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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ii6 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the ZP-N1 domain of mouse sperm receptor ZP2 at 0.95 A resolution | |||||||||||||||||||||
![]() | Zona pellucida sperm-binding protein 2 | |||||||||||||||||||||
![]() | CELL ADHESION / FERTILIZATION / EGG-SPERM INTERACTION / GAMETE RECOGNITION / SPERM RECEPTOR / EGG COAT / ZONA PELLUCIDA / ZP DOMAIN / ZP-N DOMAIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Interaction With Cumulus Cells And The Zona Pellucida / egg coat / structural constituent of egg coat / acrosin binding / prevention of polyspermy / binding of sperm to zona pellucida / multivesicular body / collagen-containing extracellular matrix / endoplasmic reticulum / extracellular region ...Interaction With Cumulus Cells And The Zona Pellucida / egg coat / structural constituent of egg coat / acrosin binding / prevention of polyspermy / binding of sperm to zona pellucida / multivesicular body / collagen-containing extracellular matrix / endoplasmic reticulum / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Dioguardi, E. / Han, L. / Nishimura, K. / De Sanctis, D. / Jovine, L. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Egg Coat-Sperm Recognition at Fertilization. 著者: Raj, I. / Sadat Al Hosseini, H. / Dioguardi, E. / Nishimura, K. / Han, L. / Villa, A. / de Sanctis, D. / Jovine, L. #1: ジャーナル: J. Cell Biol. / 年: 2014 タイトル: A single domain of the ZP2 zona pellucida protein mediates gamete recognition in mice and humans. 著者: Avella, M.A. / Baibakov, B. / Dean, J. #2: ジャーナル: J. Cell Biol. / 年: 2012 タイトル: Human sperm bind to the N-terminal domain of ZP2 in humanized zonae pellucidae in transgenic mice. 著者: Baibakov, B. / Boggs, N.A. / Yauger, B. / Baibakov, G. / Dean, J. #3: ジャーナル: Science / 年: 2010 タイトル: Gamete recognition in mice depends on the cleavage status of an egg's zona pellucida protein. 著者: Gahlay, G. / Gauthier, L. / Baibakov, B. / Epifano, O. / Dean, J. #4: ![]() タイトル: Crystal structure of the ZP-N domain of ZP3 reveals the core fold of animal egg coats. 著者: Monne, M. / Han, L. / Schwend, T. / Burendahl, S. / Jovine, L. #5: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2003 タイトル: Structural characterization of native mouse zona pellucida proteins using mass spectrometry. 著者: Boja, E.S. / Hoodbhoy, T. / Fales, H.M. / Dean, J. #6: ジャーナル: Mol. Cell. Biol. / 年: 1990 タイトル: Oocyte-specific expression of mouse Zp-2: developmental regulation of the zona pellucida genes. 著者: Liang, L.F. / Chamow, S.M. / Dean, J. #7: ジャーナル: Cell / 年: 1982 タイトル: Biosynthesis of the major zona pellucida glycoprotein secreted by oocytes during mammalian oogenesis. 著者: Greve, J.M. / Salzmann, G.S. / Roller, R.J. / Wassarman, P.M. #8: ジャーナル: Dev. Biol. / 年: 1981 タイトル: Mammalian sperm-egg interaction: fertilization of mouse eggs triggers modification of the major zona pellucida glycoprotein, ZP2. 著者: Bleil, J.D. / Beall, C.F. / Wassarman, P.M. #9: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 1980 タイトル: Synthesis of zona pellucida proteins by denuded and follicle-enclosed mouse oocytes during culture in vitro. 著者: Bleil, J.D. / Wassarman, P.M. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12994.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-138 / 変異: N83S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 30% PEG 200, 5% PEG 3000, 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.95→31.419 Å / Num. obs: 64506 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 11.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.02234 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 0.95→0.984 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.2419 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / % possible all: 90 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.95→31.419 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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