PDB-5ict: Crystal structure of the Drosophila GluR1A ligand binding domain ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ict

タイトル

Crystal structure of the Drosophila GluR1A ligand binding domain Y792T mutant complex with glutamate

要素

Glutamate receptor 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of AMPA receptors / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Synaptic adhesion-like molecules / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor activity / monoatomic cation transport / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Dharkar, P. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Neuron / 年: 2016
タイトル: Novel Functional Properties of Drosophila CNS Glutamate Receptors.
著者: Li, Y. / Dharkar, P. / Han, T.H. / Serpe, M. / Lee, C.H. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2016年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ict.cif.gz	175.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ict.ent.gz	140.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ict.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ict_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ict_full_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示
XML形式データ	5ict_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	5ict_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/5ict ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/5ict	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dt6SC 5dtbC 5ehmC 5ehsC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3acw-d 4xg2-d 3ae0-1 2zy1-d 3vje-2 3a7g-1 4gj2-d 6a9b-d 1fvt-d 5nf6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (9) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (9)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (2)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor 1

ヘテロ分子

30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.208, 58.406, 99.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutamate receptor 1 / Glutamate receptor I / dGLUR-I / Kainate-selective glutamate receptor 分子量: 30504.668 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 474-594; unp residues 739-880 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: GluRIA, Glu-RI, CG8442 / プラスミド: pet22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: Q03445
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Sample buffer 150 NaCl, 10 Tris pH 8.5, 5 Na Glutamate, 1 mM EDTA, 10% glycerol Reservoir 12% PEG 8K, 100 Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→30 Å / Num. obs: 36199 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 34.2
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DT6

5dt6

解像度: 1.68→29.203 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.43

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1723	1722	4.95 %	Random
R_work	0.1464	-	-	-
obs	0.1476	34798	96.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→29.203 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2133	0	22	285	2440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2285
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.018	3094
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.986	1398
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	325
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6804-1.7298	0.2132	111	0.1733	2099	X-RAY DIFFRACTION	75
1.7298-1.7857	0.16	124	0.1671	2423	X-RAY DIFFRACTION	86
1.7857-1.8495	0.1887	132	0.1662	2677	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8495-1.9235	0.219	158	0.1696	2790	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9235-2.011	0.205	138	0.1512	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.011-2.117	0.1772	152	0.1406	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.117-2.2496	0.1766	159	0.134	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2496-2.4232	0.1728	139	0.1387	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4232-2.667	0.1709	163	0.139	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.667-3.0525	0.1527	155	0.1432	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0525-3.8445	0.1541	152	0.1362	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8445-29.2074	0.1707	139	0.1524	3059	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0471	-0.0781	-0.0029	0.1355	0.0145	0.0102	0.0136	-0.0981	0.0986	0.0139	-0.0003	-0.0961	0.0536	-0.0812	0.0101	0.0796	-0.0311	-0.0126	0.1053	-0.0073	0.0749	13.9024	-8.5072	8.136
2	0.0052	0.0012	-0.0011	0.0104	0.0015	0.0156	-0.0225	-0.0843	0.0542	0.0193	-0.0006	-0.0153	-0.0161	0.0177	-0.0109	0.0564	0.0038	-0.0011	0.0958	-0.0239	0.0644	12.3669	-6.9269	11.8127
3	0.0162	-0.0078	0.0076	0.0033	-0.003	0.0096	-0.0234	0.0721	-0.0285	-0.0193	0.0035	-0.0019	0.0023	0.0239	-0.0076	0.0704	-0.0066	-0.0082	0.0864	-0.0029	0.0633	8.4012	-13.2554	-6.1464
4	0.0015	-0.0067	0	0.0076	0.006	0.0419	-0.0076	0.0093	0.0819	-0.0328	0.0142	-0.0347	-0.0471	-0.0522	-0.0031	0.0862	-0.0159	-0.0003	0.0646	0.0237	0.0997	6.8317	2.0848	-9.0499
5	0.0327	-0.0153	0.0496	0.0729	-0.0318	0.0876	0.0666	0.1575	0.0448	-0.1354	0.0626	-0.032	-0.0057	-0.083	0.1059	0.1332	-0.0315	0.0419	0.1449	0.0992	0.0192	13.2166	2.9851	-21.8224
6	0.0354	0.0007	-0.0055	0.0393	0.0139	0.0517	-0.0067	0.0061	0.0715	-0.0065	0.0006	-0.048	-0.063	-0.0261	-0.0058	0.0772	-0.0236	-0.0013	0.059	0.029	0.1119	15.0257	5.0051	-7.5367
7	0.0062	0.0052	-0.0003	0.0075	-0.0002	0.0031	-0.0063	-0.0183	0.04	0.0171	0.0123	-0.0204	-0.0525	-0.0136	0.0061	0.09	0.0089	0.0059	0.0604	-0.0628	0.137	1.0103	2.2325	8.884
8	0.0022	0.0018	-0.0007	0.0015	-0.0015	0.0089	-0.0008	-0.0037	0.0028	0.0005	0.0013	-0.0026	-0.01	0.0078	-0.0013	0.2052	-0.0677	0.0062	0.1113	-0.0742	0.1726	17.3666	12.6758	4.6082

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:27)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 28:58)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 59:100)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 101:127)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 128:179)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 180:236)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 237:259)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 260:266)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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