PDB-5i66: X-ray structure of the Fab fragment of 8B6, a murine monoclonal a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i66

タイトル

X-ray structure of the Fab fragment of 8B6, a murine monoclonal antibody specific for the human serotonin transporter

要素

8B6 antibody, heavy chain
8B6 antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.624 Å

データ登録者

Coleman, J.A. / Green, E.M. / Gouaux, E.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: X-ray structures and mechanism of the human serotonin transporter.
著者: Coleman, J.A. / Green, E.M. / Gouaux, E.

履歴

登録	2016年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月20日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i66.cif.gz	254.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i66.ent.gz	208.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i66_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i66_full_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示
XML形式データ	5i66_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	5i66_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/5i66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/5i66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i6xC 5i6zC 5i71C 5i73C 5i74C 5i75C 4lqfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5i8o-d 7jwq-2 5mv3-6 1mre-d 5i1i-d 2xa8-d 3qct-d 1t4k-1 6xul-3 4x7t-2 1rum-d 4x80-d 1qyg-d 5b3j-3 1s5i-d 3o6k-d 5mub-1 1ruk-d 5dub-2 2adj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 8B6 antibody, heavy chain

B: 8B6 antibody, light chain

47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.560, 81.560, 142.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: 抗体	8B6 antibody, heavy chain 分子量: 23688.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 抗体	8B6 antibody, light chain 分子量: 23718.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NH4H2PO4 and 22.5% pure PEG (0.3-0.8 kDa)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→57.672 Å / Num. obs: 117803 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.0522 / Net I/σ(I): 18.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2142: ???)	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LQF

4lqf

解像度: 1.624→57.672 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.12 / 位相誤差: 22.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198	5637	5.03 %
R_work	0.1782	-	-
obs	0.1792	112166	96.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.624→57.672 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3302	0	0	302	3604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3389
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.148	4620
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.996	2018
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	520
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6237-1.6421	0.3719	76	0.4331	1383	X-RAY DIFFRACTION	38
1.6421-1.6614	0.3843	165	0.3809	2974	X-RAY DIFFRACTION	81
1.6614-1.6817	0.3897	177	0.3423	3310	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6817-1.703	0.3599	191	0.3129	3665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.703-1.7254	0.3141	194	0.2972	3678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7254-1.749	0.3118	194	0.2897	3642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.749-1.774	0.3229	196	0.2854	3688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.774-1.8005	0.3205	185	0.2676	3625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8005-1.8287	0.2814	192	0.2485	3671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8287-1.8586	0.2945	197	0.2371	3656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8586-1.8907	0.2379	191	0.225	3682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8907-1.9251	0.2574	191	0.2089	3675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9251-1.9621	0.2078	191	0.1891	3632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9621-2.0021	0.2225	195	0.1957	3664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0021-2.0457	0.2394	195	0.1826	3688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0457-2.0933	0.24	195	0.1761	3646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0933-2.1456	0.2097	192	0.1679	3683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1456-2.2036	0.1949	195	0.1672	3646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2036-2.2685	0.2156	190	0.1716	3663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2685-2.3417	0.1922	194	0.1758	3675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3417-2.4254	0.2063	189	0.1737	3609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4254-2.5225	0.2144	198	0.1746	3689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5225-2.6373	0.2347	198	0.1775	3683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6373-2.7764	0.1752	188	0.1738	3655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7764-2.9503	0.2051	193	0.1735	3665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9503-3.1781	0.1861	193	0.1764	3639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1781-3.4979	0.1983	198	0.1762	3681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4979-4.0039	0.178	194	0.1542	3649	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0039-5.044	0.1313	198	0.1315	3653	X-RAY DIFFRACTION	100
5.044-57.708	0.1693	192	0.1781	3660	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5696	-0.7576	-0.6581	3.2654	1.0837	1.8601	0.0958	0.1666	0.3314	0.0802	-0.0691	-0.2101	-0.1809	-0.0493	0.0058	0.2287	0.0329	0.0073	0.2313	0.0908	0.2883	64.5247	85.8935	66.3587
2	7.1916	1.4284	-1.8045	2.0546	-0.4738	2.6238	-0.1876	0.5751	0.3847	-0.1053	0.2026	0.5874	0.1278	-0.4037	0.0229	0.2725	-0.0279	0.0138	0.3456	0.0421	0.3528	39.5808	68.2307	57.1696
3	4.6212	-0.7155	-0.683	1.8863	0.3726	1.7761	-0.2172	-0.3306	0.2662	0.3952	0.1483	-0.1012	0.0228	-0.0168	0.0616	0.326	0.0573	0.0115	0.1793	0.0112	0.1763	55.8284	80.8354	85.3293
4	1.5633	0.0134	0.6344	1.727	1.1705	4.0574	-0.1626	0.1991	-0.4473	0.0943	0.0393	0.3918	0.6202	0.0986	0.0413	0.4889	-0.0391	0.1336	0.2747	-0.056	0.4198	38.5039	54.9747	65.273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 21:138)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 139:237)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 22:124)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 125:233)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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