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万見
- PDB-5i4f: scFv 2D10 complexed with alpha 1,6 mannobiose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i4f
タイトルscFv 2D10 complexed with alpha 1,6 mannobiose
要素scFv 2D10
キーワードIMMUNE SYSTEM / Structural biology / Multi-specificity / Affinity matured antibody / Disaccharide
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 6alpha-alpha-mannobiose
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.549 Å
データ登録者Vashisht, S. / Kumar, A. / Kaur, K.J. / Salunke, D.M.
引用
ジャーナル: CHEMISTRYSELECT / 年: 2016
タイトル: Antibodies Can Exploit Molecular Crowding to Bind New Antigens at Noncanonical Paratope Positions
著者: Vashisht, S. / Kumar, A. / Kaur, K.J. / Salunke, D.M.
#1: ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2013
タイトル: Structural evaluation of a mimicry-recognizing paratope: plasticity in antigen-antibody interactions manifests in molecular mimicry
著者: Tapryal, S. / Gaur, V. / Kaur, K.J. / Salunke, D.M.
履歴
登録2016年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv 2D10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5803
ポリマ－26,8951
非ポリマー6852
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.093, 81.093, 74.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1-

MAN

21A-559-

HOH

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要素

#1: 抗体 scFv 2D10


分子量: 26894.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose / 6alpha-alpha-mannobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6alpha-alpha-mannobiose
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1a_1-5]/1-1/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 % / 解説: hexagonal
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES 6.5, Magnesium sulphate (1.5 M), potassium sodium tartrate tetrahydrate (0.1M).

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データ収集

回折平均測定温度: 173.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.549→50 Å / Num. obs: 41534 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 39.67
反射 シェル解像度: 1.549→1.61 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H0G

4h0g


解像度: 1.549→35.114 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1931 4106 9.95 %
Rwork0.1671 --
obs0.1697 41254 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.549→35.114 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1829 0 46 291 2166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5932639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.752812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.106277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5489-1.56710.24511280.2441258X-RAY DIFFRACTION99
1.5671-1.58620.26551450.22741254X-RAY DIFFRACTION98
1.5862-1.60630.26331270.20311268X-RAY DIFFRACTION100
1.6063-1.62740.21631380.19431261X-RAY DIFFRACTION99
1.6274-1.64970.23551360.19071285X-RAY DIFFRACTION99
1.6497-1.67330.23541320.18991269X-RAY DIFFRACTION99
1.6733-1.69830.24261450.19461237X-RAY DIFFRACTION99
1.6983-1.72480.22041340.16931284X-RAY DIFFRACTION100
1.7248-1.75310.18791380.16841268X-RAY DIFFRACTION99
1.7531-1.78330.20241510.16361252X-RAY DIFFRACTION99
1.7833-1.81570.21781430.16581259X-RAY DIFFRACTION99
1.8157-1.85070.20541320.16961287X-RAY DIFFRACTION100
1.8507-1.88840.19081560.16181255X-RAY DIFFRACTION99
1.8884-1.92950.18711220.16211294X-RAY DIFFRACTION99
1.9295-1.97440.21921340.14861284X-RAY DIFFRACTION100
1.9744-2.02370.17661360.14881276X-RAY DIFFRACTION100
2.0237-2.07850.1811390.16161281X-RAY DIFFRACTION100
2.0785-2.13960.18531420.15551286X-RAY DIFFRACTION100
2.1396-2.20870.18351330.1621288X-RAY DIFFRACTION100
2.2087-2.28760.1811510.15551275X-RAY DIFFRACTION100
2.2876-2.37910.18591520.16761288X-RAY DIFFRACTION100
2.3791-2.48740.22541430.16741283X-RAY DIFFRACTION100
2.4874-2.61850.20061470.1771301X-RAY DIFFRACTION100
2.6185-2.78250.22041500.18691280X-RAY DIFFRACTION100
2.7825-2.99720.19541690.1751281X-RAY DIFFRACTION100
2.9972-3.29870.20411570.16481282X-RAY DIFFRACTION100
3.2987-3.77550.15691370.14311332X-RAY DIFFRACTION100
3.7755-4.75490.14361260.1371341X-RAY DIFFRACTION99
4.7549-35.12330.21191630.20721339X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -43.8106 Å / Origin y: 8.4079 Å / Origin z: 6.7676 Å
111213212223313233
T0.1769 Å2-0.0031 Å2-0.0126 Å2-0.0983 Å20.0182 Å2--0.1266 Å2
L1.0911 °20.1742 °20.1917 °2-0.4489 °20.0025 °2--0.8489 °2
S0.0355 Å °-0.0811 Å °-0.0875 Å °0.0615 Å °0.0245 Å °0.0108 Å °-0.051 Å °-0.0788 Å °-0.05 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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