PDB-5idx: Crystal structure of an oxidoreductase from Burkholderia vietnamiensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5idx

タイトル

Crystal structure of an oxidoreductase from Burkholderia vietnamiensis

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / short chain dehydrogenase/reductase family / Burkholderia vietnamiensis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an oxidoreductase from Burkholderia vietnamiensis
著者: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5idx.cif.gz	206.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5idx.ent.gz	164.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5idx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5idx_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5idx_full_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示
XML形式データ	5idx_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	5idx_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5idx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5idx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1o5iS 5idw 5idy S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5va8-d 5idy-1 4h16-1 3ay7-1 4h15-d 3vdq-d 3t4x-1 6m5n-1 5itw-d 5unl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.750, 110.750, 110.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 27713.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (バクテリア) 株: G4 / LMG 22486 / 遺伝子: Bcep1808_2377 / プラスミド: BuviA.00010.k.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4JGH3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 % / Mosaicity: 0.33 °
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MCSG1 C8 (269601c8): 200mM Ammonium sulfate, 100mM Sodium citrate-HCl pH5.6, 25% PEG4000, 4mM NAD; protein conc. 21.43mg/mL; 20% eg cryo; puck dom8-6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

最高解像度: 1.95 Å / Num. obs: 50463 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 24.65 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 1.055 / Net I/σ(I): 23.21 / Num. measured all: 522083

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2		0.569	4.6	39301	3678	3678	0.931	0.597	100
2-2.06		0.393	6.61	38210	3573	3573	0.962	0.413	100
2.06-2.12		0.334	7.88	37092	3483	3483	0.976	0.35	100
2.12-2.18		0.275	9.39	35974	3391	3391	0.981	0.289	100
2.18-2.25		0.241	10.78	34834	3288	3287	0.985	0.253	100
2.25-2.33		0.185	13.73	33431	3183	3183	0.99	0.194	100
2.33-2.42		0.161	15.58	32175	3074	3074	0.993	0.169	100
2.42-2.52		0.135	18.17	30911	2974	2974	0.995	0.141	100
2.52-2.63		0.117	20.43	29386	2837	2836	0.996	0.123	100
2.63-2.76		0.101	23.3	28148	2734	2733	0.996	0.107	100
2.76-2.91		0.081	28.13	26580	2613	2613	0.998	0.085	100
2.91-3.08		0.068	32.39	24885	2461	2459	0.998	0.071	99.9
3.08-3.3		0.058	36.79	23464	2329	2329	0.999	0.06	100
3.3-3.56		0.048	42.86	21815	2186	2185	0.999	0.051	100
3.56-3.9		0.044	45.97	20174	2011	2011	0.999	0.046	100
3.9-4.36		0.039	50.55	18486	1838	1838	0.999	0.041	100
4.36-5.03		0.034	52.83	16639	1644	1644	0.999	0.035	100
5.03-6.17		0.033	50.33	14152	1397	1397	0.999	0.034	100
6.17-8.72		0.028	53.18	10875	1117	1117	1	0.029	100
	8.72	0.025	52.48	5551	676	658	1	0.026	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2313	精密化
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
Coot		モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1O5I

1o5i

解像度: 1.95→45.165 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1987	1955	3.88 %
R_work	0.1605	48434	-
obs	0.1619	50389	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.3 Å² / B_iso mean: 31.5912 Å² / B_iso min: 12.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→45.165 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3727	0	35	447	4209
B_iso mean	-	-	70.9	38.61	-
残基数	-	-	-	-	524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.713	5253
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	623
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	696
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.945	2285

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.95-1.9987	0.2601	148	0.2105	3387	3535
1.9987-2.0528	0.2598	135	0.1894	3414	3549
2.0528-2.1132	0.25	140	0.183	3402	3542
2.1132-2.1814	0.2156	161	0.1791	3374	3535
2.1814-2.2593	0.2037	118	0.1691	3456	3574
2.2593-2.3498	0.1734	149	0.1583	3390	3539
2.3498-2.4567	0.2117	156	0.1658	3419	3575
2.4567-2.5862	0.2189	155	0.1669	3409	3564
2.5862-2.7482	0.2287	133	0.1724	3452	3585
2.7482-2.9604	0.1982	164	0.1703	3426	3590
2.9604-3.2582	0.1904	114	0.1618	3517	3631
3.2582-3.7295	0.1842	139	0.1516	3493	3632
3.7295-4.698	0.1727	101	0.1343	3569	3670
4.698-45.1776	0.173	142	0.1555	3726	3868

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5212	0.9157	-0.9761	4.3505	-1.0737	2.1007	-0.0641	-0.2918	-0.0243	0.1552	-0.0783	-0.272	0.0697	0.2618	0.1377	0.1641	-0.0054	0.0234	0.2336	0.0344	0.1864	18.6492	11.7854	23.6457
2	1.4136	-0.7782	-0.6807	3.4889	1.6235	1.9069	-0.0348	-0.0506	0.0993	0.0319	-0.0559	-0.0417	0.0595	0.0195	0.0839	0.1407	-0.0292	0.0154	0.2025	0.0338	0.1551	2.2922	20.1557	22.2109
3	2.4946	-0.3243	-0.2072	1.4328	-0.6629	2.8272	-0.045	-0.4765	0.3211	0.2812	0.0258	-0.1269	-0.3591	0.1692	0.0367	0.2855	-0.0516	0.0283	0.2836	-0.0132	0.2619	2.1058	11.2549	37.3825
4	2.8163	0.2579	0.1787	2.9032	-0.8566	2.1818	-0.011	0.1626	0.3956	-0.1854	-0.0114	-0.0243	-0.2794	0.0795	0.0129	0.2282	-0.0115	0.0168	0.1547	0.035	0.2136	-19.0789	46.7051	17.6997
5	2.5613	-1.2403	-1.6522	2.1495	1.1304	2.6606	0.0425	0.1556	0.0914	-0.1082	-0.0716	-0.0804	-0.0023	0.0571	0.0333	0.1217	-0.0165	-0.0042	0.1611	0.0362	0.1287	-9.0114	31.535	22.0933
6	1.613	0.5475	-0.9759	2.7018	1.0494	3.7637	0.0118	0.7139	-0.1265	-0.9693	0.1147	-0.5054	-0.047	0.3094	-0.0112	0.4365	0.012	0.0948	0.4302	-0.0047	0.2747	-19.8727	28.3055	2.1822
7	1.7941	0.037	0.3341	2.0447	-0.0456	1.286	-0.0386	0.2433	-0.0815	-0.3062	0.0113	-0.032	0.0974	0.0463	-0.0012	0.1753	-0.0138	0.0364	0.174	0.024	0.1421	-24.8096	24.9353	17.4996

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 86 )	A	10 - 86
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 87 through 182 )	A	87 - 182
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 183 through 259 )	A	183 - 267
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 86 )	B	9 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 87 through 182 )	B	87 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 183 through 204 )	B	183 - 204
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 205 through 259 )	B	205 - 267

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