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- PDB-5ig4: Crystal structure of N. vectensis CaMKII-A hub -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ig4
タイトルCrystal structure of N. vectensis CaMKII-A hub
要素Predicted protein
キーワードTRANSFERASE / Ca2+/CaM-dependent kinase / sea anemone / closed-ring
機能・相同性
機能・相同性情報


Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of protein localization to plasma membrane / calmodulin binding / neuron projection / signal transduction / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
calcium/calmodulin-dependent protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Nematostella vectensis (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Bhattacharyya, M. / Pappireddi, N. / Gee, C.L. / Barros, T. / Kuriyan, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)NA 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Molecular mechanism of activation-triggered subunit exchange in Ca(2+)/calmodulin-dependent protein kinase II.
著者: Bhattacharyya, M. / Stratton, M.M. / Going, C.C. / McSpadden, E.D. / Huang, Y. / Susa, A.C. / Elleman, A. / Cao, Y.M. / Pappireddi, N. / Burkhardt, P. / Gee, C.L. / Barros, T. / Schulman, H. ...著者: Bhattacharyya, M. / Stratton, M.M. / Going, C.C. / McSpadden, E.D. / Huang, Y. / Susa, A.C. / Elleman, A. / Cao, Y.M. / Pappireddi, N. / Burkhardt, P. / Gee, C.L. / Barros, T. / Schulman, H. / Williams, E.R. / Kuriyan, J.
履歴
登録2016年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Structure summary
改定 1.22016年4月20日Group: Structure summary
改定 1.32016年7月13日Group: Data collection
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted protein
B: Predicted protein
C: Predicted protein
D: Predicted protein
E: Predicted protein
F: Predicted protein
G: Predicted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0159
ポリマ－114,8307
非ポリマー1842
水2,702150
1
A: Predicted protein
B: Predicted protein
C: Predicted protein
D: Predicted protein
E: Predicted protein
F: Predicted protein
G: Predicted protein
ヘテロ分子

A: Predicted protein
B: Predicted protein
C: Predicted protein
D: Predicted protein
E: Predicted protein
F: Predicted protein
G: Predicted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,02918
ポリマ－229,66114
非ポリマー3684
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+5/21
Buried area31650 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area76570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.466, 180.100, 179.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Predicted protein


分子量: 16404.336 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 330-472 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nematostella vectensis (イソギンチャク)
遺伝子: v1g220432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7T0H5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日 / 詳細: M1: parabola M2: torroid
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→47.68 Å / Num. obs: 52958 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.42 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HKX

1hkx


解像度: 2.35→46.081 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 25.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 2602 4.91 %
Rwork0.1924 --
obs0.1939 50315 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.081 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7247 0 12 150 7409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84510150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7464426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.37670.32871470.32343020X-RAY DIFFRACTION93
2.3767-2.40470.33111700.30243074X-RAY DIFFRACTION96
2.4047-2.4340.34661660.30193183X-RAY DIFFRACTION98
2.434-2.46480.31051480.2943296X-RAY DIFFRACTION99
2.4648-2.49730.37311650.28863156X-RAY DIFFRACTION100
2.4973-2.53150.33122010.28743290X-RAY DIFFRACTION100
2.5315-2.56760.31711490.2693195X-RAY DIFFRACTION100
2.5676-2.60590.28441580.24253263X-RAY DIFFRACTION100
2.6059-2.64670.30091200.23873332X-RAY DIFFRACTION100
2.6467-2.690.31161820.21813171X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.73640.24871780.23783261X-RAY DIFFRACTION100
2.7364-2.78620.27661420.21563253X-RAY DIFFRACTION100
2.7862-2.83980.29261700.21263246X-RAY DIFFRACTION100
2.8398-2.89770.21112050.19453225X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-2.96070.25871690.21323236X-RAY DIFFRACTION100
2.9607-3.02960.30341170.23093268X-RAY DIFFRACTION100
3.0296-3.10530.27121770.22713243X-RAY DIFFRACTION100
3.1053-3.18930.28111700.20733222X-RAY DIFFRACTION100
3.1893-3.28310.21341570.19513304X-RAY DIFFRACTION100
3.2831-3.3890.22261670.20073220X-RAY DIFFRACTION100
3.389-3.51010.23721800.20423244X-RAY DIFFRACTION100
3.5101-3.65060.19691850.18223198X-RAY DIFFRACTION100
3.6506-3.81670.20741750.1863211X-RAY DIFFRACTION100
3.8167-4.01780.20071400.17273267X-RAY DIFFRACTION100
4.0178-4.26930.17011560.14913258X-RAY DIFFRACTION99
4.2693-4.59870.15531930.12983192X-RAY DIFFRACTION100
4.5987-5.0610.14361990.13833187X-RAY DIFFRACTION100
5.061-5.79210.19451810.17673235X-RAY DIFFRACTION100
5.7921-7.29270.25381610.20543232X-RAY DIFFRACTION100
7.2927-46.09030.17911650.17073210X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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