PDB-5iie: STRUCTURE OF THE UNLIGANDED ANTI-HIV ANTIBODY DH501 THAT BINDS GP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iie

タイトル

STRUCTURE OF THE UNLIGANDED ANTI-HIV ANTIBODY DH501 THAT BINDS GP120 V3 GLYCAN AND THE BASE OF V3

要素

antibody DH501 FabH chain
antibody DH501 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV-1 antibody gp120

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Nicely, N.I. / Haynes, B.F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Vaccine Elicitation of High Mannose-Dependent Neutralizing Antibodies against the V3-Glycan Broadly Neutralizing Epitope in Nonhuman Primates.
著者: Saunders, K.O. / Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Bonsignori, M. / Meyerhoff, R.R. / Parks, R. / Walkowicz, W.E. / Aussedat, B. / Wu, N.R. / Cai, F. / Vohra, Y. / Park, P.K. / Eaton, A. / Go, E.P. ...

履歴

登録	2016年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iie.cif.gz	321.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iie.ent.gz	262.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iie.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iie_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iie_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	5iie_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	5iie_validation.cif.gz	37.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5iie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5iie	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t4zC 3aazS 4q2zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6amj-2 7lsi-1 6amm-d 4yny-1 5odb-d 3ra7-2 4odu-1 5ds8-1 6o26-d 6co3-d 5lgh-d 7kqy-1 4xcn-6 5d1z-3 4m6n-d 4why-1 6wk4-d 2ymx-d 5i8e-1 4xcy-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: antibody DH501 FabH chain

L: antibody DH501 light chain

A: antibody DH501 FabH chain

B: antibody DH501 light chain

95 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: antibody DH501 FabH chain

L: antibody DH501 light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: antibody DH501 FabH chain

B: antibody DH501 light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.113, 89.028, 132.131
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	antibody DH501 FabH chain 分子量: 24641.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	antibody DH501 light chain 分子量: 22857.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 6.5, 20% PEG 6,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 22224 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.724 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AAZ, 4Q2Z

3aaz

4q2z

解像度: 2.8→39.477 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2729	1889	9.02 %
R_work	0.2058	-	-
obs	0.2118	20952	91.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.477 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6137	0	0	5	6142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6326
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.782	8632
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.865	2241
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1002
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1095

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.8737	0.3993	122	0.2897	1272	X-RAY DIFFRACTION	81
2.8737-2.9582	0.4008	124	0.2726	1312	X-RAY DIFFRACTION	83
2.9582-3.0536	0.3361	135	0.2762	1333	X-RAY DIFFRACTION	85
3.0536-3.1627	0.3038	135	0.2663	1357	X-RAY DIFFRACTION	87
3.1627-3.2893	0.3559	140	0.2525	1403	X-RAY DIFFRACTION	90
3.2893-3.4389	0.3206	148	0.2341	1433	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4389-3.6201	0.2636	149	0.2196	1480	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6201-3.8467	0.2677	144	0.2133	1477	X-RAY DIFFRACTION	94
3.8467-4.1435	0.2657	150	0.1857	1525	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1435-4.5599	0.2293	155	0.1573	1557	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5599-5.2184	0.1964	159	0.145	1583	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2184-6.5698	0.2449	159	0.1868	1621	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5698-39.4808	0.2713	169	0.2081	1710	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4479	-1.9346	0.2585	3.6277	-1.0804	3.025	-0.0429	0.0201	0.3167	-0.0136	-0.0193	-0.1514	-0.4617	-0.0119	0.0187	0.3258	-0.0286	-0.0286	0.1676	-0.0359	0.3942	-7.1335	52.8155	-5.7036
2	6.0069	-0.8624	-3.3154	6.2902	0.2912	7.0972	0.4346	-1.4624	0.3613	0.1294	-0.7888	-0.1181	-0.6608	-0.0875	0.2283	0.444	-0.114	0.0205	0.6893	-0.1682	0.4992	-5.8531	33.1569	24.7596
3	5.1846	-1.7909	-2.3229	6.5827	-2.3763	2.7366	-0.1489	-1.0462	-0.1449	0.5408	-0.522	0.5627	1.3155	-1.5048	0.6937	0.5265	-0.2326	0.1447	0.68	-0.0371	0.5141	-8.0909	24.7452	24.1151
4	2.6196	-1.3022	-0.1709	4.5905	0.8749	1.3376	-0.5513	-0.6126	0.3854	0.7851	0.4349	-0.095	-0.6381	0.0377	-0.0234	1.1284	0.2025	-0.2104	0.3721	-0.1302	0.5805	-11.8687	67.0691	8.8812
5	2.1995	0.2159	-0.551	3.6391	-1.1374	7.2581	0.1929	-0.4324	0.4095	1.3096	0.1971	-0.7556	-1.3464	0.7005	-0.4223	0.9135	-0.1739	-0.2454	0.6153	-0.1333	0.8246	-2.9207	44.5794	29.617
6	5.7768	0.6741	1.3728	0.7935	-1.3112	3.3556	0.0819	-0.1287	0.7216	0.833	0.7655	-0.3948	0.089	1.2741	-0.417	1.6431	-0.2924	-0.2833	0.9685	-0.5143	1.2375	3.0257	47.6296	33.0111
7	6.1757	1.093	-4.2462	3.1576	-1.1804	5.3657	-0.0688	-0.1149	0.0947	0.1985	0.0122	-0.3018	-0.0491	0.3913	-0.0084	0.2029	0.0419	-0.0254	0.2214	-0.0166	0.4099	0.7603	37.0052	-15.0756
8	5.415	0.981	-1.4002	1.9556	-0.1318	2.143	-0.2404	0.4209	-0.1136	-0.3246	-0.0431	0.0217	0.0232	-0.1223	0.274	0.3058	0.0484	-0.0168	0.1647	0.0069	0.2997	-2.8134	35.789	-22.8706
9	5.1213	-1.5717	0.7366	7.5466	-2.3128	5.4716	-0.0054	-0.158	-0.1543	0.5762	-0.0952	-0.4233	-0.2299	0.4291	0.0606	0.255	-0.0578	0.0026	0.2864	0.017	0.2999	-2.7809	13.5899	2.5631
10	4.0113	3.6813	-0.3942	3.5405	-0.1518	2.6174	-0.1901	0.0368	0.4092	0.2355	0.0561	0.9505	-0.6487	-0.1127	-0.0031	0.3765	-0.0361	0.1284	0.1802	-0.0822	0.7614	-8.243	19.3577	-34.9701
11	2.933	-0.9186	0.0342	6.2077	1.5747	1.2353	0.2968	0.2219	-0.0995	-0.3598	-0.4553	0.0961	0.0518	-0.154	0.1625	0.3541	0.0536	-0.0091	0.2965	-0.044	0.1982	2.3266	19.7964	-33.4346
12	3.0553	-1.2826	-1.4972	4.3001	2.3809	7.9337	-0.0035	-0.0702	-0.0836	0.1141	0.1518	0.3173	0.5432	-0.4067	-0.1438	0.3137	-0.0672	0.0366	0.3027	0.0755	0.346	-11.517	0.8323	-2.9994

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:114)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 115:191)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 192:211)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 3:106A)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 109:176)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 177:197)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain H and resid 1:34)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain H and resid 35:111)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain H and resid 112:213)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain L and resid 2:10)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain L and resid 11:108)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain L and resid 109:208)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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