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- PDB-5icc: Crystal structure of (S)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5icc
タイトルCrystal structure of (S)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase with S-adenosyl-L-homocysteine
要素(S)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / benzylisoquinoline alkaloid
機能・相同性
機能・相同性情報


(RS)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase / (RS)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase activity / acetylserotonin O-methyltransferase activity / melatonin biosynthetic process / alkaloid metabolic process / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / (RS)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Robin, A.Y. / Graindorge, M. / Giustini, C. / Dumas, R. / Matringe, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
INRA (French National Institute for Agricultural Research)P-BV-2 フランス
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of norcoclaurine-6-O-methyltransferase, a key rate-limiting step in the synthesis of benzylisoquinoline alkaloids.
著者: Robin, A.Y. / Giustini, C. / Graindorge, M. / Matringe, M. / Dumas, R.
履歴
登録2016年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (S)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,66116
ポリマ－39,5321
非ポリマー1,12915
水4,071226
1
A: (S)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase
ヘテロ分子

A: (S)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,32232
ポリマ－79,0632
非ポリマー2,25930
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area12380 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area28720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.640, 108.990, 40.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

K

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 (S)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase


分子量: 39531.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5C9L7, (RS)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase

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非ポリマー , 5種, 241分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: Peg3350, Sodium Chloride, Phosphate Citrate buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 26573 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 20.518 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 17.15
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-20.3934.1195.4
2-2.20.2577.861100
2.2-2.50.17211.651100
2.5-2.90.11516.751100
2.9-3.90.05729.381100
3.9-5.90.0440.491100
5.9-8.90.03937.631100
8.90.02744.06197.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1zg3

1zg3


解像度: 1.9→43.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.014 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.14
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2061 1329 5 %RANDOM
Rwork0.1565 ---
obs0.1589 26572 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 49.57 Å2 / Biso mean: 14.35 Å2 / Biso min: 2.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.22 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→43.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2727 0 74 226 3027
Biso mean--20.55 20.08 -
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.9774011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5765389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.21524.957115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.79515517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.373158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3561.51814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.15822948
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.42631137
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.954.51043
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 93 -
Rwork0.191 1767 -
all-1860 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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