PDB-5dqw: The crystal structure of Bacillus subtilis YpgQ in complex with ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dqw

タイトル

The crystal structure of Bacillus subtilis YpgQ in complex with ADP

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / HD domain

機能・相同性

機能・相同性情報

HD-domain/PDEase-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1910 / Cyclin A; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Jeon, Y.J. / Song, W.S. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural and biochemical characterization of bacterial YpgQ protein reveals a metal-dependent nucleotide pyrophosphohydrolase
著者: Jeon, Y.J. / Park, S.C. / Song, W.S. / Kim, O.H. / Oh, B.C. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2015年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dqw.cif.gz	163.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dqw.ent.gz	127.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dqw_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dqw_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5dqw_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	5dqw_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dqvSC 5ihyC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2d22-1 5dqv-d 2d1z-2 2d20-2 5gqe-2 4qpl-1 1it0-2 3kcq-2 2d1z-1 1it0-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

48.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.865, 52.499, 82.322
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B
1	6	A
2	6	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	THR	THR	5	A	A	1 - 19	7 - 25
2	2	1	GLN	GLN	GLU	GLU	5	B	B	6 - 21	12 - 27
1	1	2	GLY	GLY	PRO	PRO	5	A	A	24 - 66	30 - 72
2	2	2	SER	SER	PRO	PRO	5	B	B	22 - 66	28 - 72
1	1	3	ADP	ADP	ADP	ADP	4	A	C	301
2	2	3	ADP	ADP	ADP	ADP	4	B	E	301
1	1	4	ASP	ASP	SER	SER	5	A	A	67 - 101	73 - 107
2	2	4	ASP	ASP	ARG	ARG	5	B	B	67 - 105	73 - 111
1	1	5	PRO	PRO	HIS	HIS	5	A	A	112 - 146	118 - 152
2	2	5	ILE	ILE	HIS	HIS	5	B	B	115 - 146	121 - 152
1	1	6	GLY	GLY	ASP	ASP	5	A	A	147 - 201	153 - 207
2	2	6	GLY	GLY	ASP	ASP	5	B	B	147 - 201	153 - 207

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Uncharacterized protein / YpgQ 分子量: 23656.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BIS30_00575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D5CVW2
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 40% PEG 600, 0.1 M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 22139 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 34
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DQV

5dqv

解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26134	1118	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20939	-	-	-
obs	0.21209	20727	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.04 Å²	0 Å²	-1.63 Å²
2-	-	3.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2836	0	56	46	2938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	2941
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.342	1.963	3995
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.35	3	4537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.289	5	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.262	23.926	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.609	15	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.924	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	614
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.611	1.5	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.087	2	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.966	3	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.117	4.5	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	65	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
1	65	LOOSE POSITIONAL	0.35	5
1	65	MEDIUM THERMAL	0.41	2
1	65	LOOSE THERMAL	0.57	10
2	255	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
2	270	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
2	255	MEDIUM THERMAL	0.66	2
2	270	LOOSE THERMAL	0.86	10
3	37	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
3	37	MEDIUM THERMAL	0.88	2
4	208	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
4	190	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
4	208	MEDIUM THERMAL	0.59	2
4	190	LOOSE THERMAL	0.76	10
5	187	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
5	177	LOOSE POSITIONAL	0.48	5
5	187	MEDIUM THERMAL	0.66	2
5	177	LOOSE THERMAL	0.75	10
6	326	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
6	411	LOOSE POSITIONAL	0.61	5
6	326	MEDIUM THERMAL	0.87	2
6	411	LOOSE THERMAL	1	10

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	77	-
R_work	0.259	1541	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.3222	-7.3904	1.7727	21.4231	-2.2043	7.5969	0.0523	-0.5295	0.8568	0.3719	0.0907	-0.3529	-0.407	0.196	-0.1429	0.078	-0.0341	0.1353	0.184	-0.0597	0.3468	-8.882	-4.623	14.61
2	6.4276	3.2106	0.5435	5.2657	-1.8502	2.6859	0.1859	-0.4672	-0.2776	0.3017	-0.1366	0.0276	-0.1199	0.0677	-0.0494	0.0933	-0.0048	0.1348	0.154	-0.0075	0.2841	2.032	-4.03	10.91
3	5.8796	-0.28	0.8332	7.8772	1.1919	3.2457	-0.1019	0.1629	0.245	-0.5806	0.397	-0.3118	0.0893	-0.1182	-0.2952	0.1341	-0.0489	0.1247	0.084	-0.0266	0.2824	-7.061	-9.108	2.605
4	5.7451	-3.8635	4.2161	4.6256	-4.025	4.7574	0.389	0.0983	-0.2289	-0.4544	-0.1268	0.2106	0.5788	0.0371	-0.2623	0.1583	-0.0253	0.0843	0.0851	0.024	0.2383	11.83	-8.957	9.889
5	6.3312	-4.4535	2.8967	5.0347	-2.0605	3.3509	0.1923	0.2899	0.4382	-0.3079	-0.3889	-0.3853	0.3993	0.3561	0.1966	0.163	0.0065	0.1401	0.1924	0.0603	0.2821	24.152	-8.599	12.83
6	38.1884	-30.844	-6.8929	35.9038	3.0478	1.8435	1.0086	0.0345	-1.1625	-2.9606	-1.2301	1.5071	0.3564	0.3267	0.2215	0.9614	0.0056	0.2871	0.813	0.2466	1.0263	34.272	-37.109	24.008
7	6.2939	-1.4864	3.7159	10.5546	-0.8799	7.6441	-0.0748	-0.7558	-0.2204	-0.4034	0.1042	0.1826	0.1612	-0.1578	-0.0293	0.3028	0.046	0.1443	0.3814	0.2153	0.4852	33.483	-28.544	30.574
8	10.2716	-3.9946	-3.2601	6.6008	1.6263	7.6564	-0.0661	-0.551	-1.3726	-0.3053	0.2132	-0.1561	0.6492	-0.0946	-0.147	0.4278	-0.0416	0.1212	0.5312	0.3837	0.749	30.889	-39.45	36.801
9	11.1021	-2.8605	4.2949	3.2989	-1.8317	4.4597	-0.2588	-1.5694	-0.9632	0.3038	0.5995	0.2287	0.3218	-0.6297	-0.3406	0.2475	-0.0077	0.1269	0.3179	0.1597	0.3068	24.128	-21.129	30.292
10	7.4833	-3.0225	2.2287	4.6257	-2.8587	6.5034	-0.4906	-1.1415	0.2291	0.7501	0.5263	-0.0369	-0.1379	-0.4115	-0.0358	0.2877	0.07	0.1165	0.3889	-0.0722	0.2167	20.824	-10.381	31.931

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	67 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	112 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	147 - 202
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	6 - 22
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	23 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	67 - 105
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	115 - 146
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	147 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)