+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ifg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of HigA-HigB complex from E. Coli | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | HYDROLASE/ANTITOXIN / mRNA interferase / HYDROLASE-ANTITOXIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 toxin-antitoxin complex / regulation of growth / core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of mRNA stability / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.702 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, J.S. / Zhou, K. / Gao, z.Q. / Liu, Q.S. / Dong, Y.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2016 タイトル: Structural insight into the E. coli HigBA complex 著者: Yang, J. / Zhou, K. / Liu, P. / Dong, Y. / Gao, Z. / Zhang, J. / Liu, Q. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ifg.cif.gz | 92.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5ifg.ent.gz | 76.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ifg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ifg_validation.pdf.gz | 452.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5ifg_full_validation.pdf.gz | 484.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ifg_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ifg_validation.cif.gz | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12266.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: higB, ygjN, b3083, JW3054 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P64578, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 15242.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: higA, ygjM, b3082, JW3053 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P67701 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.46 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris pH5.3, 20%(w/v) PEG3350, 0.01M KCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.33 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 35954 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 65.78 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 20.9 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 14.67 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.702→44.928 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.79 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.702→44.928 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|