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Yorodumi- PDB-5hw8: Candida albicans FKBP12 P104G protein bound with FK506 in C2 spac... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5hw8 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Candida albicans FKBP12 P104G protein bound with FK506 in C2 space group | ||||||
Components | FK506-binding protein 1 | ||||||
Keywords | ISOMERASE / FKBP12 / prolyl isomerase / FK506 | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationnegative regulation of homoserine biosynthetic process / : / fungal biofilm matrix / macrolide binding / nonfunctional rRNA decay / protein folding chaperone / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / chromatin organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...negative regulation of homoserine biosynthetic process / : / fungal biofilm matrix / macrolide binding / nonfunctional rRNA decay / protein folding chaperone / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / chromatin organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription by RNA polymerase II / extracellular region / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Candida albicans (yeast) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.86 Å | ||||||
Authors | Tonthat, N.K. / Schumacher, M.A. | ||||||
Citation | Journal: Mbio / Year: 2016Title: Structures of Pathogenic Fungal FKBP12s Reveal Possible Self-Catalysis Function. Authors: Tonthat, N.K. / Juvvadi, P.R. / Zhang, H. / Lee, S.C. / Venters, R. / Spicer, L. / Steinbach, W.J. / Heitman, J. / Schumacher, M.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5hw8.cif.gz | 365 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5hw8.ent.gz | 305.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5hw8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5hw8_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5hw8_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | |
| Data in XML | 5hw8_validation.xml.gz | 44.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 5hw8_validation.cif.gz | 54.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hw8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5ht1C ![]() 5htgC ![]() 5huaC ![]() 5hw6C ![]() 5hw7C ![]() 5hwbC ![]() 5hwcC ![]() 5i98C ![]() 5j6eC C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 13022.733 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: P104G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (yeast)Strain: SC5314 / ATCC MYA-2876 Gene: RBP1, RBP11, CaO19.11186, CaO19.3702, RBP2, RBP12, CaJ7.0299, CaO19.13810, CaO19.6452 Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-FK5 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.96 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 1M Na Citrate, 0.2M NaCl and 0.1M Tris-HCl pH 7.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MAR CCD 130 mm / Detector: CCD / Date: Jun 10, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 27492 / % possible obs: 84.3 % / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/av σ(I): 10.657 / Net I/σ(I): 12.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.86→26.148 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.33
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 118.68 Å2 / Biso mean: 53.47 Å2 / Biso min: 16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.86→26.148 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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