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万見
- PDB-5i7z: Crystal structure of a Par-6 PDZ-Crumbs 3 C-terminal peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i7z
タイトルCrystal structure of a Par-6 PDZ-Crumbs 3 C-terminal peptide complex
要素
  • Crb-3
  • LD29223p
キーワードSIGNALING PROTEIN / PDZ / cell polarity
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell junction assembly / RAC1 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / terminal branching, open tracheal system / establishment or maintenance of neuroblast polarity / branching involved in open tracheal system development / zonula adherens assembly / subapical complex / establishment of neuroblast polarity / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) ...positive regulation of cell junction assembly / RAC1 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / terminal branching, open tracheal system / establishment or maintenance of neuroblast polarity / branching involved in open tracheal system development / zonula adherens assembly / subapical complex / establishment of neuroblast polarity / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Asymmetric localization of PCP proteins / RHOU GTPase cycle / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / muscle cell postsynaptic specialization / PAR polarity complex / border follicle cell migration / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / asymmetric neuroblast division / morphogenesis of a polarized epithelium / apical cortex / apical protein localization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / positive regulation of smoothened signaling pathway / centrosome cycle / positive regulation of filopodium assembly / apical junction complex / protein kinase inhibitor activity / bicellular tight junction / positive regulation of lamellipodium assembly / synapse assembly / protein localization to plasma membrane / terminal bouton / SH3 domain binding / cell junction / cell cortex / apical plasma membrane / protein domain specific binding / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Partitioning defective protein 6, PB1 domain / : / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain ...Partitioning defective protein 6, PB1 domain / : / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / LD29223p / Protein crumbs homolog 3
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Whitney, D.S. / Peterson, F.C. / Prehoda, K.E. / Volkman, B.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI058072 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM068032 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Binding of Crumbs to the Par-6 CRIB-PDZ Module Is Regulated by Cdc42.
著者: Whitney, D.S. / Peterson, F.C. / Kittell, A.W. / Egner, J.M. / Prehoda, K.E. / Volkman, B.F.
履歴
登録2016年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LD29223p
B: Crb-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3403
ポリマ－11,2342
非ポリマー1061
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.060, 65.060, 52.596
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-455-

HOH

21A-456-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LD29223p / PAR-6 / Par-6 / isoform A / isoform B


分子量: 10266.793 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain (UNP residues 158-253) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: par-6, CG5884, Dmel_CG5884 / プラスミド: PBH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O97111
#2: タンパク質・ペプチド Crb-3


分子量: 967.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BUF7*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 26% PEG 6000, 100 mM HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 10639 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 43.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 70.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.801→38.448 Å / FOM work R set: 0.7847 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 1058 9.94 %
Rwork0.1965 9581 -
obs0.1987 10639 89.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.85 Å2 / Biso mean: 37.11 Å2 / Biso min: 16.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.801→38.448 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数780 0 7 60 847
Biso mean--40.27 34.7 -
残基数----103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015809
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3241094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095131
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.585312
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.801-1.8830.3201790.273173781656
1.883-1.98230.30551080.25211043115178
1.9823-2.10640.27281340.22661223135792
2.1064-2.26910.25411370.20241275141296
2.2691-2.49740.24311480.20941315146399
2.4974-2.85860.23521500.21781292144298
2.8586-3.60120.22111520.196413321484100
3.6012-38.45640.1751500.169713641514100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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