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- PDB-5idr: Crystal structure of Proteus Mirabilis ScsC in a transitional con... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5idr | ||||||
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Title | Crystal structure of Proteus Mirabilis ScsC in a transitional conformation | ||||||
![]() | DsbA-like protein | ||||||
![]() | ISOMERASE / thioredoxin fold / disulfide isomerase / trimer / copper resistance | ||||||
Function / homology | : ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Furlong, E.J. / Kurth, F. / Choudhury, H.G. / Martin, J.L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A shape-shifting redox foldase contributes to Proteus mirabilis copper resistance. Authors: Furlong, E.J. / Lo, A.W. / Kurth, F. / Premkumar, L. / Totsika, M. / Achard, M.E.S. / Halili, M.A. / Heras, B. / Whitten, A.E. / Choudhury, H.G. / Schembri, M.A. / Martin, J.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 627.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 469.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 59.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4xvwC ![]() 4yx8 S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 24800.443 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 22-243 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: HMPREF0693_3732 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.31 Å3/Da / Density % sol: 63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.8 Details: 2.85 M Sodium malonate pH 5.8, 0.1 M Copper(II) chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 9, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.56→42.817 Å / Num. obs: 62124 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 44.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 254817 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4YX8 ![]() 4yx8 Resolution: 2.562→42.817 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 151.2 Å2 / Biso mean: 55.4858 Å2 / Biso min: 14.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.562→42.817 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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