PDB-5ihy: The crystal structure of Bacillus subtilis SeMet-YpgQ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ihy

タイトル

The crystal structure of Bacillus subtilis SeMet-YpgQ

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / HD domain

機能・相同性

HD-domain/PDEase-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1910 / Cyclin A; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / NICKEL (II) ION / :

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Jeon, Y.J. / Song, W.S. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural and biochemical characterization of bacterial YpgQ protein reveals a metal-dependent nucleotide pyrophosphohydrolase
著者: Jeon, Y.J. / Park, S.C. / Song, W.S. / Kim, O.H. / Oh, B.C. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2016年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月15日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / software / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ihy.cif.gz	161.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ihy.ent.gz	128.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ihy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ihy_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ihy_full_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示
XML形式データ	5ihy_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	5ihy_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ihy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ihy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dqvC 5dqwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1opl-2 6thl-d 3uh2-d 4li8-d 4li7-d 1it0-3 2d20-2 4krs-d 5gqe-3 3wg5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.487, 53.087, 83.388
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MSE	MSE	THR	THR	A	A	1 - 19	7 - 25
2	1	THR	THR	LEU	LEU	B	B	2 - 18	8 - 24
1	2	ASP	ASP	PRO	PRO	A	A	26 - 66	32 - 72
2	2	ASP	ASP	PRO	PRO	B	B	26 - 66	32 - 72
1	3	ASP	ASP	SER	SER	A	A	67 - 101	73 - 107
2	3	ASP	ASP	ARG	ARG	B	B	67 - 105	73 - 111
1	4	PRO	PRO	HIS	HIS	A	A	112 - 146	118 - 152
2	4	GLU	GLU	HIS	HIS	B	B	106 - 146	112 - 152
1	5	GLY	GLY	ASP	ASP	A	A	147 - 201	153 - 207
2	5	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	147 - 201	153 - 207

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	Uncharacterized protein / Pyrophosphohydrolase 分子量: 23938.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BIS30_00575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D5CVW2
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.86 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 40% PEG 600, 0.1 M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: ADSC Quantum Q270r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 14383 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 29.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.764 / ESU R Free: 0.314 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26145	721	5 %	RANDOM
R_work	0.21496	-	-	-
obs	0.21734	13621	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.85 Å²	0 Å²	-1.29 Å²
2-	-	1.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2979	0	2	16	2997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3050
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.999	1.948	4130
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.35	5	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.047	24.15	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.273	15	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.862	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	479
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.32	1.5	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.642	2	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.062	3	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.823	4.5	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	68	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
1	69	LOOSE POSITIONAL	0.47	5
1	68	MEDIUM THERMAL	0.59	2
1	69	LOOSE THERMAL	0.58	10
2	164	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
2	157	LOOSE POSITIONAL	0.44	5
2	164	MEDIUM THERMAL	0.22	2
2	157	LOOSE THERMAL	0.33	10
3	138	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
3	104	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
3	138	MEDIUM THERMAL	0.39	2
3	104	LOOSE THERMAL	0.51	10
4	139	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
4	108	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
4	139	MEDIUM THERMAL	0.23	2
4	108	LOOSE THERMAL	0.34	10
5	220	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
5	234	LOOSE POSITIONAL	0.61	5
5	220	MEDIUM THERMAL	0.2	2
5	234	LOOSE THERMAL	0.35	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	39	-
R_work	0.247	958	-
obs	-	-	96.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0407	-0.314	1.483	0.6331	-0.7836	1.328	0.1126	0.2749	-0.0185	-0.0775	-0.1164	0.0039	0.131	0.1451	0.0037	0.0846	0.0086	0.0518	0.1015	-0.0151	0.039	8.153	-7.354	10.276
2	1.8557	-1.613	0.8122	3.4184	-1.6305	1.7879	0.0461	-0.1515	-0.2626	-0.1559	-0.0072	0.0594	0.2535	-0.0185	-0.0389	0.1142	-0.0216	0.0521	0.0952	0.0378	0.1084	28.052	-25.457	32.403

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 204
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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