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Yorodumi- PDB-6a9b: T4 dCMP hydroxymethylase structure solved by I-SAD using a home source -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6a9b | ||||||
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Title | T4 dCMP hydroxymethylase structure solved by I-SAD using a home source | ||||||
Components | Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / pyrimidine hydroxymethylase | ||||||
Function / homology | Function and homology information deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase / deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterobacteria phage T4 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SAD / Resolution: 2.01 Å | ||||||
Authors | Park, S.H. / Song, H.K. | ||||||
Citation | Journal: Iucrj / Year: 2019 Title: A cytosine modification mechanism revealed by the structure of a ternary complex of deoxycytidylate hydroxymethylase from bacteriophage T4 with its cofactor and substrate. Authors: Park, S.H. / Suh, S.W. / Song, H.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6a9b.cif.gz | 69 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6a9b.ent.gz | 49.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6a9b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6a9b_validation.pdf.gz | 434.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6a9b_full_validation.pdf.gz | 437 KB | Display | |
Data in XML | 6a9b_validation.xml.gz | 13.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6a9b_validation.cif.gz | 18.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a9b | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28523.229 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage T4 (virus) / Gene: 42 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P08773, deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase |
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#2: Chemical | ChemComp-IOD / |
#3: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 0.96 M sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 14, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.01→50 Å / Num. obs: 20840 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 29.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 3.183 / Net I/σ(I): 27.3 / Num. measured all: 145060 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.01→26.301 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 17.89
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.85 Å2 / Biso mean: 32.4642 Å2 / Biso min: 16.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.01→26.301 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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