[日本語] English
万見
- PDB-5i3l: DPF3b in complex with H3K14ac peptide -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i3l
タイトルDPF3b in complex with H3K14ac peptide
要素
  • H3K14ac peptide
  • Zinc finger protein DPF3
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


brahma complex / nBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / muscle organ development / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation ...brahma complex / nBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / muscle organ development / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / positive regulation of cell differentiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nervous system development / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / gene expression / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromatin remodeling / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
DPF1-3, N-terminal domain / DPF1-3, N-terminal / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / PHD-finger / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger PHD-type signature. ...DPF1-3, N-terminal domain / DPF1-3, N-terminal / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / PHD-finger / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Histone H3 signature 1. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / Zinc finger protein DPF3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Tempel, W. / Liu, Y. / Walker, J.R. / Zhao, A. / Qin, S. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of DPF3b in complex with an acetylated histone peptide.
著者: Li, W. / Zhao, A. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Liu, Y.
履歴
登録2016年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22016年8月24日Group: Database references
改定 1.32017年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_entity_src_syn ...citation / pdbx_entity_src_syn / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_related_exp_data_set.data_reference / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein DPF3
B: Zinc finger protein DPF3
C: H3K14ac peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,60145
ポリマ－27,9933
非ポリマー60842
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.822, 121.641, 56.446
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Zinc finger protein DPF3 / BRG1-associated factor 45C / BAF45C / Zinc finger protein cer-d4


分子量: 12881.659 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPF3, BAF45C, CERD4 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q92784
#2: タンパク質・ペプチド H3K14ac peptide


分子量: 2229.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P68431*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 133分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 32 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.4 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, 5% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.28215 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28215 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50.01 Å / Num. obs: 29753 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 17.7 / Num. measured all: 210147 / Scaling rejects: 38
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.125 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 12925 / Num. unique all: 1817 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.453 / Rrim(I) all: 1.214 / Rejects: 0 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.21データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化開始モデル: unpublished model, ultimately derived from PDB entry 3V43.

3v43


解像度: 1.85→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.877 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2117 1624 5.5 %thin shells (sftools)
Rwork0.1817 ---
obs0.1833 28115 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.56 Å2 / Biso mean: 34.598 Å2 / Biso min: 7.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.21 Å2-0 Å20 Å2
2--0.42 Å2-0 Å2
3---1.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1837 0 45 91 1973
Biso mean--32.57 35.64 -
残基数----243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021960
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6821.9722656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1533.0144015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.315254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.47524.93779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93415313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.861158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5782.261982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5762.261982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3283.3781226
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 204 -
Rwork0.269 1973 -
all-2177 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6613-2.13761.10853.7201-1.10731.7797-0.0422-0.2074-0.29750.27770.22440.1180.0584-0.0593-0.18210.04650.00990.00070.01980.01170.07756.072135.10140.2264
23.15210.10482.34990.4011-0.58173.517-0.10740.0880.03590.131-0.02260.0502-0.12970.04330.130.0971-0.03180.06220.0125-0.02040.056523.341149.82-2.2779
39.2399-4.85922.58222.9066-0.68782.0103-0.2429-0.9032-0.19830.14590.44640.0279-0.0847-0.3178-0.20340.21590.03470.03140.21270.07660.16223.0058139.72627.4216
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A256 - 1004
2X-RAY DIFFRACTION2B255 - 1004
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 17

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る