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- PDB-5i9j: Structure of the cholesterol and lutein-binding domain of human S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i9j
タイトルStructure of the cholesterol and lutein-binding domain of human STARD3 at 1.74A
要素StAR-related lipid transfer protein 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / lutein-binding protein / helix-grip fold / START / non-vesicular lipid transport
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle tethering to endoplasmic reticulum / progesterone biosynthetic process / endoplasmic reticulum-endosome membrane contact site / organelle membrane contact site / Pregnenolone biosynthesis / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / mitochondrial transport / cholesterol binding / steroid metabolic process ...vesicle tethering to endoplasmic reticulum / progesterone biosynthetic process / endoplasmic reticulum-endosome membrane contact site / organelle membrane contact site / Pregnenolone biosynthesis / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / mitochondrial transport / cholesterol binding / steroid metabolic process / cholesterol metabolic process / lipid metabolic process / late endosome membrane / endosome / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MENTAL domain / StAR-related lipid transfer protein 3, C-terminal / Cholesterol-capturing domain / MENTAL domain profile. / Steroidogenic acute regulatory protein-like / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / START domain ...MENTAL domain / StAR-related lipid transfer protein 3, C-terminal / Cholesterol-capturing domain / MENTAL domain profile. / Steroidogenic acute regulatory protein-like / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / StAR-related lipid transfer protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Horvath, M.P. / Bernstein, P.S. / Li, B. / George, E.W. / Tran, Q.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY11600 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Structure of the lutein-binding domain of human StARD3 at 1.74 angstrom resolution and model of a complex with lutein.
著者: Horvath, M.P. / George, E.W. / Tran, Q.T. / Baumgardner, K. / Zharov, G. / Lee, S. / Sharifzadeh, H. / Shihab, S. / Mattinson, T. / Li, B. / Bernstein, P.S.
履歴
登録2016年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: StAR-related lipid transfer protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4216
ポリマ－25,9881
非ポリマー4325
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.390, 83.390, 82.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-785-

HOH

21A-810-

HOH

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要素

#1: タンパク質 StAR-related lipid transfer protein 3 / Metastatic lymph node gene 64 protein / MLN 64 / Protein CAB1 / START domain-containing protein 3 / StARD3


分子量: 25988.434 Da / 分子数: 1 / 断片: lutein-binding domain (UNP residues 216-444) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STARD3, CAB1, MLN64 / プラスミド: pET22b(+)
詳細 (発現宿主): F- ompT hsdSB(rB- mB-) gal dcm lacY1 ahpC (DE3) gor522:: Tn10 trxB (KanR, TetR)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: Q14849
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: hexagonal rod
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.1
詳細: 0.85 M sodium/potassium tartrate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CHES, 0.01 M dithiothreitol. Cryostabilizer: 18% ethylene glycol, 5% ethanol in addition to 0.8M sodium/potassium tartrate, 0.1 ...詳細: 0.85 M sodium/potassium tartrate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CHES, 0.01 M dithiothreitol. Cryostabilizer: 18% ethylene glycol, 5% ethanol in addition to 0.8M sodium/potassium tartrate, 0.1 M CHES pH 9.1, 0.2 M lithium sulfate, 0.01 M dithiothreitol. Crystals were frozen in propane and stored under liquid nitrogen
Temp details: ambient

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月19日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→37.18 Å / Num. obs: 34160 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.74→1.79 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev-2276精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Coot0.8.2 (CCP4)モデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1em2

1em2


解像度: 1.74→37.18 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.19
詳細: riding hydrogens, 17 residues with alternate conformations,
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 1712 5.01 %
Rwork0.1688 --
obs0.17 34159 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→37.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1695 0 27 215 1937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131873
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1612549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.261123
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01333
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7401-1.79130.321410.25262624X-RAY DIFFRACTION99
1.7913-1.84910.24481400.22252656X-RAY DIFFRACTION99
1.8491-1.91520.24071450.20692648X-RAY DIFFRACTION99
1.9152-1.99190.2241350.19182688X-RAY DIFFRACTION99
1.9919-2.08250.20441420.1792675X-RAY DIFFRACTION100
2.0825-2.19230.20681460.17662681X-RAY DIFFRACTION100
2.1923-2.32970.22381430.16732704X-RAY DIFFRACTION100
2.3297-2.50950.20421380.1652689X-RAY DIFFRACTION100
2.5095-2.7620.17311420.16652707X-RAY DIFFRACTION100
2.762-3.16140.17131440.16372743X-RAY DIFFRACTION100
3.1614-3.98230.18981470.15222754X-RAY DIFFRACTION100
3.9823-37.19240.16711490.16272878X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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