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- PDB-5ieo: Structure of CDL2.3a, a computationally designed Vitamin-D3 binder -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ieo
タイトルStructure of CDL2.3a, a computationally designed Vitamin-D3 binder
要素CDL2.3a
キーワードDE NOVO PROTEIN / Rossetta / ligand binder / computational / Structural Genomics
機能・相同性Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Chem-VDY
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Stoddard, B.L. / Doyle, L.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115545 米国
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2018
タイトル: Unintended specificity of an engineered ligand-binding protein facilitated by unpredicted plasticity of the protein fold.
著者: Day, A.L. / Greisen, P. / Doyle, L. / Schena, A. / Stella, N. / Johnsson, K. / Baker, D. / Stoddard, B.
履歴
登録2016年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / struct
Item: _citation.title / _entity.pdbx_description ..._citation.title / _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor / _struct.title
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDL2.3a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9567
ポリマ－15,2451
非ポリマー7116
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.132, 71.132, 62.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-348-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CDL2.3a


分子量: 15245.181 Da / 分子数: 1 / 断片: computational design / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-VDY / 3-{2-[1-(5-HYDROXY-1,5-DIMETHYL-HEXYL)-7A-METHYL-OCTAHYDRO-INDEN-4-YLIDENE]-ETHYLIDENE}-4-METHYLENE-CYCLOHEXANOL / 25-HYDROXYVITAMIN D3 / (5E,7E)-9,10-セココレスタ-5,7,10(19)-トリエン-3β,25-ジオ-ル


分子量: 400.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.27 % / Mosaicity: 0.641 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 1.25 M Sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 14121 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 20.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.211 / Net I/av σ(I): 37.858 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 145264
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.85-1.9210.40.2361100
1.92-1.9910.40.1781100
1.99-2.0810.40.124199.9
2.08-2.1910.60.0991100
2.19-2.3310.50.092199.9
2.33-2.5110.50.079199.9
2.51-2.7610.50.0651100
2.76-3.1610.50.056199.9
3.16-3.9910.10.046199.8
3.99-509.20.045199.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.85 Å31.81 Å
Translation1.85 Å31.81 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HX8

3hx8


解像度: 1.851→31.811 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1913 1407 10.01 %
Rwork0.1606 12649 -
obs0.1636 14056 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.99 Å2 / Biso mean: 24.6333 Å2 / Biso min: 11.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.851→31.811 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数887 0 123 76 1086
Biso mean--29.51 33.75 -
残基数----118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1881303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.706331
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8514-1.91760.21761370.17312301367100
1.9176-1.99430.20021360.165212331369100
1.9943-2.08510.18851380.140212441382100
2.0851-2.1950.18541390.133712461385100
2.195-2.33250.17941370.14111227136499
2.3325-2.51250.14931400.137912661406100
2.5125-2.76520.17451400.145512601400100
2.7652-3.16510.20171420.160412791421100
3.1651-3.98640.17111440.163612941438100
3.9864-31.81590.22451540.18831370152499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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