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- PDB-5hzr: Crystal structure of MtSnf2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hzr
タイトルCrystal structure of MtSnf2
要素SNF2-family ATP dependent chromatin remodeling factor like protein
キーワードTRANSCRIPTION / Swi2/Snf2 / chromatin remodeling
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent chromatin remodeler activity => GO:0140658 / histone binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. ...Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(1-methylpiperidinium-1-yl)propane-1-sulfonate / SNF2-family ATP dependent chromatin remodeling factor like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Myceliophthora thermophila ATCC 42464 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Chen, Z.C. / Xia, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Key Research Plan-Protein Sciences2014CB910100 中国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of chromatin remodeler Swi2/Snf2 in the resting state
著者: Xia, X. / Liu, X. / Li, T. / Fang, X. / Chen, Z.C.
履歴
登録2016年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SNF2-family ATP dependent chromatin remodeling factor like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7499
ポリマ－84,5521
非ポリマー1,1968
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area27030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.613, 144.266, 121.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1424-

HOH

21A-1433-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SNF2-family ATP dependent chromatin remodeling factor like protein / MtSnf2


分子量: 84552.289 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 445-1176 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila ATCC 42464 (菌類)
株: ATCC 42464 / 遺伝子: MYCTH_115909 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2QDW1
#2: 化合物
ChemComp-KH2 / 3-(1-methylpiperidinium-1-yl)propane-1-sulfonate


分子量: 221.317 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: ammonium sulfate, protamine, NDSB-221

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→62 Å / Num. obs: 41149 / % possible obs: 85.74 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 24.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000V705データ削減
HKL-2000V705データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.33→44.769 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2131 2048 5.03 %
Rwork0.1944 --
obs0.1953 40707 88.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→44.769 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4516 0 72 136 4724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7156284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6952860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004786
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.38420.2674460.231076X-RAY DIFFRACTION37
2.3842-2.44390.2264830.20631571X-RAY DIFFRACTION54
2.4439-2.50990.2268970.22521909X-RAY DIFFRACTION66
2.5099-2.58380.23211250.23532253X-RAY DIFFRACTION78
2.5838-2.66720.23931450.23372583X-RAY DIFFRACTION89
2.6672-2.76250.27141570.24562855X-RAY DIFFRACTION99
2.7625-2.87310.23221590.24112910X-RAY DIFFRACTION100
2.8731-3.00380.27261590.22322891X-RAY DIFFRACTION100
3.0038-3.16210.26931680.22572906X-RAY DIFFRACTION100
3.1621-3.36020.22811500.21172927X-RAY DIFFRACTION100
3.3602-3.61950.20731530.19252915X-RAY DIFFRACTION100
3.6195-3.98360.19461390.1692936X-RAY DIFFRACTION100
3.9836-4.55950.16851530.15382961X-RAY DIFFRACTION100
4.5595-5.74260.1861400.16832994X-RAY DIFFRACTION100
5.7426-44.77690.2151740.20972972X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7604-2.9699-3.41824.67882.11155.6867-0.3680.1142-0.86820.06150.2186-0.40030.74190.40390.13340.451-0.0916-0.04280.405-0.14210.599147.86998.16816.3623
22.1402-0.2821-0.46852.5913-0.99893.3357-0.05190.33430.0359-0.1750.03390.4045-0.1275-0.98440.02470.29850.054-0.04660.5786-0.07130.322727.956729.93699.4636
37.8548-0.648-1.38475.6045-1.56876.75810.05030.88630.5229-0.6288-0.165-0.2955-0.57250.22560.10280.4460.0268-0.04710.57030.06280.405742.136336.96663.3499
42.7615-2.6274-0.41944.69030.87882.92760.02320.58030.0395-0.56580.0759-0.5493-0.0351-0.193-0.11390.5161-0.1090.02460.4329-0.0720.445242.229613.5792-1.5539
54.09611.02130.00453.6206-0.414.37-0.0739-0.15690.33920.24620.02470.1376-0.30.25470.06610.33670.1018-0.0150.31380.01140.303119.663645.2396-18.9299
69.6205-0.083-3.95561.09510.3114.4588-0.02310.35380.4570.1894-0.07980.4445-0.0219-0.50820.12420.33980.03390.010.2961-0.00420.35831.51141.0439-18.1785
77.21310.90331.87473.55110.73364.57540.2728-1.0194-0.34050.7317-0.27540.4070.0188-0.2715-0.0430.52910.06010.04570.55710.08460.381511.008837.6936-9.0467
82.32631.4264-1.04272.8541-2.43154.3148-0.2755-0.1192-0.6417-0.0768-0.0464-0.53090.92070.57960.29120.67890.22160.05030.5420.02930.520324.367329.3432-23.1533
92.7206-1.9829-0.33325.69830.43534.0218-0.16070.18811.0696-1.143-0.51190.3438-1.0741-0.12910.68031.0704-0.1823-0.1320.92890.11531.277426.760562.523-24.7736
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 461:544)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 545:634)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 635:707)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 708:791)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 792:897)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 898:938)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 939:1009)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 1055:1112)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 1113:1126)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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