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万見
- PDB-5i7c: Centrosomin-motif 2 (CM2) domain of Drosophila melanogaster Centr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i7c
タイトルCentrosomin-motif 2 (CM2) domain of Drosophila melanogaster Centrosomin (Cnn)
要素Centrosomin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Non-canonical-coiled-coil / Centrosome / PCM / Zinc-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor cell morphogenesis / pole cell formation / asymmetric cell division / regulation of Golgi organization / regulation of centriole-centriole cohesion / asymmetric neuroblast division / positive regulation of microtubule nucleation / peripheral nervous system development / embryonic cleavage / motile cilium ...photoreceptor cell morphogenesis / pole cell formation / asymmetric cell division / regulation of Golgi organization / regulation of centriole-centriole cohesion / asymmetric neuroblast division / positive regulation of microtubule nucleation / peripheral nervous system development / embryonic cleavage / motile cilium / centrosome cycle / midgut development / pericentriolar material / centriole replication / centriole / mitotic spindle organization / ciliary basal body / meiotic cell cycle / central nervous system development / spindle pole / molecular adaptor activity / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
: / Centrosomin, N-terminal motif 1 / Centrosomin N-terminal motif 1
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.804 Å
データ登録者Feng, Z. / Cottee, M.A. / Johnson, S. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust104575/Z/14/Z 英国
Wellcome Trust100298/Z/12/Z 英国
Dunn School EPA Studentship 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Mitotic Centrosome Assembly in Flies.
著者: Feng, Z. / Caballe, A. / Wainman, A. / Johnson, S. / Haensele, A.F.M. / Cottee, M.A. / Conduit, P.T. / Lea, S.M. / Raff, J.W.
履歴
登録2016年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosomin
B: Centrosomin
C: Centrosomin
D: Centrosomin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9256
ポリマ－32,7944
非ポリマー1312
水00
1
A: Centrosomin
B: Centrosomin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4623
ポリマ－16,3972
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area10860 Å2
手法PISA
2
C: Centrosomin
D: Centrosomin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4623
ポリマ－16,3972
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area10800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.220, 49.220, 211.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Centrosomin / Protein arrow


分子量: 8198.428 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1082-1148 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fragment: CONSERVED-MOTIF 2 DOMAIN, RESIDUES 1082-1148
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: cnn, Arr, CG4832 / プラスミド: pLip / 詳細 (発現宿主): custom / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P54623
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 80 mM Sodium cacodylate pH6.5, 160 mM Calcium acetate, 14.4% w/v PEG8K/ 20% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.804→42.626 Å / Num. obs: 7171 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.804→2.88 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia20.3.6.3データ削減
AutoSol1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.804→42.626 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.38
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2676 369 5.2 %random selection
Rwork0.2425 ---
obs0.2439 7100 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.804→42.626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1953 0 2 0 1955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5552626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.762802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8038-3.20930.39151370.30642235X-RAY DIFFRACTION100
3.2093-4.04290.35641210.27392242X-RAY DIFFRACTION100
4.0429-42.63070.20911110.21762254X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.19146.4917-5.74815.6446-6.72575.0088-0.68840.3348-0.8529-0.5587-0.0043-1.21750.6778-0.37010.65241.025-0.01930.23370.95350.26140.908668.5596-8.360111.054
24.16614.1525-4.18437.6316-7.03836.23360.49760.05960.28460.9757-0.09510.1167-1.217-0.5694-0.41530.69970.02640.09710.534-0.03660.62464.71753.003211.2871
31.70263.2852-3.27288.883-6.73356.9932-0.2636-0.464-0.57410.3021-0.6225-1.7694-0.21230.26730.82360.51870.01150.03810.84640.2060.734866.0105-12.567826.434
42.26342.7374-2.62596.7172-5.29674.6260.02120.69530.1037-0.24061.11151.0792-0.0697-1.3288-0.88850.5458-0.007-0.10540.83370.11710.680354.0841-15.18426.7182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 62 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 4 through 62 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 4 through 62 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 4 through 61 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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