PDB-4qox: Crystal Structure of CDPK4 from Plasmodium Falciparum, PF3D7_0717500

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qox

タイトル

Crystal Structure of CDPK4 from Plasmodium Falciparum, PF3D7_0717500

要素

Calcium-dependent protein kinase 4

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / cdpk / plasmodium / malaria

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / MAPK6/MAPK4 signaling / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H4S1 kinase activity / : / histone H3S57 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.748 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Walker, J.R. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / He, H. / Loppnau, P. / Neculai, M. / Amani, M. / Lin, Y.H. / Ravichandran, M. ...

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of CDPK4 from Plasmodium Falciparum, PF3D7_0717500
著者: Wernimont, A.K. / Walker, J.R. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / He, H. / Loppnau, P. / Neculai, M. / Amani, M. / Lin, Y.H. / Ravichandran, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...

履歴

登録	2014年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qox.cif.gz	200.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qox.ent.gz	157.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qox.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qox_validation.pdf.gz	992.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qox_full_validation.pdf.gz	995.7 KB	表示
XML形式データ	4qox_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	4qox_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/4qox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/4qox	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5t6a-d 5t6i-d 3tdi-2 3sx9-d 3tdi-d 5t6k-d 5jms-d 4wg4-d 3upx-d 3i79-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calcium-dependent protein kinase 4

ヘテロ分子

62.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.289, 75.967, 92.688
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Calcium-dependent protein kinase 4 分子量: 62139.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: CDPK4, CPK4, PF07_0072 / プラスミド: DH5-alpha / 細胞株 (発現宿主): SF9SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8IBS5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-DXR / 3-(3-bromobenzyl)-1-tert-butyl-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine / 1-tert-ブチル-3-(3-ブロモベンジル)-1H-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジン-4-アミン分子量: 360.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈BrN₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 5% glycerol 1mM 3MBPP1 5 mM TCEP 28% PEG2000 MME 0.1 M BisTris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 18-ID / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.5 % / 数: 100901 / R_merge(I) obs: 0.143 / Χ²: 0.97 / D res high: 2.75 Å / D res low: 45 Å / Num. obs: 13454 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.45	45	1	0.082	2.431	6.5
5.92	7.45	1	0.079	1.036	7.1
5.17	5.92	1	0.1	1.201	7.2
4.7	5.17	1	0.097	1.488	7.4
4.36	4.7	1	0.095	1.503	7.4
4.11	4.36	1	0.097	1.305	7.5
3.9	4.11	1	0.114	1.134	7.6
3.73	3.9	1	0.136	1.111	7.6
3.59	3.73	1	0.172	1.035	7.6
3.46	3.59	1	0.18	0.828	7.6
3.36	3.46	1	0.239	0.868	7.6
3.26	3.36	1	0.281	0.744	7.6
3.17	3.26	1	0.311	0.745	7.7
3.1	3.17	1	0.384	0.663	7.7
3.03	3.1	1	0.466	0.609	7.6
2.96	3.03	1	0.518	0.611	7.7
2.9	2.96	1	0.592	0.621	7.7
2.85	2.9	1	0.633	0.554	7.7
2.8	2.85	1	0.742	0.553	7.7
2.75	2.8	1	0.902	0.519	7.7

反射

解像度: 2.75→45 Å / Num. all: 13464 / Num. obs: 13454 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 55.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.143 / Χ²: 0.973 / Net I/σ(I): 5.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.75-2.8	7.7	0.902	2.86	674	0.519	100
2.8-2.85	7.7	0.742		641	0.553	100
2.85-2.9	7.7	0.633		672	0.554	100
2.9-2.96	7.7	0.592		652	0.621	100
2.96-3.03	7.7	0.518		667	0.611	100
3.03-3.1	7.6	0.466		641	0.609	100
3.1-3.17	7.7	0.384		666	0.663	100
3.17-3.26	7.7	0.311		649	0.745	100
3.26-3.36	7.6	0.281		684	0.744	100
3.36-3.46	7.6	0.239		655	0.868	100
3.46-3.59	7.6	0.18		656	0.828	100
3.59-3.73	7.6	0.172		683	1.035	100
3.73-3.9	7.6	0.136		666	1.111	100
3.9-4.11	7.6	0.114		670	1.134	100
4.11-4.36	7.5	0.097		664	1.305	100
4.36-4.7	7.4	0.095		692	1.503	100
4.7-5.17	7.4	0.097		675	1.488	100
5.17-5.92	7.2	0.1		688	1.201	100
5.92-7.45	7.1	0.079		701	1.036	100
7.45-45	6.5	0.082		758	2.431	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.55 Å	39.56 Å
Translation	5.55 Å	39.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-3000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.748→39.563 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2655	675	5.03 %	random
R_work	0.2025	-	-	-
obs	0.2058	13411	99.75 %	-
all	-	13444	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.8 Å² / B_iso mean: 58.3087 Å² / B_iso min: 19.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.748→39.563 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3629	0	23	18	3670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3745
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.596	5054
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.02	569
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	635
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.834	1362

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7484-2.9606	0.3047	155	0.2422	2451	2606	99
2.9606-3.2584	0.3244	99	0.2409	2531	2630	100
3.2584-3.7296	0.2848	123	0.2126	2555	2678	100
3.7296-4.6977	0.2601	151	0.1708	2538	2689	100
4.6977-39.5672	0.2384	147	0.2015	2661	2808	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1787	-0.0411	1.3696	3.4732	-2.2556	2.9724	0.0315	-0.2453	-0.0681	0.3459	-0.0263	-0.0649	-0.1447	-0.0441	-0.0255	0.249	-0.0088	0.0215	0.3216	-0.0156	0.2765	27.3025	-10.8107	-0.8831
2	1.4064	-0.2025	1.0181	0.5122	-0.4865	1.2761	-0.0474	-0.043	0.2011	0.0373	-0.0181	-0.0483	-0.0318	-0.0338	0.0722	0.3535	-0.0064	0.0478	0.2722	-0.0338	0.3523	43.3163	-1.0776	4.5655

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 51 through 248 )	A	0
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 249 through 528 )	A	0

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