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万見
- PDB-5i3m: Crystal structure of the catalytic domain of MMP-12 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i3m
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of MMP-12 in complex with a selective sugar-conjugated thiourea-linked carboxylate zinc-chelator water-soluble inhibitor (DC31).
要素Macrophage metalloelastase
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / complex / glycoconjugate / metalloprotease
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage elastase / negative regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / bronchiole development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / elastin catabolic process / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / lung alveolus development ...macrophage elastase / negative regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / bronchiole development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / elastin catabolic process / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / lung alveolus development / response to amyloid-beta / positive regulation of interferon-alpha production / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / core promoter sequence-specific DNA binding / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix / extracellular matrix organization / cellular response to virus / metalloendopeptidase activity / protein import into nucleus / endopeptidase activity / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan binding-like / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin ...Peptidoglycan binding-like / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-67F / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / S-1,2-PROPANEDIOL / Macrophage metalloelastase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Stura, E.A. / Rosalia, L. / Cuffaro, D. / Tepshi, L. / Ciccone, L. / Rossello, A.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2016
タイトル: Sugar-Based Arylsulfonamide Carboxylates as Selective and Water-Soluble Matrix Metalloproteinase-12 Inhibitors.
著者: Nuti, E. / Cuffaro, D. / D'Andrea, F. / Rosalia, L. / Tepshi, L. / Fabbi, M. / Carbotti, G. / Ferrini, S. / Santamaria, S. / Camodeca, C. / Ciccone, L. / Orlandini, E. / Nencetti, S. / Stura, ...著者: Nuti, E. / Cuffaro, D. / D'Andrea, F. / Rosalia, L. / Tepshi, L. / Fabbi, M. / Carbotti, G. / Ferrini, S. / Santamaria, S. / Camodeca, C. / Ciccone, L. / Orlandini, E. / Nencetti, S. / Stura, E.A. / Dive, V. / Rossello, A.
履歴
登録2016年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 1.22016年8月17日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage metalloelastase
B: Macrophage metalloelastase
C: Macrophage metalloelastase
D: Macrophage metalloelastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,65336
ポリマ－70,4594
非ポリマー4,19432
水7,746430
1
A: Macrophage metalloelastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6599
ポリマ－17,6151
非ポリマー1,0448
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Macrophage metalloelastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,75710
ポリマ－17,6151
非ポリマー1,1429
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Macrophage metalloelastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6559
ポリマ－17,6151
非ポリマー1,0408
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Macrophage metalloelastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5838
ポリマ－17,6151
非ポリマー9687
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.720, 63.140, 78.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Macrophage metalloelastase / MME / Macrophage elastase / hME / Matrix metalloproteinase-12 / MMP-12


分子量: 17614.684 Da / 分子数: 4 / 変異: F171D, E219Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: macrophage elastase / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: macrophage / 遺伝子: MMP12, HME / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39900, macrophage elastase

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非ポリマー , 8種, 462分子

#2: 化合物
ChemComp-67F / (2S)-2-{[2-({[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl]carbamothioyl}amino)ethyl](biphenyl-4-ylsulfonyl)amino}-3-methylbutanoic acid (non-preferred name)


分子量: 638.753 Da / 分子数: 4 / 変異: F171D, E219Q / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C28H38N4O9S2 / 詳細: macrophage elastase / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: macrophage / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: macrophage elastase
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#7: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 % / 解説: thin flat plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein-ligand: hMMP12 F67D E219Q 465 micro-M, 0.02M acetohydroxamic acid 0.5 milli-M inhibitor (DC31) 10% DMSO. Precipitant: 32.4% PEG 4K, 8% dioxane, 0.2M imidazole piperidine, pH 8.5. ...詳細: Protein-ligand: hMMP12 F67D E219Q 465 micro-M, 0.02M acetohydroxamic acid 0.5 milli-M inhibitor (DC31) 10% DMSO. Precipitant: 32.4% PEG 4K, 8% dioxane, 0.2M imidazole piperidine, pH 8.5. Cryoprotectant: 40% cryomix:(12.5 % diethylene glycol + 12.5 % glycerol + 12.5 % 1,2-propanediol + 25 % DMSO + 25 % 1,4-dioxane) 12% PEG 4K, 10% Dioxane, 0.1 M imidazole piperidine pH 8.5.
PH範囲: 8.5 / Temp details: cooled incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryonozzle
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月8日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→48.79 Å / Num. obs: 32560 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.34 % / Biso Wilson estimate: 33.956 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 12.748 / Net I/σ(I): 9.44
反射 シェル解像度: 2.17→2.23 Å / 冗長度: 3.73 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I2Z

5i2z


解像度: 2.17→48.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.178 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.24 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25324 1617 5 %RANDOM
Rwork0.20615 ---
obs0.2085 30719 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.572 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å20.98 Å2
2---3.8 Å2-0 Å2
3---4.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.17→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4936 0 60 430 5426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0195350
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9041.9547259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.054311126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9075634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.21623.071254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.39815767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8181530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9393.2772533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9383.2762532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2284.8963168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2294.8973169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.683.9592817
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6793.9592818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6525.7794092
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.18328.8046569
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.02328.5896430
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 118 -
Rwork0.284 2245 -
obs--99.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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