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- PDB-5ibd: Crystal structure Mycobacterium tuberculosis CYP121 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ibd
タイトルCrystal structure Mycobacterium tuberculosis CYP121 in complex with inhibitor fragment 24a
要素Mycocyclosin synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mycobacterium tuberculosis CYP121 / Fragment based inhibitor screening
機能・相同性
機能・相同性情報


mycocyclosin synthase / cyclase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water / carbon monoxide binding / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GGJ / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Mycocyclosin synthase / Mycocyclosin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Levy, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Fragment-Based Approaches to the Development of Mycobacterium tuberculosis CYP121 Inhibitors.
著者: Kavanagh, M.E. / Coyne, A.G. / McLean, K.J. / James, G.G. / Levy, C.W. / Marino, L.B. / de Carvalho, L.P. / Chan, D.S. / Hudson, S.A. / Surade, S. / Leys, D. / Munro, A.W. / Abell, C.
履歴
登録2016年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycocyclosin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7598
ポリマ－43,3061
非ポリマー1,4537
水9,278515
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area16740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.890, 77.890, 264.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-624-

HOH

21A-634-

HOH

31A-880-

HOH

41A-885-

HOH

51A-888-

HOH

61A-1010-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Mycocyclosin synthase / Cytochrome P450 121 / Cytochrome P450 MT2


分子量: 43305.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: cyp121, MT2336 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WPP6, UniProt: P9WPP7*PLUS, EC: 1.14.21.9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-GGJ / 4-(3'-amino[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-(4-methoxyphenyl)-1H-pyrazol-5-amine


分子量: 356.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20N4O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.5-2.1 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium MES or Cacodylate from pH 5.5-6.15
PH範囲: 5.5 - 6.15

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→44.005 Å / Num. obs: 47127 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 21.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1359 / Net I/σ(I): 16.33
反射 シェル解像度: 1.77→1.833 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6159 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 96.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: INHOUSE

解像度: 1.77→44.005 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.26
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1868 2281 4.89 %RANDOM
Rwork0.1463 ---
obs0.1483 46639 98.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→44.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3031 0 95 515 3641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2564457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5621225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.80850.22931350.17852503X-RAY DIFFRACTION91
1.8085-1.85060.20441370.17842589X-RAY DIFFRACTION95
1.8506-1.89690.22721490.18022655X-RAY DIFFRACTION97
1.8969-1.94820.20541360.16052727X-RAY DIFFRACTION98
1.9482-2.00550.1911190.15052733X-RAY DIFFRACTION99
2.0055-2.07020.16731410.14522724X-RAY DIFFRACTION99
2.0702-2.14420.20031460.13662750X-RAY DIFFRACTION99
2.1442-2.23010.17311470.13462756X-RAY DIFFRACTION99
2.2301-2.33150.16271290.1332772X-RAY DIFFRACTION99
2.3315-2.45450.17551380.13162800X-RAY DIFFRACTION100
2.4545-2.60820.17521600.13832777X-RAY DIFFRACTION100
2.6082-2.80960.19251320.14772828X-RAY DIFFRACTION100
2.8096-3.09220.1731440.15972838X-RAY DIFFRACTION100
3.0922-3.53950.19271430.15132878X-RAY DIFFRACTION100
3.5395-4.45880.18141600.12882896X-RAY DIFFRACTION100
4.4588-44.01860.19761650.15263132X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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