PDB-5ifh: Crystal structure of the BCR Fab fragment from subset #2 case P11475

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ifh

タイトル

Crystal structure of the BCR Fab fragment from subset #2 case P11475

要素

Heavy chain of the Fab fragment from BCR derived from the P11475 CLL clone
Light chain of the Fab fragment from BCR derived from the P11475 CLL clone

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / B cell receptor / chronic lymphocytic leukemia

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.293 Å

データ登録者

Minici, C. / Degano, M.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Distinct homotypic B-cell receptor interactions shape the outcome of chronic lymphocytic leukaemia.
著者: Minici, C. / Gounari, M. / Ubelhart, R. / Scarfo, L. / Duhren-von Minden, M. / Schneider, D. / Tasdogan, A. / Alkhatib, A. / Agathangelidis, A. / Ntoufa, S. / Chiorazzi, N. / Jumaa, H. / ...

履歴

登録	2016年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ifh.cif.gz	227.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ifh.ent.gz	188.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ifh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ifh_validation.pdf.gz	426.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ifh_full_validation.pdf.gz	427.8 KB	表示
XML形式データ	5ifh_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	5ifh_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5drwC 5drxC 1adqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1fl3-1 4r7d-4 6eyn-3 6rnn-1 1ub6-1 1mie-d 1fh5-d 7k8n-d 5d0n-d 5w05-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Heavy chain of the Fab fragment from BCR derived from the P11475 CLL clone

L: Light chain of the Fab fragment from BCR derived from the P11475 CLL clone

47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.872, 65.872, 111.233
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: 抗体	Heavy chain of the Fab fragment from BCR derived from the P11475 CLL clone 分子量: 23883.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Light chain of the Fab fragment from BCR derived from the P11475 CLL clone 分子量: 23092.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M BisTris pH 5.5, 200 mM MgCl2, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97241 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月2日
放射	モノクロメーター: Silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97241 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→65.87 Å / Num. obs: 21207 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 40.2 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.119 / Net I/av σ(I): 4.8 / Net I/σ(I): 121.7
反射シェル	解像度: 2.29→2.37 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 1.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ADQ

1adq

解像度: 2.293→65.87 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.44
詳細: X-ray target function: twin_lsq_f Twinning operator h, -k, -l Refined twinning fraction: 0.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2089	1078	5.13 %
R_work	0.1797	-	-
obs	0.183	21028	98.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.1884 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.1884 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.919 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.293→65.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2948	0	0	70	3018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3033
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.746	4127
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.798	1078
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	532

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.297-2.4015	0.3542	117	0.3063	2397	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4015-2.5281	0.3155	128	0.2669	2491	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5281-2.6865	0.2709	118	0.2453	2488	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6865-2.894	0.2601	157	0.2015	2475	X-RAY DIFFRACTION	94
2.894-3.1852	0.2269	121	0.1819	2514	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1852-3.6461	0.2105	160	0.1774	2493	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6461-4.5935	0.1621	106	0.1491	2538	X-RAY DIFFRACTION	96
4.5935-65.8991	0.2069	167	0.1576	2530	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0938	2.2383	0.6762	7.9145	2.3447	2.4154	0.3575	-0.3666	0.7295	0.8087	-0.5652	1.562	-0.1315	-0.3381	0.2026	0.6184	0.036	0.2267	0.4404	-0.0253	0.5609	74.4036	55.5702	9.1882
2	4.8563	-3.7072	2.6776	5.5646	0.9777	6.4506	0.077	-0.7758	-0.1409	0.7299	0.159	0.046	-0.0172	-0.4036	-0.2006	0.5236	-0.0516	0.0776	0.2788	-0.038	0.2988	83.5091	49.2553	10.9359
3	2.5533	3.3478	-0.425	5.6772	0.1492	5.1482	0.3306	-1.6005	0.4993	1.13	-0.2744	0.1875	-0.0047	-0.0074	-0.133	0.9213	0.0211	0.1712	0.5128	-0.0489	0.4275	83.4071	53.2711	17.5261
4	8.1879	2.2506	5.9812	7.4541	2.9343	8.6745	-0.1046	-1.4819	0.5829	0.8125	-0.1737	1.7135	0.2375	-1.0492	0.3031	0.7225	-0.04	0.3558	0.5401	-0.1209	0.735	72.4437	54.6165	14.3565
5	4.6679	1.3913	1.4005	7.345	2.5245	6.8121	-0.0379	-0.3672	0.044	0.3766	0.15	0.0633	-0.0482	-0.1721	-0.1142	0.5026	-0.0065	0.1367	0.2773	-0.0119	0.312	82.6561	52.6319	6.674
6	4.0573	0.4495	1.8064	0.3872	-0.539	2.833	0.5793	-0.0921	1.1872	0.3998	-0.324	0.1639	-0.0399	0.0367	-0.2315	0.7854	-0.0138	0.1811	0.343	-0.1731	0.7355	84.6093	72.1486	6.3014
7	5.3012	-3.1478	2.8929	5.8937	-5.4922	5.4214	-0.4936	0.1901	0.3175	-0.8625	0.0819	1.181	-0.7091	-0.2887	0.2726	0.9101	0.0512	-0.2736	0.3595	0.0682	0.7151	81.5943	79.4981	-8.3537
8	2.019	0.8215	2.4116	3.6249	1.3487	8.0373	-0.7139	0.141	0.1092	-0.7871	-0.1056	1.5679	0.3229	-0.9613	0.7886	1.0787	-0.2021	-0.299	0.3661	0.0036	1.0004	78.957	72.3058	-11.7404
9	4.2281	0.2444	0.297	7.4029	-2.0955	9.7172	0.2666	-0.2487	0.6499	-0.5418	0.1327	0.788	-0.2755	-0.0592	-0.2771	0.4412	0.0315	0.0357	0.3647	0.0046	0.6131	88.0745	76.3281	-5.0544
10	3.6379	0.224	2.3538	1.6198	0.8777	1.8645	0.2286	-1.1934	-0.0762	-0.5677	-0.4581	1.8352	0.3494	-1.2919	0.1145	0.7008	-0.2314	-0.3203	0.9385	-0.0107	1.7661	73.7799	78.5459	-8.2878
11	3.2474	0.2717	-0.5903	3.6211	-1.4179	5.7151	0.1325	-0.067	0.0933	0.3358	-0.0142	0.0072	0.0487	-0.0403	-0.0921	0.3266	-0.0219	0.0042	0.1318	-0.0234	0.2898	89.6282	42.0284	-5.8874
12	0.4291	0.2908	0.2911	5.6459	0.5289	0.1789	-0.1191	0.0725	-0.1362	-1.3228	0.2636	-0.2969	-0.9396	0.4895	-0.0787	1.1124	-0.2296	0.0634	0.2974	-0.0678	0.5906	93.105	77.4731	-18.838

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 2 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 34 through 60 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 61 through 73 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 74 through 83 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 84 through 109 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 110 through 122 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 123 through 154 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 155 through 174 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 175 through 185 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 186 through 218 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 2 through 109 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 110 through 212 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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