAY DIFFRACTION2C22 - 157
4X-RAY DIFFRACTION2C201 - 203
5X-RAY DIFFRACTION3B27 - 618
6X-RAY DIFFRACTION3B701 - 708
7X-RAY DIFFRACTION4D22 - 155
8X-RAY DIFFRACTION4D201 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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