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万見
- PDB-5i5h: Ecoli global domain 245-586 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i5h
タイトルEcoli global domain 245-586
要素Inner membrane protein YejM
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ecoli 245-586
機能・相同性Inner membrane protein YejM / Inner membrane protein YejM, N-terminal / : / Domain of unknown function (DUF3413) / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / plasma membrane / Inner membrane protein YejM
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Dong, C. / Dong, H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural insights into cardiolipin transfer from the Inner membrane to the outer membrane by PbgA in Gram-negative bacteria.
著者: Dong, H. / Zhang, Z. / Tang, X. / Huang, S. / Li, H. / Peng, B. / Dong, C.
履歴
登録2016年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inner membrane protein YejM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3651
ポリマ－67,3651
非ポリマー00
水8,917495
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.860, 56.860, 191.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-820-

HOH

21A-974-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Inner membrane protein YejM


分子量: 67364.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: yejM, yejN, b2188, JW2176 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AD27
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: 0.2 M lithium sulphate, 0.1 M sodium acetate pH 4.3 and 48% PEG400
PH範囲: 4.0-4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→47.83 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.6 % / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 9.6 % / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I5D

5i5d


解像度: 1.65→47.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.04 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.023 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23743 2208 5 %RANDOM
Rwork0.17528 ---
obs0.17829 41797 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.61 Å20 Å20 Å2
2--25.61 Å20 Å2
3----51.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2604 0 0 495 3099
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192690
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7561.9373659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05935670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9575329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.6223.986138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56515434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5321521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213127
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2392.5641319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2162.5611318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.353.8361647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3573.8391648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5753.0031371
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5753.0031372
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.654.332013
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.124.3833585
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.90322.5563292
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.15935167
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.1325136
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.54655478
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.454 139 -
Rwork0.444 2781 -
obs--90.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.126-0.05940.02860.49880.09950.27980.0133-0.0258-0.0056-0.0243-0.02320.0370.00810.02480.00990.031-0.0262-0.0090.03810.0120.220.852637.576414.0851
20.232-0.05020.03510.36250.08510.1292-0.0092-0.0415-0.0368-0.0447-0.0080.0203-0.0103-0.00250.01720.0467-0.0347-0.0030.04580.01470.22330.63837.12213.2541
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A246 - 575
2X-RAY DIFFRACTION2B576 - 1084

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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