PDB-5ii9: Monoclinic crystal structure of red abalone lysin at 2.11 A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ii9

タイトル

Monoclinic crystal structure of red abalone lysin at 2.11 A resolution

要素

Egg-lysin

キーワード

CELL ADHESION / FERTILIZATION / EGG-SPERM INTERACTION / GAMETE RECOGNITION / EGG-BINDING PROTEIN / ACROSOMAL PROTEIN / EGG COAT PENETRATION

機能・相同性

機能・相同性情報

acrosomal lumen / single fertilization
類似検索 - 分子機能

生物種

Haliotis rufescens (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Sadat Al-Hosseini, H. / Raj, I. / Nishimura, K. / Jovine, L.

資金援助

スウェーデン, 6件

組織	認可番号	国
Karolinska Institutet		スウェーデン
Swedish Research Council	2012-5093	スウェーデン
Goran Gustafsson Foundation for Research in Natural Sciences and Medicine		スウェーデン
Sven and Ebba-Christina Hagberg foundation		スウェーデン
European Molecular Biology Organization
European Union	ERC 260759

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Egg Coat-Sperm Recognition at Fertilization.
著者: Raj, I. / Sadat Al Hosseini, H. / Dioguardi, E. / Nishimura, K. / Han, L. / Villa, A. / de Sanctis, D. / Jovine, L.

履歴

登録	2016年3月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ii9.cif.gz	460.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ii9.ent.gz	389.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ii9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ii9_validation.pdf.gz	458.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ii9_full_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示
XML形式データ	5ii9_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	5ii9_validation.cif.gz	47.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5ii9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5ii9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ii4C 5ii5C 5ii6C 5ii7C 5ii8C 5iiaC 5iibC 5iicC 5mr2C 5mr3C 2lisS 1lis 1lyn 2lyn S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5r4y-d 5qxl-d 4qsv-d 4qsw-d 4qsp-d 6cps-d 6hib-d 1eks-d 3rls-2 5a5n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Egg-lysin

B: Egg-lysin

C: Egg-lysin

D: Egg-lysin

E: Egg-lysin

F: Egg-lysin

98.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Egg-lysin

登録者が定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Egg-lysin

登録者が定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Egg-lysin

登録者が定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Egg-lysin

登録者が定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Egg-lysin

登録者が定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Egg-lysin

登録者が定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.190, 69.340, 182.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Egg-lysin / Sperm-lysin 分子量: 16483.465 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haliotis rufescens (無脊椎動物) / プラスミド: pJexpress411 / 詳細 (発現宿主): DNA2.0 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pRARE star / 参照: UniProt: P04552
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 5% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.028921 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.028921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→27.339 Å / Num. obs: 52122 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.06107 / Net I/σ(I): 10.45
反射シェル	解像度: 2.11→2.19 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.3794 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2LIS

2lis

解像度: 2.11→27.34 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.93

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	2660	5.1 %	Random selection
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.198	52119	92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→27.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6604	0	0	515	7119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.615	9230
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.287	4122
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	960
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1148

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1101-2.1484	0.2837	139	0.2611	2557	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1484-2.1897	0.3	142	0.2503	2468	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1897-2.2344	0.2589	139	0.2424	2568	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2344-2.283	0.2972	135	0.2462	2665	X-RAY DIFFRACTION	94
2.283-2.336	0.2347	154	0.2318	2635	X-RAY DIFFRACTION	95
2.336-2.3944	0.3011	143	0.2347	2661	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3944-2.4591	0.2905	134	0.2208	2685	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4591-2.5314	0.2452	152	0.233	2574	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5314-2.6131	0.258	143	0.2231	2596	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6131-2.7064	0.2736	145	0.215	2493	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7064-2.8146	0.2404	153	0.2214	2730	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8146-2.9426	0.2578	129	0.213	2656	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9426-3.0975	0.2182	122	0.2085	2660	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0975-3.2913	0.228	128	0.1962	2631	X-RAY DIFFRACTION	92
3.2913-3.5449	0.235	109	0.1942	2502	X-RAY DIFFRACTION	88
3.5449-3.9008	0.1993	141	0.1681	2681	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9008-4.4631	0.2015	164	0.1506	2569	X-RAY DIFFRACTION	92
4.4631-5.615	0.1803	145	0.1534	2527	X-RAY DIFFRACTION	89
5.615-27.3409	0.1902	143	0.1753	2601	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0001	0.0001	0.0014	0.0019	0.0003	0.0013	-0.0159	-0.013	-0.0057	-0.0161	-0.0033	0.0111	-0.0006	0.01	-0	0.1966	0.0479	-0.0097	0.173	-0.0071	0.2462	7.6118	36.24	17.4845
2	-0.0026	-0.0024	-0.0164	0.0064	0.0001	0.0055	-0.0292	0.008	0.036	-0.0236	-0.1251	-0.0643	0.0625	-0.0602	-0	0.0885	-0.0107	0.0325	0.0655	0.0873	0.1319	8.8438	55.9331	3.6267
3	0.0012	0.0007	0.0008	0.0012	-0.0001	0.0017	0.0067	0.0088	-0.0032	0.0086	-0.0057	0.0012	-0.009	-0.0018	-0	0.3001	-0.0357	-0.0001	0.2882	-0.0412	0.292	-8.3239	15.2007	72.9645
4	0.0063	-0.0032	0.0086	0.0074	0.0073	0.0104	-0.0073	-0.057	0.0391	-0.0274	0.0024	0.0357	0.084	-0.0171	0	0.1436	-0.0063	0.0261	0.1582	-0.0258	0.1331	-9.0443	33.5514	88.5651
5	0.0003	0.0011	-0.0001	0.0024	0.0002	0.001	-0.0089	-0.0028	-0.0001	0.0054	-0.0033	-0.0002	0.0015	-0.0023	0	0.2512	-0.0041	-0.0485	0.2866	-0.0281	0.1904	-6.7709	53.661	35.6297
6	0.014	0.0009	-0.0039	0.0049	0.004	-0.0001	-0.1252	-0.0186	-0.0617	0.0156	-0.0414	-0.0528	-0.0629	-0.0021	0	0.1166	0.0589	0.0885	0.1365	0.0059	0.1169	-4.6688	33.1362	25.3601
7	0.0008	-0.0005	0.0002	0.0001	0.0001	0.0002	-0.0029	-0.0017	-0.0028	-0.0045	0.0037	-0.0006	-0.0058	0.0031	0	0.2354	0.0229	0.0223	0.2964	-0.0318	0.2856	18.9564	40.4574	81.4122
8	0	-0.0003	-0.0002	0.0002	0.0005	0.0005	0.0011	0.002	-0.003	0.0105	-0.0081	-0.0036	-0.0042	0.004	-0	0.2853	-0.0432	-0.0451	0.3228	0.0603	0.3312	20.6035	61.5254	10.6429
9	-0.0056	-0.0013	0.0113	0.0035	0.0077	0.0018	-0.157	-0.1166	0.1245	-0.098	0.0406	0.009	0.031	0.0627	0	-0.0248	-0.1407	-0.3842	0.0904	-0.1743	-0.0286	21.198	63.5177	34.5276
10	-0.0002	-0.0004	-0.0011	0.0007	0.0001	0.0001	0.0121	0.0024	-0.0003	-0.0015	0.0118	0.0003	0.0116	-0.0029	0	0.2618	-0.0338	0.0138	0.3436	0.0831	0.2711	4.6523	104.8466	56.9526
11	0.0066	0.0023	0.0012	0.0056	-0.0048	0.0091	-0.0522	0.0456	-0.0784	-0.0061	0.0096	-0.0023	-0.0014	0.0161	-0	0.1597	-0.0529	0.0229	0.1666	-0.0451	0.1783	3.6789	82.145	64.3924

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESI 22:30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESI 31:152
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND RESI 22:30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND RESI 31:152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN C AND RESI 23:30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN C AND RESI 31:152
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN D AND RESI 23:30
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN E AND RESI 22:30
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN E AND RESI 31:152
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN F AND RESI 22:30
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN F AND RESI 31:152

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)