[日本語] English
万見
- PDB-5ife: Crystal structure of the human SF3b core complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ife
タイトルCrystal structure of the human SF3b core complex
要素
  • (Splicing factor 3B subunit ...) x 3
  • PHD finger-like domain-containing protein 5A
キーワードSPLICING / pre-mRNA splicing / U2 snRNP / essential splicing factor
機能・相同性
機能・相同性情報


U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / SAGA complex ...U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / SAGA complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U2-type prespliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / U2 snRNA binding / regulation of DNA repair / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / stem cell differentiation / spliceosomal complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of protein catabolic process / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / chromatin remodeling / mRNA binding / protein-containing complex binding / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / PHF5-like / PHF5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term ...Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / PHF5-like / PHF5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 3 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Splicing factor 3B subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cretu, C. / Dybkov, O. / De Laurentiis, E. / Will, C.L. / Luhrmann, R. / Pena, V.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
ドイツ
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Molecular Architecture of SF3b and Structural Consequences of Its Cancer-Related Mutations.
著者: Cretu, C. / Schmitzova, J. / Ponce-Salvatierra, A. / Dybkov, O. / De Laurentiis, E.I. / Sharma, K. / Will, C.L. / Urlaub, H. / Luhrmann, R. / Pena, V.
履歴
登録2016年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Splicing factor 3B subunit 5
C: Splicing factor 3B subunit 1
D: PHD finger-like domain-containing protein 5A
A: Splicing factor 3B subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,5098
ポリマ－307,2744
非ポリマー2354
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15150 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area86290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.055, 154.436, 210.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Splicing factor 3B subunit ... , 3種, 3分子 BCA

#1: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 5 / SF3b5 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 10 kDa subunit


分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B5, SF3B10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BWJ5
#2: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 155 kDa subunit / SF3b155 / Spliceosome-associated protein 155 / SAP 155


分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B1, SAP155 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75533
#4: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 3 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein ...Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein 130 / SAP 130


分子量: 137791.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B3, KIAA0017, SAP130 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15393

-
タンパク質 , 1種, 1分子 D

#3: タンパク質 PHD finger-like domain-containing protein 5A / PHD finger-like domain protein 5A / Splicing factor 3B-associated 14 kDa protein / SF3b14b


分子量: 13308.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF5A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7RTV0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M HEPES-NaOH pH=6.91-7.05, 40% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 0.2M KCl
PH範囲: 6.91-7.05

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.918, 1.254, 1.282, 1.0
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9181
21.2541
31.2821
411
反射解像度: 3.1→47.04 Å / Num. obs: 62814 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.995 / Net I/av σ(I): 1.2 / Net I/σ(I): 10.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1-2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.1→47.037 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 28.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 5928 4.95 %
Rwork0.2305 --
obs0.232 119805 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.037 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17099 0 4 0 17103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00217437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53923624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.65810579
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043052
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0998-3.1350.40141490.39173706X-RAY DIFFRACTION96
3.135-3.17190.39892180.3563798X-RAY DIFFRACTION100
3.1719-3.21060.37952070.33513760X-RAY DIFFRACTION100
3.2106-3.25120.34161900.34193782X-RAY DIFFRACTION100
3.2512-3.2940.33131690.32923862X-RAY DIFFRACTION100
3.294-3.33910.35291870.32943810X-RAY DIFFRACTION100
3.3391-3.38680.31621910.32923845X-RAY DIFFRACTION100
3.3868-3.43730.34572170.32023766X-RAY DIFFRACTION100
3.4373-3.4910.37841920.31023771X-RAY DIFFRACTION100
3.491-3.54820.29231950.29213765X-RAY DIFFRACTION100
3.5482-3.60940.31511900.27823888X-RAY DIFFRACTION100
3.6094-3.6750.31870.28293797X-RAY DIFFRACTION100
3.675-3.74560.32981710.27173822X-RAY DIFFRACTION100
3.7456-3.82210.31152040.26453769X-RAY DIFFRACTION100
3.8221-3.90510.27942040.26143849X-RAY DIFFRACTION100
3.9051-3.99590.28771970.24663748X-RAY DIFFRACTION100
3.9959-4.09580.2931630.24643840X-RAY DIFFRACTION100
4.0958-4.20650.28362130.22993839X-RAY DIFFRACTION100
4.2065-4.33020.25842190.21343749X-RAY DIFFRACTION100
4.3302-4.46980.22632100.19873791X-RAY DIFFRACTION100
4.4698-4.62950.23662210.18823755X-RAY DIFFRACTION100
4.6295-4.81460.21761900.1783851X-RAY DIFFRACTION100
4.8146-5.03350.24241630.18353828X-RAY DIFFRACTION100
5.0335-5.29860.23442000.19583801X-RAY DIFFRACTION100
5.2986-5.630.26561930.20993792X-RAY DIFFRACTION100
5.63-6.06390.27412340.21053769X-RAY DIFFRACTION100
6.0639-6.67260.24282060.21113818X-RAY DIFFRACTION100
6.6726-7.63460.23022120.20173763X-RAY DIFFRACTION100
7.6346-9.60530.15882180.16143791X-RAY DIFFRACTION100
9.6053-47.04250.18422180.17753752X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る