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- PDB-5i8f: Crystal structure of St. John's wort Hyp-1 protein in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i8f
タイトルCrystal structure of St. John's wort Hyp-1 protein in complex with melatonin
要素Phenolic oxidative coupling protein
キーワードPLANT PROTEIN / PLANT HORMONE BINDING / PHYTOHORMONE BINDING / MELATONIN / CYTOKININ / PLANT DEFENSE / PATHOGENESIS-RELATED PROTEIN / PR-10 PROTEIN / HYPERICIN / DEPRESSION / PR-10 FOLD / HYDROPHOBIC CAVITY / ANS DISPLACEMENT ASSAY (ADA)
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[2-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide / Unknown ligand / Phenolic oxidative coupling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hypericum perforatum (セイヨウオトギリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Sliwiak, J. / Dauter, Z. / Jaskolski, M.
資金援助 米国, ポーランド, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-Eng-38 米国
National Science Centre2013/10/M/NZ1/00251 ポーランド
引用
ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Hyp-1, a Hypericum perforatum PR-10 Protein, in Complex with Melatonin.
著者: Sliwiak, J. / Dauter, Z. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure Of Hyp-1, A St. John'S Wort Protein Implicated In The Biosynthesis Of Hypericin.
著者: Michalska, K. / Fernandes, H. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Ans Complex Of St John'S Wort Pr-10 Protein With 28 Copies In The Asymmetric Unit: A Fiendish Combination Of Pseudosymmetry With Tetartohedral Twinning.
著者: Sliwiak, J. / Dauter, Z. / Kowiel, M. / Mccoy, A.J. / Read, R.J. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Likelihood-Based Molecular-Replacement Solution For A Highly Pathological Crystal With Tetartohedral Twinning And Sevenfold Translational Noncrystallographic Symmetry.
著者: Sliwiak, J. / Jaskolski, M. / Dauter, Z. / Mccoy, A.J. / Read, R.J.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structures Of Two Homologous Pathogenesis-Related Proteins From Yellow Lupine.
著者: Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Lupinus Luteus Pathogenesis-Related Protein As A Reservoir For Cytokinin.
著者: Fernandes, H. / Pasternak, O. / Bujacz, G. / Bujacz, A. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#6: ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Cytokinin-Induced Structural Adaptability Of A Lupinus Luteus Pr-10 Protein.
著者: Fernandes, H. / Bujacz, A. / Bujacz, G. / Jelen, F. / Jasinski, M. / Kachlicki, P. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#7: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure Of Vigna Radiata Cytokinin-Specific Binding Protein In Complex With Zeatin.
著者: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#8: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The Landscape Of Cytokinin Binding By A Plant Nodulin.
著者: Ruszkowski, M. / Szpotkowski, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
#9: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Specific Binding Of Gibberellic Acid By Cytokinin-Specific Binding Proteins: A New Aspect Of Plant Hormone-Binding Proteins With The Pr-10 Fold.
著者: Ruszkowski, M. / Sliwiak, J. / Ciesielska, A. / Barciszewski, J. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
#10: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystallographic And Cd Probing Of Ligand-Induced Conformational Changes In A Plant Pr-10 Protein.
著者: Sliwiak, J. / Dolot, R. / Michalska, K. / Szpotkowski, K. / Bujacz, G. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
履歴
登録2016年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.32019年1月23日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.42022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,21314
ポリマ－18,4951
非ポリマー71813
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area8640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.860, 89.639, 76.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phenolic oxidative coupling protein


分子量: 18495.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hypericum perforatum (セイヨウオトギリ)
遺伝子: hyp1 / プラスミド: PET151/D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9JSA3*PLUS

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非ポリマー , 5種, 214分子

#2: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-ML1 / N-[2-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide / Melatonin / メラトニン


分子量: 232.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16N2O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % / 解説: prismatic
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1 M citrate (pH 6.5), 20% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→30 Å / Num. obs: 51868 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/av σ(I): 28.9 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ie5

3ie5


解像度: 1.3→30 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: Anisotropic refinement. H atoms were added at riding positions.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.153 2630 5.1 %
Rwork0.128 --
obs-51868 99.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1295 0 55 201 1551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond lenghts0.017
X-RAY DIFFRACTIONangles1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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