+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i16 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV1-69/IGKV3-11 | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / MONOCLONAL ANTIBODY | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Luo, J. / Gilliland, G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural diversity in a human antibody germline library. 著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Luo, J. / Muzammil, S. / Sweet, R. / Almagro, J.C. / Gilliland, G.L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014 タイトル: Protein crystallization with microseed matrix screening: application to human germline antibody Fabs. 著者: Obmolova, G. / Malia, T.J. / Teplyakov, A. / Sweet, R.W. / Gilliland, G.L. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 184.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 144.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5i15C ![]() 5i17C ![]() 5i18SC ![]() 5i19SC ![]() 5i1aC ![]() 5i1cC ![]() 5i1dC ![]() 5i1eC ![]() 5i1gC ![]() 5i1hC ![]() 5i1iC ![]() 5i1jC ![]() 5i1kC ![]() 5i1lC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: 抗体 | 分子量: 23421.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 24171.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 25% PEG 3350, 0.2 M SODIUM FORMATE PH範囲: 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月3日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 71932 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 97.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5I18,5I19 解像度: 1.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.206 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.134
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|